. 2012 Oct;80(10):3490–3500. doi: 10.1128/IAI.00434-12

Table 2.

Primers used in this study

Primer function and name	Sequence (5′–3′)
Primers used for usher deletions in Y. pestis
y0350_kanF	`TGCCGGGAATTATGATGCTGTAGATGTTTTGGTTAATAACAAATT`
	`GTTCATGTAGGCTGGAGCTGCTTCG`
y0350_kanR	`CGGCACCCAGTGGTAACCCCTCACCTTCGGCTTGAATTAACACCG`
	`CATAGATGGGAATTAGCCATGGTCC`
y0562_kanF	`ATTATTAATGCCAGCAAGACCTACCGTATTGCAGCGACCTTCGAT`
	`AGCGTGTAGGCTGGAGCTGCTTC`
y0562_kanR	`AATCGGCAGCATTTCACCATCACTACCACGGATGGTTAGCAGCA`
	`ATTGGCGATGGGAATTAGCCATGGTCC`
y1858_kanF	`CAACAACCGTTATTACCTTTCTCAATCACAGCTAAGAACGATTGG`
	`GCTTCTGTAGGCTGGAGCTGCTTCG`
y1858_kanR	`GTAAGTCTTGGCCTGATGCGTCTGTAATTCTAATATTCACTGCGG`
	`AAATTATGGGAATTAGCCATGGTCC`
y1871_kanF	`CCCCGGTGAGCGTCAGGTTGATATCTATTTAAATGATCAATGGAT`
	`TGGTCTGTAGGCTGGAGCTGCTTCG`
y1871_kanR	`CGCCATCTTTTACTTCCGCCCCAAACGGCAAGGGGGTGTTATCTG`
	`CCAGAATGGGAATTAGCCATGGTCC`
y2390_kanF	`GTATATGAACAACAAATTTGTTGATCGCCTAAAAATGCTGTTTGT`
	`TGATATGTAGGCTGGAGCTGCTTCG`
y2390_kanR	`CGTTAGTGCCCTTGCCGTTGTAATTATAAACGACGGTTCCCATAG`
	`GCAATATGGGAATTAGCCATGGTCC`
y3480_kanF	`TCCCGAGCAGGTGATCGCTTTTTATGCCCGTGATGATGAACCGAA`
	`TAGCATGTAGGCTGGAGCTGCTTCG`
y3480_kanR	`GCGGATGGCTACTGTCGGTCAGGCTGATGGTTGCCAGTACCTTCT`
	`CCCCTATGGGAATTAGCCATGGTCC`
Primers used to confirm usher deletions in Y. pestis
y0350TESTF	`CCAACGGACATCAAGTGTACC`
y0350TESTR	`GCATCAGGTTTGACCCAGC`
y0562TESTF	`GTGGTCGCCCGTTGTATTAATC`
y0562TESTR	`CTATATTCAAAAAGTCTTCACATTTGGTC`
y1858TESTF	`GTTACCGTCACTGATACCCTTG`
y1858TESTR	`GTTACCGTCACTGATACCCTTG`
y1871TESTF	`CGCTATTTGTGGTATTGGTGGC`
y1871TESTR	`GCTTGTTGA TTCACTCGGAC`
y2390TESTF	`CGTCAGCGGCGGATAATAAC`
y2390TESTR	`GTAGATAGGCTTGGCTCG`
y3480TESTF	`CCTTTGGCACTGATGACCA`
y3480TESTR	`CTGATGCAATGGATGCTAACG`
Primers used to amplify usher genes for complementation plasmids
y350FExp	`GAATTCATAGACCGCAGTGGTAGACT`
y350RExp	`GGATCCAAGATGCCGGTAGCTATCGT`
y1858FExp	`GAATTCGACCTACTCTGTTGTTGCCT`
y1858RExp	`GGATCCCAGTAACTAGCCCATACCAG`
y1871FExp	`GGATCCGGCCTCGATATAATGCTTAGTC`
y1871RExp	`CACCTGCGCGCAGGTACATGTTGATA`