Table 2.
Distribution of prophage and virulence genes in sequenced S. aureus genomes.
| Lineage |
Strain | Bacteriophage family |
||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| CC | ST | φ1 | φ2 | φ3 | φ4 | φ5 | φ6 | φ7 | φ8 | |
| 1 | 1 | MSSA476* | S, SK, A, G, K | |||||||
| 1 | MW2* | P.R | S, SK, A, G, K | |||||||
| 1 | ATCC 51811/FRI569 | |||||||||
| 1 | TCH70 | P.R | S, SK, K | |||||||
| 5 | 5 | A5937 | C, S, SK, P | |||||||
| 5 | A6224 | C, S, SK, P | ||||||||
| 5 | A9763 | C, S, SK, P | ||||||||
| 5 | A10102 | C, S, SK, P | ||||||||
| 225 | 04-02981* | C, S, SK, P | ||||||||
| 5 | N315* | C, S, SK, P | ||||||||
| 5 | CF-Marseille | C, S, SK | ||||||||
| 105 | A8796 | C, S, SK | ||||||||
| 5 | CGS03 | C, S, SK | ||||||||
| 105 | JH1* | C, S, SK | ||||||||
| 105 | JH9* | C, S, SK | ||||||||
| 5 | A9719 | C, S, SK | ||||||||
| 5 | A9781 | C, S, SK | ||||||||
| 5 | A8115 | C, S, SK | ||||||||
| 5 | ECT-R2* | C, S, SK | ||||||||
| 5 | MR1 | C, S, SK, A | ||||||||
| 5 | A9299 | S, SK, P | ||||||||
| 5 | ED98* | E | ||||||||
| 5 | Mu3* | S, SK | ||||||||
| 5 | Mu50* | S, SK, A | ||||||||
| 5 | A6300 | |||||||||
| 5 | A8117 | |||||||||
| 7 | 7 | USA300 TCH959* | S, SK, P | |||||||
| 8 | 8 | A9754 | P.R | C, S, SK, A | ||||||
| 8 | USA300 TCH1516* | P.R | C, S, SK, A | |||||||
| 8 | 930918-3 | C, S, SK, A | ||||||||
| 8 | A9765 | C, S, SK, A | ||||||||
| 8 | Newman* | C, S, SK, A | ||||||||
| 8 | USA300 FPR3757* | P.R | C, S, SK | |||||||
| 8 | MRSA177 | P.R | C, S, SK | |||||||
| 8 | CGS01 | P.R | C, S, SK | |||||||
| 923 | MRSA131 | P.R | C, S, SK | |||||||
| 8 | NCTC 8325* | C, S, SK | ||||||||
| 8 | A5948 | C, S, SK | ||||||||
| 8 | D30 | |||||||||
| 250 | COL* | |||||||||
| 10 | 10 | H19 | C, S, SK, A | |||||||
| 145 | D139 | S, SK | ||||||||
| 22 | 22 | EMRSA15/5096* | C, S, SK | |||||||
| 30 | 30 | 55/2053 | P.H | C, S, SK | ||||||
| 30 | 65-1322 | P.H | C, S, SK | |||||||
| 30 | 68-397 | P.H | C, S, SK | |||||||
| 30 | M1015 | P.H | C, S, SK | |||||||
| 30 | C101 | P.H | C, S, SK | |||||||
| 30 | 58-424 | P.H | C, S, SK, A | |||||||
| 30 | M876 | P.H | C, S, SK, A | |||||||
| 30 | M899 | P.H | C, S, SK, A | |||||||
| 36 | MRSA252* | C, S, SK, A | ||||||||
| 36 | EMRSA16 | C, S, SK, A | ||||||||
| 30 | MN8 | C, S, SK, A | ||||||||
| 30 | A017934/97 | S, SK | ||||||||
| 30 | WW2703/97 | C, S, SK | ||||||||
| 34 | C160 | C, S, SK | ||||||||
| 30 | E1410 | C, S, SK | ||||||||
| 30 | TCH60* | P.H | C, S, SK | |||||||
| 30 | WBG10049 | P.H | ||||||||
| 30 | Btn1260 | |||||||||
| 30 | CGS00 | |||||||||
| 42 | 42 | C427 | S, SK | |||||||
| 45 | 45 | A9635 | C, S, SK | |||||||
| 72 | 72 | TCH130 | ||||||||
| 75 | 75 | MSHR 1132* | S, SK, A | |||||||
| 93 | 93 | JKD6159* | P.R | C, S, SK | ||||||
| 133 | 133 | ED133* | L | Ao | ||||||
| 151 | 151 | RF122/ET3-1* | L | |||||||
| 152 | 152 | BB155* | P.R | S, SK | ||||||
| 239 | 239 | 0582/TW20* | S, SK, A | |||||||
| 239 | JKD6008* | S, SK | ||||||||
| 239 | JKD6009 | S, SK | ||||||||
| 239 | ATCC BAA39 | S, SK | ||||||||
| 398 | 398 | S0385* | ||||||||
| 425 | 425 | LGA251* | ||||||||
| 431 | 431 | M809 | P.H | S, SK | ||||||
| 1173 | 1173 | O11 | ||||||||
| 1173 | O46 | |||||||||
*Genomes have been completed with full annotation. Bacteriophage presence (gray) and absence (white) is shown. The distribution of characterized virulence genes is shown; P.R, Panton Valentine leukocidin (lukSF-PV) R variant; P.H, Panton Valentine leukocidin (lukSF-PV) H variant; C, chemotaxis inhibitory protein (chp); S, staphylococcal complement inhibitor (scn); SK, staphylokinase (sak); A, enterotoxin A (sea); G, enterotoxin G (seg); K, enterotoxin K (sek); P, enterotoxin P (sep); E, ear; L, leukocidin FM (lukFM); Ao, enterotoxin A ovine variant.