Table 2.

Inferred haplotypes in the Xhosa and CMA populations

					MAF
Gene	Haplotypes				Xhosa	CMA	p Value
SLC22A6	rs6591722	rs4149170	rs12293966	rs955434
	T	G	A	G	0.467	0.514	0.370
	T	A	A	A	0.233	0.199	0.460
	T	A	G	G	0.192	0.051	0.000
	A	G	A	G	0.082	0.147	0.091
CYP2C18	rs7085563	rs11188067	rs2860840	rs1326830
	T	A	G	C	0.448	0.496	0.310
	A	A	G	C	0.403	0.258	0.003
	T	G	G	C	0.143	0.087	0.095
CYP3A4	rs2738258	rs7801671	rs2740574	rs7811025
	G	A	G	G	0.127	0.290	0.003
	G	A	G	A	0.227	0.092	0.008
	A	C	G	G	0.180	0.084	0.014
	G	A	A	G	0.144	0.150	0.019
	G	C	A	G	0.049	0.224	3.30E-05
	A	A	G	G	0.100	0.079	0.140
	A	A	G	A	0.076	0.007	0.003
UGT1A1	rs8330	rs4148329	rs1500482	rs4663972
	G	A	A	A	0.206	0.417	3.00E-05
	G	G	A	G	0.247	0.082	5.40E-05
	G	G	A	A	0.151	0.223	0.091
	C	G	G	G	0.183	0.156	0.520
	C	G	A	A	0.201	0.119	0.052
	rs2003569	rs887829	rs28900396
	G	A	A		0.353	0.365	0.820
	G	G	A		0.129	0.330	5.20E-06
	A	G	A		0.177	0.154	0.640
	A	G	G		0.189	0.054	0.000
	G	G	G		0.149	0.094	0.110

CMA, Cape Mixed Ancestry; MAF, minor allele frequency