Table 3.
Distribution of virulence factor genes among E. coli isolates of different phylogenetic groups and subgroups
| Phylogenetic group/subgroup (n) | VF genes | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| LT, %a (n b) | ST, % (n) | stx 1, % (n) | stx 2, % (n) | ipaH, % (n) | fyuA, % (n) | iutA, % (n) | hlyA, % (n) | papA, % (n) | sfaS, % (n) | focG, % (n) | cnf1, % (n) | |
| A (92) | 1.1 (1) | 9.8 (9) | 5.4 (5) | 3.3 (3) | 12.0 (11) | 26.1 (24) | 19.6 (18) | 1.1 (1) | 4.3 (4) | 20.7 (19) | 1.1 (1) | 2.2 %(2) |
| A0 (23) | 0 (0) | 8.7 (2) | 4.3 (1) | 0 (0) | 17.4 (4) | 8.7 (2) | 8.7 (2) | 4.3 (1) | 0 (0) | 17.4 (4) | 0 (0) | 0 (0) |
| A1 (69) | 1.4 (1) | 10.1 (7) | 5.8 (4) | 4.3 (3) | 10.1 (7) | 31.9 (22) | 23.2 (16) | 0 (0) | 5.8 (4) | 21.7 (15) | 1.4 (1) | 2.9 (2) |
| B1 (37) | 0 (0) | 16.2 (6) | 5.4 (2) | 0 (0) | 8.1 (3) | 35.1 (13) | 18.9 (7) | 2.7 (1) | 2.7 (1) | 18.9 (7) | 0 (0) | 0 (0) |
| B2 (21) | 0 (0) | 4.8 (1) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 76.2 (16) | 66.7 (14) | 0 (0) | 4.8 (1) | 33.3 (7) | 0 (0) | 4.8 (1) |
| B22 (7) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 71.4 (5) | 28.6 (2) | 0 (0) | 0 (0) | 14.3 (1) | 0 (0) | 0 (0) |
| B23 (14) | 0 (0) | 7.1 (1) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 78.6 (11) | 85.7 (12) | 0 (0) | 7.1 (1) | 42.3 (6) | 0 (0) | 7.1 (1) |
| D (42) | 2.4 (1) | 4.8 (2) | 4.8 (2) | 4.8 (2) | 14.3 (6) | 35.7 (15) | 40.5 (17) | 2.4 (1) | 7.1 (3) | 14.3 (6) | 2.4 (1) | 4.8 (2) |
| D1 (24) | 0 (0) | 8.3 (2) | (0) | 0 (0) | 8.3 (2) | 33.3 (8) | 37.5 (9) | 0 (0) | 4.2 (1) | 16.7 (4) | 0 (0) | 8.3 (2) |
| D2 (18) | 5.6 (1) | (0) | 11.1 (2) | 11.1 (2) | 22.2 (4) | 38.9 (7) | 44.4 (8) | 5.6 (1) | 11.1 (2) | 11.1 (2) | 5.6 (1) | 0 (0) |
aPercentage of strains within a phylogenetic group/subgroup
bNumber of strains