Table 1. Description of the main Mycobacterium tuberculosis lineages and spoligotyping patterns from Nepal (total number of isolates analyzed: n = 261).

Lineage	Spoligotyping family	Spoligotyping pattern (spacers 1–43)	SIT	n	%
1	EAI5	▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪□□□□▪□▪▪▪▪▪□□□□	138	10	33.33
1	EAI3_IND	▪□□▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪□□□□▪□▪▪□□□▪▪▪▪	11	4	13.33
1	EAI1_SOM	□□□▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪□▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪□□□□▪□▪▪▪▪▪□▪▪▪	1734	1	3.33
1	EAI1_SOM	▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪□□□□▪□▪▪▪▪▪□▪▪▪	48	1	3.33
1	EAI2_MANILLA	▪▪□▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪□□▪▪▪▪▪▪▪□□□□▪□▪▪▪▪▪▪▪▪▪	19	1	3.33
1	EAI6_BGD1	▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪□▪▪▪▪▪□□□□▪□▪▪□▪▪▪▪▪▪	292	1	3.33
1	Orphan	▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪□□□□□□▪□▪▪▪▪▪□□□□	-	1	3.33
1	Orphan	□□□▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪□▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪□□□□▪□▪▪□□□▪▪▪▪	-	1	3.33
1	Orphan	▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪□▪□□□□▪□▪▪▪▪▪□▪▪▪	-	1	3.33
1	Orphan	▪▪▪▪▪▪▪▪▪□▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪□□□□▪□▪▪▪▪□□□□□	-	1	3.33
1	Orphan	▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪□□□□▪□□□▪▪▪□□□□	-	1	3.33
1	Orphan	▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪□▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪□□□□▪□▪▪▪▪▪□□□□	-	1	3.33
1	Orphan	▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪□□□▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪□□□□▪□▪▪▪▪▪□□□□	-	1	3.33
1	Orphan	▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪□▪□□□▪□□□□□□▪▪□▪▪▪▪▪▪	-	1	3.33
1	Orphan	▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪□□□□▪□□□□□□□▪□□□□□□□□▪▪□▪▪▪▪▪▪	-	1	3.33
1	Orphan	▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪□□□□▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪□□□□▪□▪▪▪▪▪□□□□	-	1	3.33
1	Orphan	▪□□▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪□▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪□□□□▪□▪▪□□□▪▪▪▪	-	1	3.33
1	Orphan	▪□□▪▪▪▪□□□□□□□□□□□▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪□□□□▪□▪▪□□□▪▪▪▪	-	1	3.33
Subtotal				30	100.00
2	Beijing	□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□▪▪▪▪▪▪▪▪▪	1	82	97.62
2	Beijing	□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□▪▪▪▪▪▪□▪▪	941	1	1.19
2	Beijing-like	□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□▪▪▪▪▪▪	250	1	1.19
Subtotal				84	100.00
3	CAS1_DELHI	▪▪▪□□□□▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪□□□□□□□□□□□□▪▪▪▪▪▪▪▪▪	26	52	49.06
3	CAS	▪▪▪□□□□▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪□□□□□□□□□□□□□□□□□▪▪▪▪▪▪▪	599	9	8.49
3	CAS	▪▪▪□□□□▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪□□□□□□□□□□□□□□▪▪▪▪▪▪▪	357	6	5.66
3	CAS2	▪▪▪□□□□□□□▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪□□□□□□□□□□□□▪▪▪▪▪▪▪▪▪	288	3	2.83
3	CAS1_DELHI	▪▪▪□□□□▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪□□□□□□□□□□□□▪▪□▪▪▪▪▪▪	428	3	2.83
3	CAS1_DELHI	▪▪▪□□□□▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪□□□□□□□□□□□□▪□▪▪▪▪▪▪▪	1091	3	2.83
3	CAS1_DELHI	▪▪▪□□□□▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪□□□□□□□□□□□□▪▪□□□□□▪▪	2147	2	0.94
3	CAS1_DELHI	▪▪▪□□□□▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪□□□□□□□□□□□□▪▪□□▪▪▪▪▪	25	1	0.94
3	U (CAS_ANCESTOR)	▪▪▪□□□□▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪□□▪▪▪▪▪▪▪▪▪□□□□▪▪▪▪▪▪	27	1	0.94
3	CAS1_DELHI	▪▪▪□□□□▪▪▪▪▪▪▪□▪▪▪▪▪▪▪□□□□□□□□□□□□▪▪▪▪▪▪▪▪▪	141	1	0.94
3	CAS	▪▪▪□□□□▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪□□□□□□□□□□□□□▪▪▪▪▪▪▪▪▪	142	1	0.94
3	CAS	▪▪▪□□□□▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪□□□□□□□□□□□□□▪▪▪▪▪▪▪▪	203	1	0.94
3	CAS1_DELHI	▪▪▪□□□□▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪□□□□□□□□□□□□▪▪□□□▪▪▪▪	381	1	0.94
3	CAS1_DELHI	▪▪▪□□□□▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪□□□□□□□□□□□□▪▪▪▪▪□▪▪▪	429	1	0.94
3	CAS	▪▪▪□□□□▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪□□□□□□□□□□□□□□▪▪▪▪▪▪▪▪▪	1093	1	0.94
3	CAS	▪▪▪□□□□▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪□□□□□□□□□□□□□□□□□□▪▪▪▪▪▪▪	1422	1	0.94
3	CAS	▪▪▪□□□□□▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪□□□□□□□□□□□□▪▪▪▪▪▪▪▪▪	1551	1	0.94
3	CAS1_DELHI	▪▪▪□□□□▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪□▪▪▪□□□□□□□□□□□□▪▪▪▪▪▪▪▪▪	1590	1	0.94
3	CAS1_DELHI	▪▪▪□□□□▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪□□□□□□□□□□□□□□□□▪▪▪▪▪	1789	1	0.94
