Table 3.
Number of virulence genes detected by 16-plex PCR in 304 cattle, 350 chicken, and 50 pig feces samples and in the six control strains
| Virulence genes | |||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Pathogroups | stx1 | stx2 | hly | eaeA | escV | ent | bfpB | elt | estIa | estIb | aggR | pic | ipaH | invE | |
| Control strains | |||||||||||||||
| STEC | RH4270 | + | + | + | + | + | + | − | − | − | − | − | − | − | − |
| EPEC | RH4283 | − | − | − | + | + | + | − | − | − | − | − | − | − | − |
| ETEC | RH3533 | − | − | − | − | − | − | − | + | − | + | − | − | − | − |
| EAEC | IH56822 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | + | − | − |
| EIEC | RH6647 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | + |
| Negative control | RH6715 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| Cattle* | |||||||||||||||
| STEC | 93 | 73 | 68 | 18 | 10 | 14 | 5 | − | − | − | − | − | − | − | − |
| EPEC | 22 | − | − | 1 | 11 | 21 | 11 | − | − | − | − | − | − | − | − |
| EAEC | 7 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | 4 | 4 | − | − |
| STEC + ETEC | 7 | 5 | 6 | 2 | 2 | 1 | − | − | 2 | 1 | 5 | − | − | − | − |
| STEC + EAEC | 9 | 6 | 7 | 2 | 2 | 3 | 1 | − | − | − | − | 6 | 3 | − | − |
| EPEC + ETEC | 1 | − | − | − | 1 | 1 | − | − | − | 1 | − | − | − | − | − |
| EPEC + EAEC | 2 | − | − | − | − | 2 | 1 | − | − | − | − | 2 | − | − | − |
| ETEC + EAEC | 1 | − | − | − | − | − | − | − | 1 | − | − | − | 1 | − | − |
| STEC + EAEC + ETEC | 3 | 3 | 3 | − | 2 | − | 1 | − | − | − | 3 | 2 | 2 | − | − |
| Chickens* | |||||||||||||||
| STEC | 15 | 10 | 7 | 3 | 3 | 10 | 2 | − | − | − | − | − | − | − | − |
| EPEC | 113 | − | − | 1 | 66 | 108 | 31 | − | − | − | − | − | − | − | − |
| ETEC | 6 | − | − | − | − | − | − | − | 4 | 1 | 2 | − | − | − | − |
| EAEC | 4 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | 2 | 2 | − | − |
| EIEC | 5 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | 5 | − |
| STEC + ETEC | 4 | 4 | − | 1 | − | 3 | − | − | − | 1 | 3 | − | − | − | − |
| STEC + EAEC | 3 | 1 | 2 | − | 1 | 1 | 1 | − | − | − | − | 3 | − | − | − |
| EPEC + ETEC | 6 | − | − | − | 2 | 5 | 2 | − | − | 2 | 4 | − | − | − | − |
| EPEC + EAEC | 10 | − | − | − | 4 | 10 | 3 | − | − | − | − | 9 | 1 | − | − |
| ETEC + EAEC | 1 | − | − | − | − | − | − | − | 1 | − | − | − | 1 | − | − |
| EPEC + EAEC + ETEC | 2 | − | − | − | 2 | 2 | 1 | − | − | 1 | 1 | 1 | 1 | − | − |
| Pigs* | |||||||||||||||
| STEC | 9 | 6 | 7 | 5 | − | 5 | 1 | − | − | − | − | − | − | − | − |
| EPEC | 7 | − | − | − | 6 | 7 | 2 | − | − | − | − | − | − | − | − |
| EAEC | 3 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | 2 | 1 | − | − |
| STEC + ETEC | 2 | 2 | 1 | 2 | 1 | 2 | − | − | 1 | − | 1 | − | − | − | − |
| STEC + EAEC | 2 | 2 | 1 | 1 | 1 | 1 | − | − | − | − | − | 2 | − | − | − |
| EPEC + EAEC | 4 | − | − | 1 | 3 | 4 | 1 | − | − | − | − | 4 | − | − | − |
| STEC + EAEC + ETEC | 2 | 1 | 1 | − | − | 2 | − | − | 2 | − | 1 | 2 | − | − | − |
| EPEC + EAEC + ETEC | 5 | − | − | − | 5 | 5 | − | − | 4 | 2 | 2 | 5 | − | − | − |
*
Number of the positive cattle/chicken/pig samples for each pathogroup or pathogroup combination.