Table 1. Similarity-based OTUs and species richness estimates at 3%, 5% and 10% dissimilarity levels.

					OTUs	ACE	Chao1						OTUs	ACE	Chao1
2008	First time	non-Bt	RDP	0.03	1148	NC	2480±279	2010	First time	non-Bt	RDP	0.03	952	NC	2126±266
				0.05	846	NC	1608±164					0.05	765	NC	1429±172
				0.1	527	NC	670±49					0.1	465	NC	668±77
			ESPRIT	0.03	1031	1842.63	1895±194				ESPRIT	0.03	916	2117.53	1894±227
				0.05	728	1110.54	1065±98					0.05	745	1531.48	1430±182
				0.1	316	341.97	333±14					0.1	433	568.97	534±44
		Bt	RDP	0.03	1135	NC	2469±272			Bt	RDP	0.03	920	NC	2199±297
				0.05	918	NC	1528±173					0.05	711	NC	1289±156
				0.1	541	NC	745±81					0.1	425	NC	592±69
			ESPRIT	0.03	1035	2075	2009±215				ESPRIT	0.03	886	2228.54	1970±259
				0.05	795	1309.08	1269±126					0.05	692	1315.88	1179±136
				0.1	447	549.7	540±42					0.1	406	543.15	529±54
	Final time	non-Bt	RDP	0.03	1053	NC	2820±406		Final time	non-Bt	RDP	0.03	1011	NC	2414±311
				0.05	797	NC	1687±211					0.05	815	NC	1595±196
				0.1	498	NC	703±50					0.1	537	NC	807±94
			ESPRIT	0.03	982	1951.57	2087±260				ESPRIT	0.03	1010	2508.72	2201±260
				0.05	755	1247.91	1303±153					0.05	805	1556.53	1384±146
				0.1	415	502.03	506±44					0.1	469	642.18	630±65
		Bt	RDP	0.03	1216	NC	2230±258			Bt	RDP	0.03	999	NC	2420±317
				0.05	963	NC	1474±179					0.05	819	NC	1783±243
				0.1	568	NC	679±71					0.1	493	NC	688±73
			ESPRIT	0.03	1029	1992.92	1947±204				ESPRIT	0.03	1015	2679.5	2341±293
				0.05	726	1095.15	1013±84					0.05	821	1692.52	1596±196
				0.1	326	352.58	342±14					0.1	485	632.34	609±51
2009	First time	non-Bt	RDP	0.03	1307	NC	2565±350	2011	First time	non-Bt	RDP	0.03	898	NC	2138±296
				0.05	1033	NC	1661±204					0.05	691	NC	1300±171
				0.1	608	NC	663±85					0.1	429	NC	606±71
			ESPRIT	0.03	1105	2395.43	2287±249				ESPRIT	0.03	847	1916.25	1774±228
				0.05	865	1583.68	1602±186					0.05	680	1265.76	1204±149
				0.1	473	602.51	593±51					0.1	398	523.2	517±53
		Bt	RDP	0.03	1184	NC	2454±253			Bt	RDP	0.03	884	NC	2253±332
				0.05	910	NC	1650±178					0.05	690	NC	1430±208
				0.1	503	NC	654±60					0.1	407	NC	540±58
			ESPRIT	0.03	1104	2315.27	2303±255				ESPRIT	0.03	852	1990.86	2068±609
				0.05	847	1445.27	1448±154					0.05	651	1178.58	1194±160
				0.1	470	574.01	556±39					0.1	360	441.06	429±35
	Final time	non-Bt	RDP	0.03	1252	NC	3070±395		Final time	non-Bt	RDP	0.03	902	NC	2068±273
				0.05	1010	NC	1897±241					0.05	717	NC	1318±161
				0.1	596	NC	819±76					0.1	411	NC	512±53
			ESPRIT	0.03	1063	2108.05	1899±179				ESPRIT	0.03	853	1961.8	1730±213
				0.05	770	1266.42	1234±128					0.05	675	1235.8	1095±119
				0.1	362	397.08	387±18					0.1	370	460.93	433±32
		Bt	RDP	0.03	1204	NC	2730±301			Bt	RDP	0.03	868	NC	2184±326
				0.05	904	NC	1636±176					0.05	665	NC	1208±155
				0.1	539	NC	728±71					0.1	380	NC	529±65
			ESPRIT	0.03	996	1808.36	1810±186				ESPRIT	0.03	828	1925.67	1793±242
				0.05	716	1112.28	1062±101					0.05	648	1211	1153±149
				0.1	338	367.01	354±13					0.1	357	456.86	444±43

The species richness estimates were determined using the RDP pyrosequencing pipeline or the ESPRIT program, as described in Materials and Methods. NC  =  non computable.