3	Beijing 1	□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□▪▪▪▪▪▪▪▪▪	1	1	0.94
3	Orphan	▪▪▪□□□□▪▪▪▪▪▪▪▪▪□▪▪▪▪▪□□□□□□□□□□□□□□□□▪▪▪▪▪	-	3	0.94
3	Orphan	▪▪▪□□□□▪▪▪▪▪▪▪▪▪□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□▪▪▪▪	-	1	0.94
3	Orphan	▪▪▪□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□▪▪▪▪▪□▪▪▪	-	1	0.94
3	Orphan	▪▪▪□□□□▪▪▪▪▪▪□□▪▪▪▪▪▪▪□□□□□□□□□□□□▪▪▪▪▪▪▪▪▪	-	1	0.94
3	Orphan	▪▪▪□□□□▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪□□□□□□□▪□□□□□□□□□▪▪▪▪▪▪▪	-	1	0.94
3	Orphan	▪▪▪□□□□▪▪▪▪▪▪▪▪▪□▪▪▪▪▪□□□□□□□□□□□□▪▪▪□▪▪▪▪▪	-	1	0.94
3	Orphan	▪▪▪□□□□▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪□▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪□□□▪▪▪▪▪▪▪	-	1	1.89
3	Orphan	▪▪□□□□□▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪□□□□□□□□□□□□▪▪□□▪▪▪▪▪	-	1	0.94
3	Orphan	▪▪▪□□□□▪▪▪▪▪▪▪▪□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□▪▪▪	-	1	0.94
3	Orphan	▪▪▪□□□□▪▪▪▪▪▪▪▪▪□▪▪▪▪▪□□□□□□□□□□□□▪▪▪□□□□□▪	-	1	0.94
3	Orphan	▪▪▪□□□□□□□▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□	-	1	0.94
3	Orphan	▪▪▪□□□□▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□	-	1	2.83
3	Orphan	▪▪▪□□□□▪▪▪▪▪▪▪▪□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□▪▪▪	-	1	0.94
Subtotal				106	100.00
4	H3	▪□□▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪□▪□□□□▪▪▪▪▪▪▪	655	6	14.63
4	T2	▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪□□□□▪▪▪▪▪▪▪	52	2	4.88
4	T3	▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪□▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪□□□□▪▪▪▪▪▪▪	37	3	7.32
4	S	▪▪▪▪▪▪▪▪□□▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪□□□□▪▪▪▪▪▪▪	34	2	4.88
4	T1	▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪□□□□▪▪▪▪▪▪▪	53	4	9.76
4	X2	▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪□▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪□□□□▪▪□□□□▪	137	2	4.88
4	T1	▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪□□□□▪▪□□□□▪	244	2	4.88
4	H1	▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪□□▪□□□□□□▪□□□□▪▪▪▪▪▪▪	620	2	4.88
4	LAM9	▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪□□□□▪▪▪▪▪▪▪▪□□□□▪▪▪▪▪▪▪	42	1	2.44
4	H3	▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪□▪□□□□▪▪▪▪▪▪▪	50	1	2.44
4	T2–T3	▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪□▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪□□□□▪▪▪□▪▪▪	73	1	2.44
4	T1	▪▪▪▪□▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪□□□□▪▪▪▪▪▪▪	154	1	2.44
4	T1	▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪□□□□▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪□□□□▪▪▪▪▪▪▪	102	1	2.44
4	X1	▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪□▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪□□□□▪▪▪▪▪▪▪	119	1	2.44
4	H1	▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪□□□▪□□□□□□▪□□□□▪▪▪▪▪▪▪	283	1	2.44
4	T1	▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪□□□□▪▪▪▪▪□□	628	1	2.44
4	H3	▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪□▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪□□▪□□□□▪▪▪▪▪▪▪	929	1	2.44
4	Orphan	▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪□▪□□□□▪▪▪▪▪▪□□□□▪▪▪▪▪▪▪	-	1	2.44
4	Orphan	□▪▪▪▪▪□▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪□▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪□□□□▪▪▪▪▪▪▪	-	1	2.44
4	Orphan	▪▪▪▪▪▪□▪▪□▪▪▪▪▪▪▪▪□▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪□□□□□▪▪▪▪▪▪	-	1	2.44
4	Orphan	▪□▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪□□▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪□□□□▪▪▪▪▪▪▪	-	1	2.44
4	Orphan	▪□▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪□□□□□▪▪▪▪▪▪	-	1	2.44
4	Orphan	▪▪▪□▪▪▪▪□□▪▪□▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪□□□□▪▪▪▪□▪▪	-	1	2.44
4	Orphan	▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪□▪▪□□□□□□□□▪□□□□▪▪▪▪▪▪▪	-	1	2.44
4	Orphan	▪▪▪▪▪□▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪□▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪□□□□▪▪▪▪▪▪▪	-	1	2.44
4	Orphan	▪▪□▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪▪□□□□□□□□□□▪▪▪▪▪▪▪	-	1	2.44
Subtotal				41	100.00

SIT, Spoligotype International Type according to the definitions in the SITVITWEB database (http://www.pasteur-guadeloupe.fr:8081/SITVIT_ONLINE/) accessed on April 2012.

¹This strain was assigned to Lineage 3 (Delhi/CAS) based on alternative molecular markers, as previously published [31].

Lineage 1: Indo-Oceanic Lineage; Lineage 2: East-Asian Lineage (includes Beijing strains); Lineage 3: Delhi/CAS; Lineage 4: Euro-American Lineage.