Table 3.
Summary of cladistic relationships of the polyploid alleles that are highly supported at the species level (mapped in Figures2,3,4and5)
| Species | Number of accessions/species examined | Clade 1 + 2 | Clade 3 | Clade 4 |
|---|---|---|---|---|
|
Solanum acaule |
310923, 472648, 473485 |
No allele from clade 1 + 2 with BS = 0.85 |
Precise origin not identified, but at least 1 allele with BS = 0.96. |
S. lignicaule; S. candolleanum and S. raphanifolium clade |
|
S. albicans |
230494, 365305, 365376 |
No allele with BS ≥ 0.70 |
S. hypacrarthrum |
S. candolleanum and S. raphanifolium clade |
| |
561642 |
No allele with BS = 0.84 |
S. chilliasense and S. piurae clade; S. chomatophilum |
S. candolleanum and S. raphanifolium clade |
|
S. demissum |
225711, 275206, 275211, 498012, 545763, 558482 |
No allele with BS ≥ 0.82 |
Precise origin not identified, but at least 1 allele with BS > 0.96 for all accessions |
S. berthaultii; S. verrucosum; S. candolleanum and S. raphanifolium clade |
| |
161719 |
S. trifidum |
Precise origin not identified, but at least 1 allele with BS = 0.95 |
S. berthaultii, S. verrucosum, S. candolleanum and S. raphanifolium clade |
|
S. agrimonifolium, S. colombianum |
243350, 558372, 561633, 583325 |
No allele with BS ≥ 0.91 |
S. andreanum and S. albornozii clade |
S. laxissimum, S. limbaniense, and S. violaceimarmoratum clade |
|
S. moscopanum |
567812, 567843 |
No allele with BS ≥ 0.92 |
S. andreanum and S. albornozii clade; S. chomatophilum |
S. laxissimum, S. limbaniense, and S. violaceimarmoratum clade |
|
S. hougasii |
161174, 161726, 558402, 558422, 239423 |
S. stenophyllidium; S. trifidum (ambiguous for 239423) |
S. andreanum and S. albornozii clade |
S. berthaultii, S. verrucosum |
|
S. iopetalum |
275181, 275182, 498021, 498251, 558405, 558409, 607850 |
No allele with BS ≥ 0.90 |
S. andreanum and S. albornozii clade |
S. berthaultii, S. verrucosum; S. laxissimum, S. limbaniense, and S. violaceimarmoratum clade |
|
S. schenckii |
275261, 498040, 498250, 558458, |
S. polyadenium; S. stenophyllidium; S. trifidum |
S. andreanum and S. albornozii clade |
S. berthaultii; S. verrucosum |
| |
545733 |
S. polyadenium; S. trifidum |
S. andreanum and S. albornozii clade |
S. berthaultii; S. verrucosum |
| |
558456 |
S. stenophyllidium |
No allele from clade 3 with BS = 0.99 |
S. berthaultii; S. verrucosum |
|
S. hjertingii |
186559, 251067, 498019, 498050, 545713, 570625 |
S. stenophyllidium |
No allele with BS ≥ 0.84 |
S. berthaultii; S. verrucosum |
|
S. stoloniferum |
275252, 283101, 497994, 498028, 545740, 558395, 558453 |
|
No allele with BS ≥ 0.84 |
S. berthaultii; S. verrucosum |
|
S. stoloniferum |
558454, 545787 |
No allele with BS ≥ 0.83 |
S. chomatophilum (species origin within the clade ambiguous for 545787) |
S. candolleanum and S. raphanifolium clade |
| S. stoloniferum | 558466 | S. polyadenium, S. trifidum | S. andreanum and S. albornozii clade | S. berthaultii; S. verrucosum |
The origin placements that are ambiguous at the species level but well supported at the clade level are also indicated.