Table 3.

Allele and genotype frequencies

			PCOS			Control
SNP, allele	Gene	Cohort	Allele freq	Genotype freq	Allele freq	Genotype freq
rs12468394, A	THADA	A	0.469	0.221(AA) 0.497(AC) 0.282(CC)	0.519	0.268(AA) 0.502(AC) 0.230(CC)
		B	0.491	0.253(AA) 0.476(AC) 0.272(CC)	0.521	0.282(AA) 0.478(AC) 0.240(CC)
rs13429458, C	THADA	A	0.108	0.013(CC) 0.191(AC) 0.796(AA)	0.128	0.011(CC) 0.232(AC) 0.756(AA)
		B	0.121	0.015(CC) 0.211(AC) 0.774(AA)	0.111	0.015(CC) 0.192(AC) 0.793(AA)
rs6544661, G	THADA	A	0.569	0.195(AA) 0.471(AG) 0.333(GG)	0.605	0.146(AA) 0.498(AG) 0.356(GG)
		B	0.579	0.182(AA) 0.479(AG) 0.339(GG)	0.591	0.174(AA) 0.471(AG) 0.355(GG)
rs11891936, A	THADA	A	0.177	0.031(AA) 0.291(AG) 0.678(GG)	0.212	0.043(AA) 0.337(AG) 0.620(GG)
		B	0.184	0.041(AA) 0.286(AG) 0.673(GG)	0.198	0.050(AA) 0.296(AG) 0.654(GG)
rs2479106, G	DENND1A	A	0.316	0.100(GG) 0.431(AG) 0.469(AA)	0.310	0.094(GG) 0.432(AG) 0.474(AA)
		B	0.295	0.082(GG) 0.425(AG) 0.493(AA)	0.289	0.075(GG) 0.428(AG) 0.497(AA)
rs12337273, G	DENN1DA	B	0.060	0.006(GG) 0.109(GA) 0.886(AA)	0.030	0.000(GG) 0.059(GA) 0.941(AA)
rs10818854, A	DENND1A	A	0.073	0.004(AA) 0.137(AG) 0.859(GG)	0.046	0.003(AA) 0.086(AG) 0.911(GG)
rs6732721, C	LHCGR	B	0.059	0.004(CC) 0.110(CT) 0.886(TT)	0.066	0.004(CC) 0.124(CT) 0.872(TT)
rs13405728, G	LHCGR	A	0.043	0.002(GG) 0.083(AG) 0.915(AA)	0.056	0.004(GG) 0.103(AG) 0.892(AA)