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. Author manuscript; available in PMC: 2014 Feb 1.
Published in final edited form as: Mol Carcinog. 2011 Nov 28;52(2):155–166. doi: 10.1002/mc.21841

Table 3.

Associations between JAK, SOCS, STAT, TYK2 genes and IFNG, TNF, and IL6
JAK, SOCS, STAT, TYK2 SNP (Model)1 INFG, TNF, IL6 SNP (Model)1 Wild type2 Variant Variant3 Wild type Variant4 Variant Interaction P Value p_ACT
OR 95% CI OR (95% CI) OR 95% CI
COLON
STAT4 rs4853540 A) IFNG rs2069718 (A) 0.74 (0.58,0.95) 0.52 (0.30,0.90) 1.64 (0.87,3.08) 0.0029 0.0900
JAK1 rs3790541 (D) rs2069718 (D) 0.99 (0.85,1.17) 1.43 (1.10,1.88) 0.89 (0.71,1.11) 0.0055 0.0701
rs2069727 (A) 0.98 (0.79,1.22) 0.85 (0.63,1.14) 1.68 (1.21,2.34) 0.0031 0.0453
JAK2 rs1887429 (D) rs2069727 (D) 1.26 (1.03,1.53) 1.10 (0.87,1.41) 0.97 (0.79,1.18) 0.0146 0.1670
SOCS1 rs193779 (D) 1.22 (1.01,1.48) 1.11 (0.87,1.42) 0.96 (0.78,1.17) 0.0197 0.0744
STAT6 rs3024979 (D) IFNGR1 rs3799488 (D) 1.08 (0.90,1.29) 1.09 (0.90,1.32) 0.69 (0.49,0.96) 0.0100 0.0942
rs9376267 (D) 0.97 (0.83,1.13) 1.18 (0.94,1.47) 0.69 (0.53,0.90) 0.0050 0.0526
TYK2 rs280523 (D) 0.83 (0.71,0.96) 0.71 (0.54,0.93) 0.96 (0.71,1.29) 0.0175 0.1855
STAT1 rs4327257 (D) IFNGR2 rs1532 (A) 1.17 (0.88,1.55) 1.03 (0.82,1.28) 0.47 (0.27,0.84) 0.0024 0.0876
STAT5B rs9900213 (D) rs2834211 (D) 1.21 (1.00,1.48) 1.21 (1.03,1.42) 0.92 (0.69,1.22) 0.0100 0.0798
SOCS2 rs768775 (D) rs2834215 (D) 1.19 (0.98,1.43) 1.66 (1.27,2.17) 1.23 (1.00,1.51) 0.0031 0.0208
SOCS1 rs4780355 (D) rs9808753 (D) 0.76 (0.61,0.95) 0.89 (0.76,1.04) 0.99 (0.80,1.23) 0.0150 0.0814
STAT4 rs6752770 (D) 0.73 (0.59,0.92) 0.90 (0.77,1.05) 1.04 (0.84,1.29) 0.0037 0.1578
JAK2 rs2274471 (D) TNF rs1799964 (D) 1.30 (1.09,1.56) 0.99 (0.83,1.18) 0.92 (0.75,1.12) 0.0182 0.1381
STAT1 rs3771300 (D) 0.72 (0.55,0.95) 0.87 (0.71,1.05) 1.14 (0.93,1.40) 0.0002 0.0037
STAT6 rs3024979 (D) 1.02 (0.88,1.19) 0.79 (0.64,0.99) 1.36 (1.04,1.77) 0.0041 0.0216
rs324011 (D) 1.36 (1.09,1.71) 1.23 (1.03,1.46) 1.23 (1.01,1.49) 0.0345 0.1247
JAK1 rs2256298 (D) rs1800630 (D) 1.39 (1.14,1.69) 1.24 (1.06,1.46) 1.22 (0.98,1.51) 0.0190 0.1342
STAT4 rs11685878 (D) 1.54 (1.20,1.97) 1.17 (0.99,1.39) 1.21 (0.99,1.48) 0.0118 0.1810
