Table 1.
Genetic clustering and diversity indices (as estimated using 29 loci) of Atlantic salmon from 48 samples collected from 17 sites in the River Teno during 1977–2003.
| Assignment to genetic clusters as inferred by BAPS | Genetic diversity | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Samples | Vet | L. Pulm. | Maskej. | Kev | Tsa | Utsjoki | Kuo | Val | TmsL | TmsU | Ies | Kar | ? | na | Adm | HE | HO | AR | N | |||||||
| Vetsijoki-79 | T | 25 | 1 | 2 | 0.66 | 0.66* | 5.5 | 28 | ||||||||||||||||||
| Vetsijoki-86 | T | 27 | 1 | 1 | 1 | 0.68 | 0.67 | 5.7 | 30 | |||||||||||||||||
| Vetsijoki-93 | T | 33 | 1 | 1 | 0.68 | 0.69 | 5.7 | 35 | ||||||||||||||||||
| Vetsijoki-01 | T | 38 | 1 | 1 | 0.67 | 0.68 | 5.5 | 40 | ||||||||||||||||||
| L. Pulm.-77 | T | 42 | 8 | 1 | 4 | 0.64 | 0.59** | 5.0 | 55 | |||||||||||||||||
| L. Pulm.-83 | T | 34 | 15 | 1 | 0.65 | 0.65*** | 5.0 | 50 | ||||||||||||||||||
| L. Pulm.-89 | T | 36 | 7 | 2 | 0.64 | 0.59** | 4.9 | 45 | ||||||||||||||||||
| L. Pulm.-95 | T | 36 | 8 | 4 | 0.65 | 0.61** | 4.9 | 48 | ||||||||||||||||||
| L. Pulm.-01 | T | 74 | 12 | 9 | 0.64 | 0.60*** | 5.0 | 95 | ||||||||||||||||||
| Maskej.-85 | T | 18 | 6 | 1 | 1 | 3 | 0.69 | 0.67** | 5.8 | 29 | ||||||||||||||||
| Maskej.-97 | T | 18 | 0.69 | 0.69 | 5.7 | 18 | ||||||||||||||||||||
| Maskej.-98 | T | 20 | 0.68 | 0.66 | 5.4 | 20 | ||||||||||||||||||||
| Maskej.-99 | T | 14 | 0.66 | 0.67 | 5.2 | 14 | ||||||||||||||||||||
| Kevojoki-83 | T | 35 | 7 | 1 | 2 | 7 | 0.67 | 0.65*** | 5.0 | 52 | ||||||||||||||||
| Kevojoki-01 | T | 58 | 2 | 7 | 0.67 | 0.66 | 5.2 | 67 | ||||||||||||||||||
| Kevojoki-83 | T | 57 | 3 | 0.62 | 0.61 | 4.1 | 60 | |||||||||||||||||||
| Kevojoki-01 | T | 4 | 72 | 11 | 0.63 | 0.62 | 4.3 | 87 | ||||||||||||||||||
| Utsjoki-82 | T | 4 | 3 | 1 | 0.65 | 0.65* | - | 8 | ||||||||||||||||||
| Utsjoki-83 | T | 2 | 2 | 21 | 8 | 4 | 1 | 2 | 0.63 | 0.66*** | 4.7 | 40 | ||||||||||||||
| Utsjoki-84 | T | 1 | 3 | 4 | 5 | 2 | 5 | 3 | 4 | 0.67 | 0.64*** | 5.4 | 27 | |||||||||||||
| Utsjoki-95 | T | 24 | 2 | 1 | 1 | 2 | 0.67 | 0.68 | 5.2 | 30 | ||||||||||||||||
| Utsjoki-97 | T | 8 | 2 | 0.67 | 0.64 | - | 10 | |||||||||||||||||||
| Utsjoki-98 | T | 16 | 1 | 1 | 4 | 0.66 | 0.67 | 5.1 | 22 | |||||||||||||||||
| Utsjoki-99 | T | 1 | 6 | 1 | 1 | 0.69 | 0.68 | - | 9 | |||||||||||||||||
| Kuopp.j.-98 | T | 31 | 1 | 1 | 0.63 | 0.64 | 4.7 | 33 | ||||||||||||||||||
| Kuopp.j.-01 | T | 34 | 0.65 | 0.67 | 5.1 | 34 | ||||||||||||||||||||
