Table 1. Salmonella strains used to validate the Salmonella serogenotyping array.
| Species | Serovar | Strain | Results of classical Serotyping | Results of microarray based Serotyping | ||||
| Serogroup | Antigenic Formula | Serogroup | invA/galF/manC a | Unique Pattern | Pattern similar to Serovars | |||
| S.e. enterica | Paratyphi A | CDC1 | A (O:2) | 1,2,12:a:[1,5] | A (O:2) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Nitra | CDC1280 | A (O:2) | 2,12:g,m:- | A (O:2) | +/+/+ | No | Enteritidis, Blegdam |
| S.e. enterica | Kiel | CDC09-1879; CDC674 | A (O:2) | 1,2,12:g,p:- | A (O:2) | +/+/+ | No | Dublin, Naestved, Moscow |
| S.e. enterica | Koessen | CDC2417 | A (O:2) | 2,12:l,v:1,5 | A (O:2) | +/+/+ | No | Panama |
| S.e. enterica | Abony | CDC103; DSM4224 | B (O:4) | 1,4,[5],12,[27]:b:e,n,x | B (O:4) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Paratyphi B | CDC3 | B (O:4) | 1,4,[5],12:b:1,2 | B (O:4) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Wien | SGSC2528 | B (O:4) | 1,4,12,[27]:b:l,w | B (O:4) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Jericho | CDC621 | B (O:4) | 1,4,12,27:c:e,n,z15 | B (O:4) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Duisburg | SGSC2472 | B (O:4) | 1,4,12,[27]:d:e,n,z15 | B (O:4) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Schwarzengrund | CDC1629; SGSC2514 | B (O:4) | 1,4,12,27:d:1,7 | B (O:4) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Stanley | CDC000477; SGSC2517 | B (O:4) | 1,4,[5],12,[27]:d:1,2 | B (O:4) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Chester | CDC17 | B (O:4) | 1,4,[5],12:e,h:e,n,x | B (O:4) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Reading | CDC19; SGSC2510 | B (O:4) | 1,4,[5],12:e,h:1,5 | B (O:4) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Saintpaul | CDC108 | B (O:4) | 1,4,[5],12:e,h:1,2 | B (O:4) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Sandiego | CDC18 | B (O:4) | 1,4,[5],12:e,h:e,n,z15 | B (O:4) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Derby | CDC20 | B (O:4) | 1,4,[5],12:f,g:[1,2] | B (O:4) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Agona | CDC1636 | B (O:4) | 1,4,[5],12:f,g,s:[1,2] | B (O:4) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | California | CDC1109 | B (O:4) | 4,12:g,m,t:[z67] | B (O:4) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Budapest | CDC23 | B (O:4) | 1,4,12,[27]:g,t:- | B (O:4) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Travis | CDC990318 | B (O:4) | 4,[5],12:g,z51:1,7 | B (O:4) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | 1,4,[5],12:i:- | CDCQA126; NRL688; NRL813 | B (O:4) | 1,4,[5],12:i:- | B (O:4) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Agama | CDC513 | B (O:4) | 4,12:i:1,6 | B (O:4) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Gloucester | CDC443 | B (O:4) | 1,4,12,27:i:l,w | B (O:4) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Typhimurium | CDC14; DSM10506; DSM17058; DSM17058; DSM19587; DSM554; LT2 | B (O:4) | 1,4,[5],12:i:1,2 | B (O:4) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Brandenburg | CDC2519; SGSC2460 | B (O:4) | 4,[5],12:l,v:e,n,z15 | B (O:4) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Bredeney | CDC112 | B (O:4) | 1,4,12,27:l,v:1,7 | B (O:4) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Heidelberg | CDC16; DSM9379 | B (O:4) | 1,4,[5],12:r:1,2 | B (O:4) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Indiana | CDC377; SGSC2482 | B (O:4) | 1,4,12:z:1,7 | B (O:4) | +/+/+ | No | Kiambu |
| S.e. enterica | Kiambu | CDC399 | B (O:4) | 1,4,12:z:1,5 | B (O:4) | +/+/+ | No | Indiana |