rs12327969 (D) 1.39 (1.15,1.67) 1.20 (1.02,1.42) 1.12 (0.90,1.40) 0.0093 0.1500
STAT6 rs3024979 (D) 1.08 (0.92,1.27) 0.83 (0.67,1.01) 1.50 (1.12,2.02) 0.0060 0.0295
STAT3 rs12949918 (A) TNFRSF1A rs4149570 (A) 0.51 (0.35,0.73) 1.00 (0.73,1.38) 1.09 (0.72,1.66) 0.0146 0.1398
STAT6 rs3024979 (D) rs4149570 (D) 0.96 (0.82,1.11) 1.29 (0.97,1.72) 0.79 (0.63,0.99) 0.0140 0.1340
STAT3 rs1053005 (D) rs4149576 (D) 1.22 (1.02,1.46) 1.44 (1.13,1.83) 1.20 (0.98,1.46) 0.0115 0.1173
rs6503695 (D) 1.31 (1.05,1.63) 1.52 (1.20,1.92) 1.41 (1.15,1.75) 0.0210 0.1832
STAT5A rs12601982 (D) 1.24 (1.04,1.47) 1.54 (1.20,1.97) 1.20 (0.98,1.47) 0.0027 0.0141
rs7217728 (D) 1.27 (1.03,1.56) 1.48 (1.17,1.88) 1.40 (1.14,1.73) 0.0458 0.1621
STAT5B rs7218653 (D) 1.26 (1.03,1.55) 1.45 (1.15,1.83) 1.34 (1.09,1.63) 0.0286 0.1728
STAT6 rs3024979 (D) 0.98 (0.84,1.15) 0.69 (0.51,0.93) 1.10 (0.88,1.38) 0.0086 0.0897
STAT3 rs6503695 (A) rs4149577 (A) 0.66 (0.49,0.89) 1.04 (0.69,1.57) 1.31 (0.86,1.99) 0.0192 0.1711
TYK2 rs280519 (D) rs4149578 (D) 0.68 (0.49,0.96) 0.92 (0.78,1.09) 1.08 (0.85,1.36) 0.0074 0.0940
JAK1 rs2256298 (D) rs4149584 (D) 0.61 (0.38,0.96) 1.07 (0.93,1.23) 1.85 (1.13,3.04) 0.0020 0.0411
STAT5B rs9900213 (D) IL6 rs1800796 (D) 0.75 (0.58,0.97) 1.03 (0.88,1.20) 1.22 (0.87,1.72) 0.0364 0.1926
JAK1 rs2256298 (A) rs1800797 (A) 1.17 (0.90,1.53) 1.75 (1.16,2.63) 0.94 (0.43,2.03) 0.0040 0.0692
JAK2 rs10815160 (A) 1.10 (0.85,1.43) 1.81 (1.20,2.74) 1.05 (0.54,2.05) 0.0045 0.0739
STAT3 rs12949918 (A) 0.66 (0.46,0.94) 1.01 (0.74,1.38) 1.56 (1.01,2.40) 0.0152 0.1419
rs6503695 (A) 0.70 (0.51,0.96) 1.09 (0.77,1.54) 1.99 (1.17,3.38) 0.0212 0.1794
STAT6 rs324015 (A) 0.77 (0.59,0.99) 0.77 (0.49,1.22) 1.66 (0.79,3.47) 0.0219 0.1895
JAK2 rs3780379 (D) rs1800797 (D) 1.10 (0.93,1.31) 1.26 (1.01,1.59) 0.85 (0.70,1.03) 0.0009 0.0175
STAT5B rs9900213 (D) 1.03 (0.87,1.22) 1.31 (1.05,1.64) 0.99 (0.80,1.21) 0.0347 0.1922
STAT4 rs10168266 (D) rs2069827 (D) 0.70 (0.56,0.89) 0.89 (0.76,1.04) 1.09 (0.82,1.45) 0.0039 0.1373
rs3024861 (D) 0.67 (0.52,0.86) 0.91 (0.79,1.06) 1.05 (0.81,1.37) 0.0030 0.1131
RECTAL
JAK2 rs3780381 (A) IFNG rs2069727 (A) 0.61 (0.41,0.89) 0.43 (0.19,0.98) 0.9 (0.41,1.96) 0.0124 0.1497
STAT5B rs9900213 (D) IFNGR1 rs1327474 (D) 0.84 (0.65,1.08) 0.69 (0.48,0.98) 0.92 (0.69,1.24) 0.0342 0.1906
