Table 1.
Distribution of sequence reads to different viral species and total of human viruses in 49 sample pairs
| Sample paira | No. of human viruses detected | No. of known human pathogens | Anelloviridae (n = 34) | Dependovirus (n = 12) | Sapovirus (n = 10) | Enterovirus (n = 9) | Bocavirus (n = 8) | Norovirus (n = 7) | Adenovirus (n = 5) | Parechovirus (n = 3) | Rotavirus (n = 2) | Astrovirus (n = 2) | Cosavirus (n = 2) | HBV (n = 1) |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 27 | 6 | 3 | 220 | 1,025 | 11 | 1 | 1 | 19 | ||||||
| 37 | 4 | 1 | 794 | 1 | 1 | 30 | ||||||||
| 47 | 4 | 2 | 6 | 1 | 3 | 38 | ||||||||
| 96 | 4 | 2 | 2 | 1 | 3 | 1 | ||||||||
| 20 | 3 | 1 | 210 | 1 | 15 | |||||||||
| 43 | 3 | 2 | 128 | 1,639 | 194b | |||||||||
| 28 | 3 | 1 | 32 | 1 | 38 | |||||||||
| 30 | 3 | 2 | 31 | 7 | 4 | |||||||||
| 22 | 3 | 1 | 27 | 1 | 663 | |||||||||
| 7 | 3 | 2 | 17 | 1 | 35 | |||||||||
| 13 | 3 | 0 | 16 | 1,309 | 2c | |||||||||
| 49 | 3 | 1 | 1 | 11 | 6 | |||||||||
| 26 | 3 | 3 | 1 | 1 | 1 | |||||||||
| 41 | 3 | 2 | 24 | 16 | 1 | |||||||||
| 44 | 2 | 1 | 2,379 | 1 | ||||||||||
| 11 | 2 | 1 | 1,446 | 1 | ||||||||||
| 4 | 2 | 1 | 1,193 | 19 | ||||||||||
| 38 | 2 | 0 | 134 | 2 | ||||||||||
| 15 | 2 | 1 | 112 | 1 | ||||||||||
| 10 | 2 | 0 | 93 | 1 | ||||||||||
| 3 | 2 | 1 | 21 | 1 | ||||||||||
| 33 | 2 | 1 | 17 | 1 | ||||||||||
| 19 | 2 | 1 | 13 | 13 | ||||||||||
| 42 | 2 | 2 | 13 | 647 | ||||||||||
| 17 | 2 | 0 | 6 | 95 | ||||||||||
| 35 | 2 | 0 | 5 | 1 | ||||||||||
| 34 | 2 | 1 | 3 | 1 | ||||||||||
| 32 | 2 | 2 | 11 | 6 | ||||||||||
| 8 | 2 | 1 | 43 | 1,227 | ||||||||||
| 23 | 2 | 0 | 2 | 1,375 | ||||||||||
| 25 | 2 | 0 | 2 | 9 | ||||||||||
| 31 | 1 | 0 | 1,799 | |||||||||||
| 18 | 1 | 0 | 182 | |||||||||||
| 29 | 1 | 0 | 98 | |||||||||||
| 21 | 1 | 0 | 35 | |||||||||||
| 12 | 1 | 0 | 24 | |||||||||||
| 1 | 1 | 0 | 16 | |||||||||||
| 2 | 1 | 0 | 12 | |||||||||||
| 5 | 1 | 0 | 4 | |||||||||||
| 6 | 1 | 0 | 4 | |||||||||||
| 9 | 1 | 1 | 6,488 | |||||||||||
| 86 | 1 | 0 | 36 | |||||||||||
| 45 | 1 | 1 | 7 | |||||||||||
| 40 | 1 | 0 | 452 | |||||||||||
| 14 | 0 | 0 | ||||||||||||
| 16 | 0 | 0 | ||||||||||||
| 24 | 0 | 0 | ||||||||||||
| 39 | 0 | 0 | ||||||||||||
| 48 | 0 | 0 | ||||||||||||
| Total no. of reads | 95 | 38 | 9,093 | 2,798 | 6,586 | 2,349 | 2,773 | 682 | 23 | 55 | 41 | 196 | 16 | 30 |
a
The sample pair underlined contained the initial bufavirus sequence reads. The samples shaded in gray were positive for bufavirus by nested PCR.
b
HAstV.
c
HMO-A/VA2.