Table 2. Dioxygenase Gene Copy Number per gram of Wet Soil for Every Duplicate DNA Extraction Sample, for Unamended and AC-Amended Soils at Different Time Points.

model organism			Mycobacterium vanbaalenii		Rhodococcus jostii RHA1		Rhodococcus erythropolis
targeted genes			phdA, pdoA2		ebdA1, etbA1, akbA1b		ipbA1, bphA1
soil	time	sample	gene copy n/g wet soil	average	gene copy n/g wet soil	average	gene copy n/g wet soil	average
Unamended	0	DNA1	1.18 ± 0.13 × 107	13.9 ± 1.5 × 106	3.76 ± 0.35 × 107	37.2 ± 5.1 × 106	1.95 ± 0.70 × 106	2.39 ± 0.48 × 106
		DNA2	1.60 ± 0.17 × 107		3.69 ± 0.68 × 107		2.83 ± 0.23 × 106
	6 mths	DNA1	3.11 ± 0.42 × 106	3.1 ± 0.3 × 106	8.45 ± 0.04 × 107	77.8 ± 4.0 × 106	2.85 ± 0.33 × 106	2.77 ± 0.55 × 106
		DNA2	3.11 ± 0.15 × 106		7.12 ± 0.74 × 107		2.69 ± 0.78 × 106
	3 yrs	DNA1	3.12 ± 0.44 × 106	3.3 ± 0.3 × 106	1.20 ± 0.09 × 108	119.0 ± 10.0 × 106	7.85 ± 0.85 × 105	0.71 ± 0.06 × 106
		DNA2	3.45 ± 0.21 × 106		1.17 ± 0.10 × 108		6.43 ± 0.40 × 105
PAC	0	DNA1	1.98 ± 0.31 × 107	18.3 ± 1.8 × 106	4.43 ± 0.54 × 107	44.0 ± 4.5 × 106	2.72 ± 0.26 × 106	2.49 ± 0.39 × 106
		DNA2	1.69 ± 0.04 × 107		4.38 ± 0.36 × 107		2.26 ± 0.52 × 106
	6 mths	DNA1	3.60 ± 0.20 × 106	3.6 ± 0.5 × 106	7.75 ± 0.99 × 107	77.8 ± 8.8 × 106	6.34 ± 0.80 × 106	6.79 ± 0.61 × 106
		DNA2	3.51 ± 0.70 × 106		7.80 ± 0.77 × 107		7.24 ± 0.42 × 106
	3 yrs	DNA1	4.47 ± 0.90 × 106	4.9 ± 0.6 × 106	1.79 ± 0.17 × 108	175.0 ± 10.0 × 106	1.55 ± 0.08 × 106	1.31 ± 0.05 × 106
		DNA2	5.22 ± 0.26 × 106		1.71 ± 0.04 × 108		1.07 ± 0.03 × 106
GAC	0	DNA1	9.48 ± 0.40 × 106	10.4 ± 0.6 × 106	3.37 ± 0.12 × 107	34.7 ± 4.4 × 106	1.37 ± 0.30 × 106	1.57 ± 0.25 × 106
		DNA2	1.13 ± 0.90 × 107		3.57 ± 0.76 × 107		1.78 ± 0.22 × 106
	6 mths	DNA1	2.56 ± 0.81 × 106	2.5 ± 0.6 × 106	8.43 ± 0.13 × 107	79.6 ± 8.5 × 106	2.50 ± 0.16 × 106	2.37 ± 0.22 × 106
		DNA2	2.45 ± 0.38 × 106		7.49 ± 0.43 × 107		2.23 ± 0.28 × 106
	3 yrs	DNA1	5.29 ± 0.90 × 106	5.7 ± 0.8 × 106	1.72 ± 0.23 × 108	177.0 ± 17.0 × 106	4.79 ± 0.32 × 105	0.67 ± 0.20 × 106
		DNA2	6.12 ± 0.63 × 106		1.82 ± 0.13 × 108		8.76 ± 0.07 × 105

^aEach quantification was performed in triplicate real-time PCR runs. phdA: iron–sulfur protein large subunit; pdoA2: putative PAH ring-hydroxylating dioxygenase large subunit; etbA1/ebdA1: ethylbenzene dioxygenase alpha subunit; akbA1b: alkylbenzene dioxygenase; ipbA1: isopropylbenzene-2,3-dioxygenase iron-sulphur protein subunit; bphA1: large subunit of biphenyl dioxygenase