SOCS2 rs3816997 (D) rs3799488 (D) 0.98 (0.75,1.28) 0.75 (0.59,0.96) 1.23 (0.82,1.84) 0.0474 0.1905
rs768775 (D) rs9376267 (D) 1.02 (0.80,1.30) 0.93 (0.72,1.21) 1.49 (1.11,2.01) 0.0285 0.1290
JAK1 rs310198 (D) IFNGR2 rs1532 (D) 1.02 (0.81,1.27) 1.15 (0.84,1.57) 0.64 (0.46,0.91) 0.0100 0.1725
JAK2 rs7043371 (A) rs2834211 (D) 2.18 (1.39,3.41) 1.32 (0.97,1.79) 1.09 (0.68,1.74) 0.0031 0.0668
STAT3 rs1026916 (A) rs2834215 (A) 1.65 (1.07,2.53) 1.7 (0.98,2.96) 0.91 (0.51,1.63) 0.0054 0.0683
STAT5A rs12601982 (D) rs2834215 (D) 1.22 (0.94,1.58) 1.53 (1.03,2.29) 1.08 (0.81,1.46) 0.0229 0.1098
TYK2 rs280500 (D) TNF rs1800630 (D) 1.39 (1.08,1.78) 1.48 (1.15,1.91) 1.22 (0.86,1.73) 0.0261 0.1443
JAK2 rs10815160 (D) TNFRSF1A rs4149570 (D) 1.37 (1.05,1.78) 1.39 (1.02,1.91) 1.08 (0.81,1.42) 0.0048 0.0847
SOCS2 rs3816997 (D) rs4149576 (D) 1.28 (1.01,1.63) 1.17 (0.83,1.64) 0.87 (0.65,1.18) 0.0150 0.0696
rs4149578 (D) 0.9 (0.67,1.20) 0.73 (0.57,0.93) 1.28 (0.85,1.94) 0.0114 0.0587
STAT4 rs3024904 (D) 1.34 (1.02,1.76) 1.27 (0.97,1.65) 0.73 (0.45,1.16) 0.0035 0.1397
SOCS1 rs193779 (D) 1.39 (1.02,1.91) 1.36 (1.09,1.70) 1.06 (0.74,1.52) 0.0181 0.0792
rs4780355 (D) 0.66 (0.44,0.99) 0.88 (0.71,1.09) 1.29 (0.94,1.77) 0.0018 0.0102
JAK2 rs3780379 (D) IL6 rs1800797 (D) 1.36 (1.07,1.74) 1.46 (1.07,2.01) 1.14 (0.85,1.54) 0.0088 0.1332
STAT4 rs6752770 (A) rs2069840 (A) 0.58 (0.37,0.91) 0.55 (0.31,0.95) 1.24 (0.53,2.89) 0.0044 0.1564
STAT1 rs16824035 (D) rs2069840 (D) 0.71 (0.56,0.89) 0.71 (0.51,0.99) 1.01 (0.76,1.34) 0.0015 0.0475
rs4327257 (D) 0.74 (0.59,0.92) 0.7 (0.48,1.01) 1.06 (0.78,1.44) 0.0023 0.0694
TYK2 rs280519 (D) 0.57 (0.39,0.83) 0.7 (0.51,0.97) 0.71 (0.52,0.97) 0.0097 0.1123
1

Models: A - additive or co-dominant; D - dominant

2

Compares wild type (WT) JAK/STAT/SOCS SNP and variant from additive or co-dominant model or heterozygote/variant if dominant model for pathway SNP relative to both WT

3

Compares variant from additive or co-dominant model or heterozygote/variant if dominant model for JAK/STAT/SOCS SNP and wild type (WT) pathway SNP relative to both WT

4

Compares variant from additive or co-dominant model or heterozygote/variant if dominant model for both JAK/STAT/SOCS and pathway SNPs relative to both WT