Table 3. Percentages of sequences, which showed mismatches between the primer and target region of the nuclear 28S ribosomal DNA sequences downloaded from the SILVA database.
Phylum (# sequences) | ||||||||||||||||||||||
Primer # 1 | Primer # 2 | Primer # 3 | Primer # 4 | Primer # 5 | Primer # 6 | Primer # 7 | Primer # 8 | Primer # 9 | Primer # 10 | Primer # 11 | ||||||||||||
% (# Sequences) | % (# Sequences) | % (# Sequences) | % (# Sequences) | % (# Sequences) | % (# Sequences) | % (# Sequences) | % (# Sequences) | % (# Sequences) | % (# Sequences) | % (# Sequences) | ||||||||||||
One | Two or more | One | Two or more | One | Two or more | One | Two or more | One | Two or more | One | Two or more | One | Two or more | One | Two or more | One | Two or more | One | Two or more | One | Two or more | |
Total | ||||||||||||||||||||||
Metazoa | ||||||||||||||||||||||
Eumetazoa | ||||||||||||||||||||||
Acoelomata | ||||||||||||||||||||||
Platyhelminthes (127) | 0.00 (0) | 2.36 (3) | 7.09 (9) | 0.00 (0) | 14.17 (18) | 0.00 (0) | 16.54 (21) | 3.15 (4) | 9.45 (12) | 3.15 (4) | 7.87 (10) | 7.09 (9) | 5.51 (7) | 1.57 (2) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.79 (1) | 0.00 (0) | 1.57 (2) | 0.00 (0) | 0.79 (1) | 2.36 (3) |
Coelomata | ||||||||||||||||||||||
Deuterostomia | ||||||||||||||||||||||
Chordata (48) | 8.33 (4) | 8.33 (4) | 4.17 (2) | 10.42 (5) | 4.17 (2) | 8.33 (4) | 8.33 (4) | 6.25 (3) | 0.00 (0) | 6.25 (3) | 8.33 (4) | 4.17. (2) | 4.17 (2) | 10.42 (5) | 4.17 (2) | 2.08 (1) | 0.00 (0) | 6.25 (3) | 2.08 (1) | 4.17 (2) | 6.25 (3) | 4.17 (2) |
Echinodermata (2) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 100.00 (2) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) |
Hemichordata (3) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 100.00 (3) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) |
Protostomia | ||||||||||||||||||||||
Annelida (55) | 1.82 (1) | 5.45 (3) | 1.82 (1) | 0.00 (0) | 1.82 (1) | 0.00 (0) | 1.82 (1) | 0.00 (0) | 1.82 (1) | 0.00 (0) | 1.82 (1) | 1.82 (1) | 1.82 (1) | 3.64 (2) | 1.82 (1) | 0.00 (0) | 1.82 (1) | 9.09 (5) | 1.82 (1) | 9.09 (5) | 0.00 (0) | 0.00 (0) |
Echiura (1) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 100.00 (1) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) |
Brachiopoda (4) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 25.00 (1) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) |
Bryozoa (14) | 7.14 (1) | 14.29 (2) | 0.00 (0) | 7.14 (1) | 0.00 (0) | 7.14 (1) | 14.29 (2) | 7.14 (1) | 21.43 (3) | 14.29 (2) | 14.29 (2) | 0.00 (0) | 14.29 (2) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 7.14 (1) | 0.00 (0) |
Entoprocta (1) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) |
Mollusca (102) | 0.00 (0) | 0.98 (1) | 1.96 (2) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 4.90 (5) | 0.98 (1) | 2.94 (3) | 1.96 (2) | 0.98 (1) | 1.96 (2) | 0.98 (1) | 2.94 (3) | 0.00 (0) | 0.98 (1) | 0.00 (0) | 2.94 (3) | 3.92 (4) | 1.96 (2) | 1.96 (2) | 0.00 (0) | 0.98 (1) |
Myzostomida (3) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 100.00 (3) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) |
Nemertea (1) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) |
Panarthropoda | ||||||||||||||||||||||
Arthropoda (310) | 4.19 (13) | 4.19 (13) | 5.48 (17) | 1.61 (5) | 0.65 (2) | 6.13 (19) | 5.16 (16) | 0.65 (2) | 3.23 (10) | 3.55 (11) | 6.13 (19) | 4.19 (13) | 3.23 (10) | 2.26 (7) | 5.48 (17) | 1.61 (5) | 6.77 (21) | 1.94 (6) | 13.87 (43) | 4.84 (15) | 1.94 (6) | 1.94 (6) |
Onychophora (1) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 100.00 (1) | 0.00 (0) | 100.00 (1) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 100.00 (1) | 0.00 (0) | 100.00 (1) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 100.00 (1) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 100.00 (1) | 0.00 (0) |
Tardigrada (1) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 100.00 (1) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) |
Priapulida (2) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) |
Sipuncula (2) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) |
Pseudocoelomata | ||||||||||||||||||||||
Acanthocephala (25) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 24.00 (6) | 0.00 (0) | 4.00 (1) | 4.00 (1) | 0.00 (0) | 8.00 (2) | 8.00 (2) | 0.00 (0) | 16.00 (4) | 0.00 (0) | 4.00 (1) | 4.00 (1) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 4.00 (1) | 0.00 (0) |
Cycliophora (1) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 100.00 (1) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) |
Kinorhyncha (1) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 100.00 (1) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) |
Nematoda (100) | 3.00 (3) | 12.00 (12) | 3.00 (3) | 3.00 (3) | 2.00 (2) | 2.00 (2) | 11.00 (11) | 14.00 (14) | 6.00 (6) | 2.00 (2) | 2.00 (2) | 6.00 (6) | 0.00 (0) | 1.00 (1) | 1.00 (1) | 1.00 (1) | 2.00 (2) | 1.00 (1) | 1.00 (1) | 0.00 (0) | 5.00 (5) | 1.00 (1) |
Nematomorpha (1) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 100.00 (1) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) |
Rotifera (11) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 9.09 (1) | 0.00 (0) | 9.09 (1) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 9.09 (1) | 0.00 (0) | 9.09 (1) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) |
Cnidaria (238) | 3.78 (9) | 1.26 (3) | 7.56 (18) | 2.16 (5) | 6.30 (15) | 1.26 (3) | 8.82 (21) | 6.72 (16) | 2.94 (7) | 0.84 (2) | 1.68 (4) | 1.68 (4) | 7.14 (17) | 0.84 (2) | 2.10 (5) | 1.26 (3) | 1.26 (3) | 1.26 (3) | 0.84 (2) | 1.68 (4) | 5.46 (13) | 1.26 (3) |
Ctenophora (3) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 33.33 (1) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) |
Placozoa (4) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) |
Porifera (11) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 9.09 (1) | 0.00 (0) | 9.09 (1) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 9.09 (1) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 9.09 (1) | 0.00 (0) | 9.09 (1) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) | 0.00 (0) |
Comparisons were made for each phylum. One and two or more mismatches were estimated independently. The numbers in parentheses indicate the number of sequences that had the mismatches. The hierarchy of the NCBI taxonomy database is followed in this table.