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. 2012 Sep 25;7(9):e46180. doi: 10.1371/journal.pone.0046180

Table 2. Percentages of sequences, which showed mismatches between the primer and target regions of the nuclear 18S ribosomal DNA sequences downloaded from the SILVA database.

Phylum (# sequences)
Primer # 1 Primer # 2 Primer # 3 Primer # 4 Primer # 5
% (# Sequences) % (# Sequences) % (# Sequences) % (# Sequences) % (# Sequences)
One Two or more One Two or more One Two or more One Two or more One Two or more
Total
Metazoa
Eumetazoa
Bilateria (18) 11.11 (2) 5.56 (1) 16.67 (3) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0)
Acoelomata
Platyhelminthes (1003) 1.20 (12) 1.69 (17) 1.50 (15) 0.50 (5) 1.79 (18) 0.80 (8) 5.08 (51) 0.80 (8) 1.10 (11) 0.50 (5)
Coelomata
Deuterostomia
Chaetognatha (20) 0.00 (0) 5.00 (1) 5.00 (1) 15.00 (3) 10.00 (2) 0.00 (0) 25.00 (5) 0.00 (0) 0.00 (0) 5.00 (1)
Chordata (763) 6.03 (46) 7.08 (54) 3.28 (25) 8.39 (64) 3.15 (24) 10.75 (82) 6.55 (50) 1.44 (11) 6.82 (52) 4.59 (35)
Echinodermata (156) 1.28 (2) 2.56 (4) 1.92 (3) 0.64 (1) 1.92 (3) 0.00 (0) 1.28 (2) 0.00 (0) 0.64 (1) 1.28 (2)
Hemichordata (23) 0.00 (0) 4.35 (1) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 4.35 (1) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0)
Xenoturbellida (1) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0)
Protostomia
Annelida (983) 0.51 (5) 1.32 (13) 0.71 (7) 1.02 (10) 1.12 (11) 1.32 (13) 1.53 (15) 0.71 (7) 1.53 (15) 0.92 (9)
Echiura (4) 0.00 (0) 0.00 (0) 25.00 (1) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0)
Brachiopoda (41) 0.00 (0) 2.44 (1) 2.44 (1) 0.00 (0) 0.00 (0) 4.88 (2) 2.44 (1) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0)
Bryozoa (47) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 2.13 (1) 0.00 (0) 2.13 (1) 2.13 (1) 2.13 (1) 2.13 (1) 0.00 (0)
Entoprocta (14) 0.00 (0) 7.14 (1) 7.14 (1) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0)
Mollusca (887) 0.68 (6) 0.45 (4) 0.68 (6) 2.37 (21) 1.24 (11) 1.69 (15) 0.56 (5) 0.79 (7) 0.45 (4) 0.90 (8)
Myzostomida (36) 2.78 (1) 0.00 (0) 2.78 (1) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0)
Nemertea (34) 0.00 (0) 0.00 (0) 2.94 (1) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0)
Panarthropoda
Arthropoda (7591) 5.03 (382) 1.21 (92) 1.49 (113) 0.84 (64) 2.69 (204) 0.91 (69) 3.90 (296) 1.26 (96) 3.19 (242) 0.69 (52)
Onychophora (2) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0)
Tardigrada (102) 2.94 (3) 0.98 (1) 0.00 (0) 0.00 (0) 4.90 (5) 0.00 (0) 1.96 (2) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0)
Priapulida (6) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0)
Sipuncula (16) 0.00 (0) 0.00 (0) 6.25 (1) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0)
Pseudocoelomata
Acanthocephala (46) 0.00 (0) 2.17 (1) 2.17 (1) 0.00 (0) 15.22 (7) 0.00 (0) 2.17 (1) 0.00 (0) 6.52 (3) 2.17 (1)
Cycliophora (18) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0)
Gastrotricha (17) 0.00 (0) 5.88 (1) 0.00 (0) 0.00 (0) 5.88 (1) 11.76 (2) 5.88 (1) 29.41 (5) 11.76 (2) 5.88 (1)
Kinorhyncha (6) 16.67 (1) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0)
Loricifera (1) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0)
Micrognathozoa (2) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0)
Nematoda (1375) 2.04 (28) 1.67 (23) 3.05 (42) 0.36 (5) 1.53 (21) 0.87 (12) 1.67 (23) 1.60 (22) 7.05 (97) 1.96 (27)
Nematomorpha (11) 0.00 (0) 9.09 (1) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 9.09 (1) 0.00 (0) 0.00 (0)
Rotifera (68) 1.47 (1) 8.82 (6) 10.29 (7) 0.00 (0) 7.35 (5) 0.00 (0) 0.00 (0) 1.47 (1) 10.29 (7) 0.00 (0)
Cnidaria (969) 4.75 (46) 1.44 (14) 12.28 (119) 4.85 (47) 1.75 (17) 1.24 (12) 3.20 (31) 1.03 (10) 13.31 (129) 8.88 (86)
Ctenophora (18) 0.00 (0) 5.56 (1) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0)
Mesozoa (5) 0.00 (0) 40.00 (2) 0.00 (0) 20.00 (1) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 80.00 (4) 0.00 (0) 0.00 (0)
Placozoa (9) 0.00 (0) 22.22 (2) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0) 0.00 (0)
Porifera (211) 1.42 (3) 1.90 (4) 1.42 (3) 0.95 (2) 0.95 (2) 0.00 (0) 0.47 (1) 0.95 (2) 0.00 (0) 1.90 (4)

Comparisons were made for each phylum. One and two or more mismatches were estimated independently. The numbers in parentheses indicate the number of sequences that had the mismatches. The hierarchy of the NCBI taxonomy database is followed in this table.