| S.e. enterica | Haifa | SGSC2479 | B (O:4) | 1,4,[5],12:z10:1,2 | B (O:4) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Stanleyville | CDC223; SGSC2518 | B (O:4) | 1,4,[5],12,[27]:z4,z23:[1,2] | B (O:4) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Maska | CDC2349 | B (O:4) | 1,4,12,27:z41:e,n,z15 | B (O:4) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Ohio | CDC710 | C1 (O:7) | 6,7,14:b:l,w | C1 (O:7) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Choleraesuis | CDC34; DSM14846 | C1 (O:7) | 6,7:c:1,5 | C1 (O:7) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Paratyphi C | CDC33; SGSC3592 | C1 (O:7) | 6,7,[Vi]:c:1,5 | C1 (O:7) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Typhisuis | SGSC2527 | C1 (O:7) | 6,7:c:1,5 | C1 (O:7) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Kambole | CDC1863 | C1 (O:7) | 6,7:d:1,[2],7 | C1 (O:7) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Livingstone | NRL720 | C1 (O:7) | 6,7,14:d:l,w | C1 (O:7) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Braenderup | CDC49 | C1 (O:7) | 6,7,14:e,h:e,n,z15 | C1 (O:7) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Nola | CDC2206 | C1 (O:7) | 6,7:e,h:1,7 | C1 (O:7) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Rissen | CDC955 | C1 (O:7) | 6,7,14:f,g:- | C1 (O:7) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Montevideo | CDC1904 | C1 (O:7) | 6,7,14:g,m,[p],s:[1,2,7] | C1 (O:7) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Singapore | CDC010011 | C1 (O:7) | 6,7:k:e,n,x | C1 (O:7) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Thompson | CDC000342 | C1 (O:7) | 6,7,14:k:1,5 | C1 (O:7) | +/+/+ | Yes | |
| S.e.diarizonae | 6,7:l,v:z53 | DSM14847 | C1 (O:7) | 6,7:l,v:z53 | C1 (O:7) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Bonn | CDC344 | C1 (O:7) | 6,7:l,v:e,n,x | C1 (O:7) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Potsdam | CDC876 | C1 (O:7) | 6,7,14:l,v:e,n,z15 | C1 (O:7) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Kenya | CDC497 | C1 (O:7) | 6,7:l,z13:e,n,x | C1 (O:7) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Haelsingborg | CDC586 | C1 (O:7) | 6,7:m,p,t,[u]:- | C1 (O:7) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Oranienburg | CDC1271 | C1 (O:7) | 6,7,14:m,t:[z57] | C1 (O:7) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Infantis | CDC1428 | C1 (O:7) | 6,7,14:r:1,5 | C1 (O:7) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Virchow | CDC2688 | C1 (O:7) | 6,7,14:r:1,2 | C1 (O:7) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Bareilly | NRL608 | C1 (O:7) | 6,7,14:y:1,5 | C1 (O:7) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Mbandaka | CDC1906 | C1 (O:7) | 6,7,14:z10:e,n,z15 | C1 (O:7) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Tennessee | CDC155 | C1 (O:7) | 6,7,14:z29:[1,2,7] | C1 (O:7) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Tienba | CDC2425 | C1 (O:7) | 6,7:z35:1,6 | C1 (O:7) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Lille | CDC354 | C1 (O:7) | 6,7,14:z38:- | C1 (O:7) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Manhattan | CDC122 | C2–C3 (O:8) | 6,8:d:1,5 | C2–C3 (O:8) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Muenchen | CDC54; SGSC2243 | C2–C3 (O:8) | 6,8:d:1,2 | C2–C3 (O:8) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Virginia | CDC189 | C2–C3 (O:8) | 8:d:1,2 | C2–C3 (O:8) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Kottbus | CDC52 | C2–C3 (O:8) | 6,8:e,h:1,5 | C2–C3 (O:8) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Newport | CDC2434 | C2–C3 (O:8) | 6,8,20:e,h:1,2 | C2–C3 (O:8) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Emek | SGSC2477 | C2–C3 (O:8) | 8,20:g,m,s:- | C2–C3 (O:8) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Kentucky | CDC2590; Eng196b | C2–C3 (O:8) | 8,20:i:z6 | C2–C3 (O:8) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Lindenburg | CDC334 | C2–C3 (O:8) | 6,8:i:1,2 | C2–C3 (O:8) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Blockley | CDC448; Eng23b; Eng24b | C2–C3 (O:8) | 6,8:k:1,5 | C2–C3 (O:8) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Litchfield | CDC000462 | C2–C3 (O:8) | 6,8:l,v:1,2 | C2–C3 (O:8) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Manchester | Eng205b | C2–C3 (O:8) | 6,8:l,v:1,7 | C2–C3 (O:8) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Breukelen | CDC1699 | C2–C3 (O:8) | 6,8:l,z13,[z28]:e,n,z15 | C2–C3 (O:8) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Goldcoast | NRL852 | C2–C3 (O:8) | 6,8:r:l,w | C2–C3 (O:8) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Bovismorbificans | CDC2201 | C2–C3 (O:8) | 6,8,20:r,[i]:1,5 | C2–C3 (O:8) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Hidalgo | CDC2359 | C2–C3 (O:8) | 6,8:r,[i]:e,n,z15 | C2–C3 (O:8) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Hadar | CDC347; | C2–C3 (O:8) | 6,8:z10:e,n,x | C2–C3 (O:8) | +/+/+ | No | Istanbul |
| S.e. enterica | Istanbul | CDC1466 | C2–C3 (O:8) | 8:z10:e,n,x | C2–C3 (O:8) | +/+/+ | No | Hadar |
| S.e. enterica | Uno | CDC1697 | C2–C3 (O:8) | 6,8:z29:[e,n,z15] | C2–C3 (O:8) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Corvallis | CDC1770 | C2–C3 (O:8) | 8,20:z4,z23:[z6] | C2–C3 (O:8) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Duesseldorf | CDC130 | C2–C3 (O:8) | 6,8:z4,z24:- | C2–C3 (O:8) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Tallahassee | CDC196 | C2–C3 (O:8) | 6,8:z4,z32:- | C2–C3 (O:8) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Gallinarum | CDC74; DSM13674 | D1 (O:9) | 1,9,12:-:- | D1 (O:9) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Berta | CDC69 | D1 (O:9) | 1,9,12:[f],g,[t]:- | D1 (O:9) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Miami | CDC198; SGSC2485 | D1 (O:9) | 1,9,12:a:1,5 | D1 (O:9) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Goeteborg | CDC696 | D1 (O:9) | 9,12:c:1,5 | D1 (O:9) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Typhi | No. 1c | D1 (O:9) | 9,12[Vi]:d:- | D1 (O:9) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Enteritidis | CDC64; DSM14221; DSM17420 | D1 (O:9) | 1,9,12:g,m:- | D1 (O:9) | +/+/+ | No | Nitra, Blegdam |
| S.e. enterica | Blegdam | CDC090361; CDC68 | D1 (O:9) | 9,12:g,m,q:- | D1 (O:9) | +/+/+ | No | Nitra, Enteritidis |
| S.e. enterica | Dublin | CDC10-0635; CDC65 | D1 (O:9) | 1,9,12[Vi]:g,p:- | D1 (O:9) | +/+/+ | No | Kiel, Naestved, Moscow |
| S.e. enterica | Naestved | CDC559; SGSC3612 | D1 (O:9) | 1,9,12:g,p,s:- | D1 (O:9) | +/+/+ | No | Kiel, Dublin, Moscow |
| S.e. enterica | Moscow | CDC67 | D1 (O:9) | 1,9,12:g,q:- | D1 (O:9) | +/+/+ | No | Kiel, Dublin, Naestved |
| S.e. enterica | Panama | CDC73; SGSC2496 | D1 (O:9) | 1,9,12:l,v:1,5 | D1 (O:9) | +/+/+ | No | Koessen |
| S.e. salamae | 9:l,w:e,n,x | DSM9220 | D1 (O:9) | 9:l,w:e,n,x | D1 (O:9) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Javiana | CDC146 | D1 (O:9) | 1,9,12:l,z28:1,5 | D1 (O:9) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Ottawa | CDC1934 | D1 (O:9) | 1,9,12:z41:1,5 | D1 (O:9) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Franken | CDC2570 | D1 (O:9) | 9,12:z6:z67 | D1 (O:9) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Fresno | CDC1412 | D2 (O:9,46) | 9,46:z38:- | D2 (O:9,46) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Anatum | CDC78 | E1 (O:3,10) | 3,{10}{15}{15,34}:e,h:1,6 | E1 (O:3,10) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Meleagridis | NRL737 | E1 (O:3,10) | 3,{10}{15}{15,34}:e,h:l,w | E1 (O:3,10) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Muenster | CDC79 | E1 (O:3,10) | 3,{10}{15}{15,34}:e,h:1,5 | E1 (O:3,10) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Amsterdam | CDC070756 | E1 (O:3,10) | 3,{10}{15}{15,34}:g,m,s:- | E1 (O:3,10) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Westhampton | CDC326 | E1 (O:3,10) | 3,{10}{15}{15,34}:g,s,t:- | E1 (O:3,10) | +/+/+ | No | Senftenberg |
