Table 4.
Genotyping Shiga toxin-producing Escherichia coli environmental isolates with DNA microarray-based ampliPHOX colorimetric method.
| Isolate number | Source | O-antigen PCR assay | Microarray-ampliPHOX genotyping assay genes |
||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| wzyO26 | wzyO45 | wzxO91 | wzyO103 | wzyO104 | wzyO111 | wzyO113 | wzyO121 | wzyO128 | wzyO145 | wzyO157 | eae | ehxA | ent | espP | fliCH7 | katP | nleA | per | saa | stx1 | stx2 | subA | |||
| RM7847 | Cattle | O26 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | + | − | − | − | + | − | − | − | − | − |
| RM7914 | Coyote | O26 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | + | + | + | − | + | + | − | − | + | − | − |
| RM9913 | Feral pig | O26 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | + | + | + | − | + | − | − | − | + | − | − |
| RM9414 | Cattle | O45 | − | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | − | + | + | − | − |
| RM9408 | Cattle | O45 | − | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | − | + | + | − | − |
| RM10729 | Cattle | O45 | − | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | − | + | + | − | − |
| RM7190 | Feral pig | O91 | − | − | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | − | − | − | + | − | + | − |
| RM7191 | Sediment | O91 | − | − | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | − | − | − | + | − | + | − |
| RM7933 | Cattle | O91 | − | − | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | + | − |
| RM9882 | Cattle | O103 | − | − | − | + | − | − | − | − | − | − | − | + | + | + | + | − | + | − | − | − | + | − | − |
| RM10408 | Crow | O103 | − | − | − | + | − | − | − | − | − | − | − | + | + | + | + | − | + | − | − | − | + | − | − |
| RM10804 | Feral pig | O103 | − | − | − | + | − | − | − | − | − | − | − | + | + | + | + | − | + | + | − | − | + | − | − |
| RM8799 | Cattle | O104 | − | − | − | − | + | − | − | − | − | − | − | − | + | − | + | + | − | − | − | + | − | + | + |
| RM9387 | Cattle | O104 | − | − | − | − | + | − | − | − | − | − | − | − | + | − | + | + | − | − | − | + | − | + | + |
| RM11037 | Cattle | O104 | − | − | − | − | + | − | − | − | − | − | − | − | + | − | + | + | − | − | − | + | − | + | + |
| RM9322 | Sediment | O111 | − | − | − | − | − | + | − | − | − | − | − | + | + | + | − | − | − | + | − | − | + | − | − |
| RM9881 | Cattle | O111 | − | − | − | − | − | + | − | − | − | − | − | + | + | + | − | − | − | + | − | − | + | − | − |
| RM9907 | Feral pig | O111 | − | − | − | − | − | + | − | − | − | − | − | + | + | + | − | − | − | + | − | − | + | − | − |
| RM7513 | Cattle | O113 | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | − | − | + | − | + | − | − | − | − | + | − | + | + |
| RM7806 | Feral pig | O113 | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | − | − | + | − | + | − | − | − | − | + | − | + | + |
| RM10410 | Crow | O113 | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | + | − |
| RM10046 | Cattle | O121 | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | + | + | + | + | − | − | + | − | − | − | + | − |
| RM10068 | Sediment | O121 | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | + | + | + | + | − | − | + | − | − | − | + | − |
| RM10740 | Feral pig | O121 | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − |
| RM7408 | Deer | O128 | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | + | − | − | − | − | − | − | − | + | + | − |
| RM10461 | Cattle | O128 | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | − | − | + | − | − | − | − | + | + | − | − |
| RM10743 | Sediment | O128 | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | − | − | + | − | − | − | − | + | + | − | − |
| RM9303 | Cattle | O145 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | + | + | + | + | − | − | − | − | − | + | − | − |
| RM9320 | Soil | O145 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | + | + | + | + | − | − | − | − | − | + | − | − |
| RM9917 | Feral pig | O145 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | + | + | + | + | − | + | − | − | − | + | − | − |
| RM9471 | Cattle | O157 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | + | + | + | + | + | + | + | + | − | + | + | − |
| RM9908 | Soil | O157 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | + | + | + | + | + | + | + | + | − | − | + | − |
| RM10058 | Crow | O157 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | + | + | + | − | + | − | + | + | − | − | + | − |
+Signals are provided with grey shade.