Table 3.
Gene selection stability according to stability index (lower = better)
| gene selection method | GSE2034 | GSE11121 | GSE1456 | GSE2990 | GSE4922 | GSE7390 | Median |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| PAM |
0.237 |
0.282 |
0.259 |
0.302 |
0.281 |
0.277 |
0.279 |
| sigGenNB |
0.209 |
0.193 |
0.173 |
0.289 |
0.208 |
0.272 |
0.208 |
| sigGenSVM |
0.209 |
0.193 |
0.173 |
0.289 |
0.208 |
0.272 |
0.208 |
| SCAD |
0.245 |
0.265 |
0.268 |
0.232 |
0.229 |
0.251 |
0.247 |
| HHSVM |
0.212 |
0.191 |
0.210 |
0.199 |
0.197 |
0.205 |
0.202 |
| RFE |
0.285 |
0.298 |
0.295 |
0.287 |
0.293 |
0.291 |
0.292 |
| RRFE |
0.224 |
0.240 |
0.211 |
0.246 |
0.209 |
0.248 |
0.232 |
| graphK |
0.276 |
0.290 |
0.295 |
0.285 |
0.283 |
0.285 |
0.285 |
| graphkKp |
0.269 |
0.281 |
0.276 |
0.271 |
0.273 |
0.276 |
0.274 |
| networkSVM |
0.021 |
0.027 |
0.018 |
0.026 |
0.014 |
0.018 |
0.020 |
| PAC |
0.249 |
0.257 |
0.245 |
0.259 |
0.158 |
0.181 |
0.248 |
| aveExpPath |
0.189 |
0.192 |
0.156 |
0.294 |
0.190 |
0.237 |
0.191 |
| HubClassify |
0.215 |
0.095 |
0.073 |
0.106 |
0.138 |
0.120 |
0.113 |
| pathBoost | 0.200 | 0.206 | 0.247 | 0.199 | 0.235 | 0.213 | 0.210 |