Table 1.

Allele frequencies in 1106 Mexican American HLA haplotypes. Those alleles highlighted in red are candidates to have originated in American Natives instead of Europeans or Africans.

	A	Count	Freq	C	Count	Freq	B	Count	Freq	DRB1	Count	Freq
1	02010101g	218	0.197	0401012	168	0.152	350101g	75	0.068	080201	106	0.096
2	2402011	162	0.146	07020101g	141	0.127	400201g	74	0.067	070101	99	0.090
3	01010101g	91	0.082	070101g	100	0.090	510101	59	0.053	040701	80	0.072
4	03010101g	75	0.068	030401g	92	0.083	070201g	55	0.050	150101	75	0.068
5	020601g	74	0.067	06020101g	71	0.064	140201	52	0.047	030101	75	0.068
6	310102g	65	0.059	0802	58	0.052	180101g	51	0.046	0404	69	0.062
7	110101g	46	0.042	050101g	58	0.052	080101g	45	0.041	110401	45	0.041
8	290201	38	0.034	160101	50	0.045	440301	44	0.040	010201	41	0.037
9	320101g	32	0.029	12030101g	49	0.044	3905	41	0.037	010101	39	0.035
10	680102g	32	0.029	080101	48	0.043	150101g3	39	0.035	1406	39	0.035
11	300201g	31	0.028	010201g	46	0.042	44020101g	34	0.031	130201	38	0.034
12	3301	29	0.026	030301g3	39	0.035	480101g	34	0.031	1402	35	0.032
13	260101g	27	0.024	150201g	31	0.028	390602	33	0.030	130101	34	0.031
14	680301	26	0.024	020202	30	0.027	380101	26	0.024	110101	31	0.028
15	2301g	25	0.023	0306	21	0.019	3512	25	0.023	160201	26	0.024
16	300101g	19	0.017	1701g	17	0.015	270502g	24	0.022	0411	24	0.022
17	68020101g	18	0.016	120201g	15	0.014	570101	22	0.020	040101	22	0.020
18	0205	16	0.014	140201	10	0.009	520101g	21	0.019	040501g4	21	0.019
19	250101	14	0.013	150501g	10	0.009	350201	20	0.018	140101g	19	0.017
20	680101g	9	0.008	070401g	8	0.007	4501g	20	0.018	040301	18	0.016
21	330301	8	0.007	1509	8	0.007	4901	20	0.018	150201	16	0.014
22	0202	5	0.005	0210	7	0.006	400101g	18	0.016	130301	14	0.013
23	6601	5	0.005	0305	7	0.006	530101	17	0.015	1503	13	0.012
24	7401g	5	0.005	1602	5	0.005	5001	16	0.014	090102	13	0.012
25	3601	4	0.004	1801g	4	0.004	3517	15	0.014	100101	12	0.011
26	6901	4	0.004	030201g	2	0.002	130201	14	0.013	0402	12	0.011
27	6805	3	0.003	030402	2	0.002	4101	13	0.012	080101g	10	0.009
28	022001	2	0.002	0307	2	0.002	1503g	10	0.009	110201	10	0.009
29	2608	2	0.002	0717	2	0.002	3503g	10	0.009	120101g	9	0.008
30	3004	2	0.002	1504	1	0.001	350801	10	0.009	030201	9	0.008
31	3102	2	0.002	0407	1	0.001	39010101g	10	0.009	130501	8	0.007
32	8001	2	0.002	0509	1	0.001	5102	10	0.009	080401	7	0.006
33	020104	1	0.001	0803	1	0.001	5801g	10	0.009	160101	6	0.005
34	0222	1	0.001	0804	1	0.001	1515	8	0.007	0103	5	0.005
35	230302	1	0.001				520102	8	0.007	1103	5	0.005
36	240301g	1	0.001				550101	8	0.007	1304	4	0.004
37	2414	1	0.001				1401	6	0.005	0410	4	0.004
38	2417	1	0.001				15170101	6	0.005	040601g	2	0.002
39	2425	1	0.001				390202	6	0.005	110102	2	0.002
40	0258	1	0.001				1510	5	0.005	140701	2	0.002
41	3010	1	0.001				1530	5	0.005	080404	2	0.002
42	0302	1	0.001				4005	5	0.005	0716	1	0.001
43	3109	1	0.001				4201	5	0.005	120201	1	0.001
44	340101	1	0.001				5802	5	0.005	0408	1	0.001
45	3402	1	0.001				3543g	4	0.004	080302	1	0.001
46	6602	1	0.001				370101	4	0.004	0806	1	0.001
47	680202	1	0.001				3908	4	0.004
48							4027	4	0.004
49							4102	4	0.004
50							5601	4	0.004
51							570301	4	0.004
52							070501g	3	0.003
53							1509	3	0.003
54							1516	3	0.003
55							351401	3	0.003
56							1518	2	0.002
57							1539	2	0.002
58							352001	2	0.002
59							390104	2	0.002
60							40060101g	2	0.002
61							4011	2	0.002
62							47010101	2	0.002
63							5002	2	0.002
64							5114	2	0.002
65							7301	2	0.002
66							8101g	2	0.002
67							1502	1	0.001
68							1535	1	0.001
69							2702	1	0.001
70							2739	1	0.001
71							3910	1	0.001
72							4016	1	0.001
73							4404	1	0.001
74							4405	1	0.001
75							5108	1	0.001
76							7801	1	0.001

Notes: 1. 24020101/24020102L, 2. 04010101/04010102/0428, 3. null excluded, 4. 040501/040503.