Table 1.
Gene Count Summary of the 12 Fungal bHLH Groups by Completed Fungal Genome.
| Taxonomy | F1 | F2 | F3 | F4 | F5 | F6 | F7 | F8 | F9 | F10 | F11 | F12 | Un | Tot |
| Basidiomycota | ||||||||||||||
| Ustilaginomycotina | ||||||||||||||
| Malassezia globosa | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 7 | ||||||
| Ustilago maydis | 2 | 1 | 1 | 1 | 2 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 12 | |||
| Agaricomycotina | ||||||||||||||
| Postia placenta | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 7 | ||||||
| Laccaria bicolor | 1 | 4 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 2 | 1 | 1 | 14 | |||
| Coprinopsis cinerea | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 2 | 1 | 1 | 10 | ||||
| Filobasidiella neoformans | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 2 | 9 | |||||
| Ascomycota | ||||||||||||||
| Taphrinomycotina | ||||||||||||||
| Schizosaccharomyces japonicus | 1 | 2 | 1 | 4 | ||||||||||
| Schizosaccharomyces pombe | 1 | 2 | 1 | 4 | ||||||||||
| Saccharomycotina | ||||||||||||||
| Saccharomycetes, Saccharomycetales | ||||||||||||||
| Metschnikowiaceae | ||||||||||||||
| Clavispora lusitaniae | 2 | 1 | 3 | 1 | 1 | 8 | ||||||||
| Dipodascaceae | ||||||||||||||
| Yarrowia lipolytica | 1 | 1 | 2 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 9 | |||||
| Candida (mitosporic Saccharomycetales) | ||||||||||||||
| Candida dubliniensis | 2 | 1 | 3 | 1 | 1 | 1 | 9 | |||||||
| Candida tropicalis | 2 | 3 | 1 | 1 | 7 | |||||||||
| Candida albicans | 2 | 1 | 3 | 1 | 1 | 8 | ||||||||
| Saccharomycetaceae | ||||||||||||||
| Pichia pastoris | 1 | 1 | 2 | 1 | 2 | 1 | 1 | 1 | 10 | |||||
| Lachancea thermotolerans | 2 | 1 | 2 | 1 | 1 | 1 | 8 | |||||||
| Vanderwaltozyma polyspora | 2 | 1 | 3 | 1 | 1 | 8 | ||||||||
| Eremothecium gossypii | 2 | 1 | 2 | 1 | 1 | 7 | ||||||||
| Kluyveromyces lactis | 2 | 1 | 3 | 1 | 1 | 8 | ||||||||
| Candida glabrata | 2 | 1 | 3 | 1 | 1 | 1 | 9 | |||||||
| Zygosaccharomyces rouxii | 2 | 1 | 2 | 1 | 1 | 1 | 8 | |||||||
| Saccharomyces cerevisiae | 2 | 1 | 2 | 1 | 1 | 1 | 8 | |||||||
| Debaryomycetaceae | ||||||||||||||
| Lodderomyces elongisporus | 2 | 1 | 2 | 1 | 1 | 7 | ||||||||
| Debaryomyces hansenii | 2 | 1 | 2 | 1 | 1 | 1 | 8 | |||||||
| Meyerozyma guilliermondii | 2 | 1 | 3 | 1 | 1 | 8 | ||||||||
| Scheffersomyces stipitis | 2 | 1 | 2 | 1 | 1 | 7 | ||||||||
| Ascomycota | ||||||||||||||
| Pezizomycotina | ||||||||||||||
| Dothideomycetes | ||||||||||||||
| Pyrenophora tritici-repentis | 1 | 1 | 4 | 2 | 1 | 1 | 1 | 11 | ||||||
| Phaeosphaeria nodorum | 1 | 1 | 4 | 1 | 2 | 1 | 1 | 1 | 12 | |||||
| Leotiomycetes | ||||||||||||||
| Sclerotinia sclerotiorum | 1 | 1 | 2 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 9 | |||||
| Botryotinia fuckeliana | 1 | 1 | 2 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 9 | |||||
| Sordariomycetes | ||||||||||||||
| Nectria haematococca | 1 | 1 | 5 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 12 | |||||
| Magnaporthe oryzae | 1 | 1 | 3 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 10 | |||||
| Chaetomium globosum | 1 | 4 | 1 | 2 | 1 | 1 | 1 | 11 | ||||||
| Podospora anserina | 1 | 1 | 8 | 1 | 2 | 1 | 1 | 1 | 16 | |||||
| Sordaria macrospora | 1 | 1 | 6 | 1 | 1 | 1 | 1 | 12 | ||||||
| Neurospora crassa | 1 | 1 | 7 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 14 | |||||
| Eurotiomycetes | ||||||||||||||
| Onygenales | ||||||||||||||
| Trichophyton verrucosum | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 8 | |||||
| Arthroderma benhamiae | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 8 | |||||
| Arthroderma otae | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 8 | |||||
| Ajellomyces dermatitidis | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 8 | |||||
| Ajellomyces capsulatus | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 6 | |||||||
| Uncinocarpus reesii | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 7 | ||||||
| Paracoccidioides brasiliensis | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 7 | ||||||
| Coccidioides posadasii | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 8 | |||||
| Eurotiales | ||||||||||||||
| Talaromyces stipitatus | 1 | 1 | 3 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 10 | |||||
| Emericella nidulans | 1 | 4 | 1 | 2 | 1 | 1 | 1 | 1 | 12 | |||||
| Neosartorya fischeri | 1 | 1 | 3 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 10 | |||||
| Aspergillus fumigatus | 1 | 1 | 3 | 1 | 1 | 1 | 1 | 9 | ||||||
| Penicillium chrysogenum | 1 | 1 | 2 | 1 | 1 | 1 | 2 | 1 | 10 | |||||
| Penicillium marneffei | 1 | 1 | 3 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 10 | |||||
| Aspergillus niger | 1 | 1 | 2 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 9 | |||||
| Aspergillus terreus | 1 | 1 | 3 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 10 | |||||
| Aspergillus flavus | 1 | 1 | 4 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 11 | |||||
| Aspergillus oryzae | 1 | 1 | 4 | 1 | 1 | 1 | 1 | 10 | ||||||
| Aspergillus clavatus | 1 | 1 | 2 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 9 |
Note.—Listed fungal organisms have completed genome projects, fully annotated gene sets, and contain bHLH genes. A simplified taxonomic classification, the total bHLH copy count, and the bHLH copy count within fungal groups F1–F12 are provided for each organism.