| Valjoki-97 | T | 20 | 1 | 0.66 | 0.63 | 4.9 | 21 | |||||||||||||||||||
| Valjoki-99 | T | 14 | 1 | 0.68 | 0.67 | 5.4 | 15 | |||||||||||||||||||
| Tana Bru 03 | LM | 13 | 11 | 1 | 0.70 | 0.69 | 6.3 | 25 | ||||||||||||||||||
| Lower Teno-94 | LM | 1 | 1 | 1 | 1 | 39 | 12 | 3 | 5 | 4 | 1 | 0.69 | 0.68 | 6.3 | 68 | |||||||||||
| Lower Teno-01 | LM | 1 | 21 | 3 | 2 | 2 | 1 | 0.70 | 0.69 | 6.4 | 30 | |||||||||||||||
| Utsj. Rm 02–03 | LM | 2 | 1 | 22 | 1 | 1 | 2 | 0.70 | 0.69 | 6.0 | 29 | |||||||||||||||
| Mid Teno -94 | LM | 1 | 24 | 11 | 1 | 3 | 1 | 0.70 | 0.69 | 6.3 | 41 | |||||||||||||||
| Mid Teno -01 | LM | 1 | 1 | 18 | 7 | 3 | 1 | 1 | 0.69 | 0.70 | 6.3 | 32 | ||||||||||||||
| Outakoski -87 | UM | 1 | 6 | 28 | 2 | 2 | 2 | 2 | 0.69 | 0.67 | 6.2 | 43 | ||||||||||||||
| Outakoski -01 | UM | 1 | 1 | 11 | 29 | 2 | 4 | 3 | 5 | 0.69 | 0.68 | 6.2 | 56 | |||||||||||||
| Inarijoki -77 | HW | 1 | 24 | 1 | 1 | 0.69 | 0.66 | 5.9 | 27 | |||||||||||||||||
| Inarijoki -83 | HW | 1 | 1 | 30 | 2 | 0.67 | 0.66 | 5.8 | 34 | |||||||||||||||||
| Inarijoki -89 | HW | 7 | 41 | 1 | 1 | 3 | 0.69 | 0.68 | 5.9 | 53 | ||||||||||||||||
| Inarijoki -95 | HW | 1 | 1 | 34 | 2 | 2 | 0.68 | 0.66 | 6.0 | 40 | ||||||||||||||||
| Inarijoki -01 | HW | 1 | 11 | 65 | 3 | 4 | 3 | 0.69 | 0.68 | 6.0 | 87 | |||||||||||||||
| Iesjoki -84 | HW | 2 | 1 | 66 | 25 | 3 | 2 | 0.67 | 0.66 | 6.0 | 99 | |||||||||||||||
| Iesjoki -99 | HW | 1 | 2 | 1 | 31 | 1 | 3 | 0.68 | 0.67 | 5.9 | 39 | |||||||||||||||
| Karasj. Pr.-97 | HW | 1 | 15 | 0.68 | 0.67 | 5.8 | 16 | |||||||||||||||||||
| Karasj. Pr.-98 | HW | 1 | 13 | 0.68 | 0.67 | 6.0 | 14 | |||||||||||||||||||
| Karasj. Pr.-99 | HW | 16 | 0.68 | 0.70 | 5.8 | 16 | ||||||||||||||||||||
| Karasj. -98 | HW | 1 | 3 | 3 | 27 | 47 | 1 | 6 | 0.68 | 0.67 | 6.1 | 88 | ||||||||||||||
| Karasj. -03 | HW | 1 | 2 | 5 | 2 | 28 | 48 | 1 | 6 | 0.69 | 0.68 | 6.2 | 93 | |||||||||||||
| Total | 131 | 222 | 50 | 71 | 6 | 102 | 145 | 30 | 71 | 9 | 7 | 6 | 69 | 40 | 194 | 305 | 169 | 191 | 1 | 24 | 109 | 1952 | ||||
For each sample, location is given as T, tributary; LM, lower mainstem; UM, upper mainstem; HW, headwater; ?, Unknown affiliation; n.a., not assigned due to equal ancestry to more than one cluster; Adm., number of individuals showing admixed ancestry (P ≤ 0.03).
Genetic diversity indices for samples: HE, expected heterozygosity; HO, observed heterozygosity and significance test result for deviations from HWE (*P ≤ 0.05, **P ≤ 0.01, ***P ≤ 0.001), AR, allelic richness in 20 genes, N, sample size.