| S.e. enterica | Bessi | CDC1999 | E1 (O:3,10) | 3,10:i:e,n,x | E1 (O:3,10) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Give | CDC495; CDC77 | E1 (O:3,10) | 3,{10}{15}{15,34}:l,v:1,7 | E1 (O:3,10) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | London | NRL700 | E1 (O:3,10) | 3,{10}{15}:l,v:1,6 | E1 (O:3,10) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Weltevreden | CDC147 | E1 (O:3,10) | 3,{10}{15}:r:z6 | E1 (O:3,10) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Orion | CDC321 | E1 (O:3,10) | 3,{10}{15}{15,34}:y:1,5 | E1 (O:3,10) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Pietersburg | CDC2258 | E1 (O:3,10) | 3,{10}{15,34}:z69:1,7 | E1 (O:3,10) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Senftenberg | CDC87; DSM10062 | E4 (O:1,3,19) | 1,3,19:g,[s],t:- | E4 (O:1,3,19) | +/+/+ | No | Westhampton |
| S.e. enterica | Westerstede | CDC607 | E4 (O:1,3,19) | 1,3,19:l,z13:1,2 | E4 (O:1,3,19) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Missouri | CDC2309 | F (O:11) | 11:g,s,t:- | F (O:11) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Connecticut | CDC2392 | F (O:11) | 11:l,z13,z28:1,5 | F (O:11) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Rubislaw | CDC102; SGSC2511 | F (O:11) | 11:r:e,n,x | F (O:11) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Mississippi | CDC154 | G (O:13) | 1,13,23:b:1,5 | G (O:13) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Havana | NRL607 | G (O:13) | 1,13,23:f,g,[s]:- | G (O:13) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Idikan | CDC1690 | G (O:13) | 1,13,23:i:1,5 | G (O:13) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Kedougou | CDC1523 | G (O:13) | 1,13,23:i:l,w | G (O:13) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Poona | CDC1243 | G (O:13) | 1,13,22:z:1,6 | G (O:13) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Cubana | CDC207 | G (O:13) | 1,13,23:z29:- | G (O:13) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Ajiobo | CDC527 | G (O:13) | 13,23:z4,z23:- | G (O:13) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. indica | 6,14:a:e,n,x | DSM14848 | G (O:13) | 6,14:a:e,n,x | G (O:13) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Blijdorp | CDC765 | H (O:6,14) | 1,6,14,25:c:1,5 | H (O:6,14) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Carrau | CDC93 | H (O:6,14) | 6,14,[24]:y:1,7 | H (O:6,14) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Grancanaria | CDC2506 | I (O:16) | 16:z39:[1,6] | I (O:16) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Cerro | CDC990087 | K (O:18) | 6,14,18:z4,z23:[1,5] | K (O:18) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Pomona | CDC2473A | M (O:28) | 28:y:1,7 | M (O:28) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Morocco | CDC694 | N (O:30) | 30:l,z13,z28:e,n,z15 | N (O:30) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Ealing | CDC745 | O (O:35) | 35:g,m,s:- | O (O:35) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Alachua | CDC325 | O (O:35) | 35:z4,z23:- | O (O:35) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Kasenyi | NRL878 | P (O:38) | 38:e,h:1,5 | P (O:38) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Lansing | CDC634 | P (O:38) | 38:i:1,5 | P (O:38) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Inverness | CDC171 | P (O:38) | 38:k:1,6 | P (O:38) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Gera | CDC1316 | T (O:42) | 1,42:z4,z23:1,6 | T (O:42) | +/+/+ | Yes | |
| S.e. enterica | Niederoderwitz | CDC2579 | U (O:43) | 43:b:- | U (O:43) | +/+/+ | Yes | |
| S. bongori | 66:z41:- | DSM13774 | O:66 | 66:z41:- | O:66 | +/+/+ | Yes | |
a
invA, galF and manC are species marker for Salmonella.
b
generous gift of Paul Barrow, University of Nottingham Sutton Bonington Campus, UK.
c
only genomic DNA of Salmonella Typhi, generous gift of Rene S. Hendrickson, DTU Food, Denmark.
Strains were classically serotyped by the CDC (Centers of Disease Control and Prevention, Atlanta, USA), DSMZ (German Collection of Microorganism and Cell Cultures, Brunswick, Germany), SGSC (Salmonella Genetic Stock Center, Calgary, Canada) and FLI (National Reference Laboratory for Salmonellosis in cattle at the Friedrich-Loeffler-Institute, Jena, Germany).