Table 1. Sequences of oligonucleotides used for quantitative RT–PCR.
Primer name | Forward primer sequence | Reverse primer sequence |
---|---|---|
ETV4 | 5′-GCTCGCTGAAGCTCAGGT-3′ | 5′-TCCTTCTTGATCCTGGTGGT-3′ |
GAPDH | 5′-AACGGATTTGGTCGTATTGGGC-3′ | 5′-TTGATTTTGGAGGGATCTCG-3′ |
TBP | 5′-CCACAGCTCTTCCACTCACA-3′ | 5′-GCGGTACAATCCCAGAACTC-3′ |
MMP1 | 5′-AACTCGGCCATTCTCTTGGA-3′ | 5′-TGGCTTGGATGCCATCAAT-3′ |
MMP2 | 5′-ACGACCGCGACAAGAAGTAT-3′ | 5′-ATTTGTTGCCCAGGAAAGTG-3′ |
MMP3 | 5′-ATGCAGAAGTTCCTTGGATTGG-3′ | 5′-GATGCCAGGAAAGGTTCTGAAG-3′ |
MMP7 | 5′-GCTGGCTCATGCCTTTGC-3′ | 5′-TCATGAGTTGCAGCATACAGGAA-3′ |
MMP9 | 5′-GGGCTCCCGTCCTGCTT-3′ | 5′-CCTCCACTCCTCCCTTTCCT-3′ |
UPAR | 5′-TCTGCAGGACCACGATCGT-3′ | 5′-TCTTCAAGCCAGTCCGATAGC-3′ |
UPA | 5′-GATCCCCAGTTTGGCACAAG-3′ | 5′-ACACTCCCGGTGGGAAATC-3′ |
TIMP1 | 5′-GGGACACCAGAAGTCAACCA-3′ | 5′-GGCTTGGAACCCTTTATACATC-3′ |
TIMP2 | 5′-CCACCCAGAAGAAGAGCCTGA-3′ | 5′-GTGACCCAGTCCATCCAGAG-3′ |
ADAM9 | 5′-CAGATGGCAAAAATCAAGCA-3′ | 5′-GATGGGAACTGCTGAGGTTG-3′ |
ADAM10 | 5′-TCCACAGCCCATTCAGCAA-3′ | 5′-AGGCACTAGGAAGAACCAA-3′ |
ADAM17 | 5′-TTCACGTTTGCAGTCTCCAA-3′ | 5′-ATGTATCTGTAGAAGCGATGATCTG-3′ |
ADAMTS1 | 5′-AAGGACAGGTGCAAGCTCAT-3′ | 5′-GAGGTGGAATCTGGGCTACA-3′ |
P27 | 5′-AATAAGGAAGCGACCTGCAA-3′ | 5′-TTCTGAGGCCAGGCTTCTT-3′ |
p21 | 5′-CCATGTGGACCTGTCACTGT-3′ | 5′-TGGTAGAAATCTGTCATGCTGGTC-3′ |
MYC | 5′-TGCAGCTGCTTAGACGCTGG-3′ | 5′-CGAGGTCATAGTTCCTGTTGG-3′ |
CHEK1 | 5′-TGGTATTGGAATAACTCACAGGG-3′ | 5′-CCGAAATACTGTTGCCAAGCC-3′ |
MCM7 | 5′-CGAAGCTCTTTGCTGATGCC-3′ | 5′-CCGATGCTCAATGTAAACGTCC-3′ |
VIM | 5′-CGCCATCAACACCGAGTTC-3′ | 5′-ATCTTATTCTGCTGCTCCAGGAA-3′ |
E-cadherin | 5′-GAACGCATTGCCACATACAC-3′ | 5′-ATTCGGGCTTGTTGTCATTC-3′ |
N-cadherin | 5′-TCAGTGGCGGAGATCCTACT-3′ | 5′-GTGCTGAATTCCCTTGGCTA-3′ |
11-cadherin | 5′-CAGCCCGATAAGGTATTCCA-3′ | 5′-TGTGGATTTCTGCTGCAAAG-3′ |
SNAIL1 | 5′-GCGAGCTGCAGGACTCTAAT-3′ | 5′-GGACAGAGTCCCAGATGAGC-3′ |
SNAIL2 | 5′-GCCTCCAAAAAGCCAAACTA-3′ | 5′-CACAGTGATGGGGCTGTATG-3′ |
TWIST1 | 5′-GCCGGAGACCTAGATGTCATT-3′ | 5′-CACGCCCTGTTTCTTTGAAT-3′ |
ZEB1 | 5′-GCCAATAAGCAAACGATTCTG-3′ | 5′-TTTGGCTGGATCACTTTCAAG-3′ |
ZEB2 | 5′-AAGCCAGGGACAGATCAGC-3′ | 5′-CCACACTCTGTGCATTTGAACT-3′ |
FOXC2 | 5′-GCCCAGCAGCAAACTTTCC-3′ | 5′-CCGGTGGGAGTTGAACATCT-3′ |
GSC | 5′-AGCAGCTCGAAGCTCTCGAG-3′ | 5′-CACGTCCGGGTACTTGGTCT-3′ |
IL1R2 | 5′-CTACGCACCACAGTCAAGGAAG-3′ | 5′-CGTCTGTGCATCCATATTCCC-3′ |
SPINT | 5′-AGACTACTGCCTCGCATCCAA-3′ | 5′-CAAGCAGCCTCCATAAACGAA-3′ |
KLF8 | 5′-TCAGAAGGTGGCTCAATGCA-3′ | 5′-CCGAACAGAAGCAGTGACCTG-3′ |
TCF3 | 5′-AGCTCCTCCTTTGACCCCAG-3′ | 5′-ACTCAGTGAAGTGGGTGCCC-3′ |
TCF4 | 5′-TGCGATGTTTTCACCTCCTG-3′ | 5′-TGCCAAAGAAGTTGGTCCATT-3′ |
ZO1 | 5′-GGAGAGGTGTTCCGTGTTGT-3′ | 5′-GGCTAGCTGCTCAGCTCTGT-3′ |
WNT7A | 5′-TGTGGCTGCGACAAAGAGAA-3′ | 5′-TCCACAAAGACCTTGGCGA-3′ |
FZD4 | 5′-TTCACACCGCTCATCCAGTA-3′ | 5′-TGCACATTGGCACATAAACA-3′ |
Abbreviations: RT–PCR, real-time–PCR; GAPDH, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase.