Table 5.

Results of gene set analysis of insulin/IGF-1 signaling pathway gene SNP sets

Gene	PLINK set-based testa	Global testa	SNP ratio testa
AKT1	0.003	0.002	0.099
AKT2	0.193	0.461	0.197
AKT3	0.101	0.023	0.043
BCL2L11	1	0.678	1
BCL6	1	0.539	1
CAT	1	0.661	1
CCND1	1	0.471	1
CCND2	0.248	0.073	0.073
CCNG2	1	0.528	1
CDKN1B	1	0.675	1
CREBBP	1	0.495	1
DEPDC6	1	0.378	1
EP300	1	0.823	1
FASLG	1	0.219	1
FOXO1	1	0.688	1
FOXO3	0.181	0.138	0.180
FOXO4	0.023	0.023	0.055
G6PC	0.156	0.172	0.173
IGF1	0.342	0.042	0.148
IGF1R	0.054	0.373	0.491
IGF2	0.028	0.019	0.084
INS	0.022	0.049	0.188
INSR	0.154	0.217	0.286
INSRR	0.139	0.247	0.224
IRS1	1	0.873	1
IRS2	1	0.569	1
IRS4	1	0.605	1
KAT2B	1	0.905	1
MAPK1	1	0.248	1
MAPK3	1	0.132	1
MAPK8	0.185	0.531	0.215
MAPK9	1	0.198	1
MAPK10	0.191	0.885	0.068
MAPKAP1	1	0.372	1
MLST8	1	0.593	1
MTOR	1	0.722	1
PCK1	1	0.547	1
PHLPP1	0.113	0.398	0.200
PHLPP2	1	0.364	1
PIK3CA	0.003	\documentclass[12pt]{minimal} \usepackage{amsmath} \usepackage{wasysym} \usepackage{amsfonts} \usepackage{amssymb} \usepackage{amsbsy} \usepackage{mathrsfs} \usepackage{upgreek} \setlength{\oddsidemargin}{-69pt} \begin{document}$$ {9}.{36 } \times { 1}0 - {4} $$\end{document}	0.022
PIK3CB	1	0.726	1
PIK3CD	1	0.828	1
PIK3R1	1	0.666	1
PIK3R2	1	0.722	1
PIK3R3	1	0.263	1
PPP2R5B	1	0.363	1
PRR5	0.355	0.163	0.257
PTEN	1	0.855	1
PTPN1	1	0.982	1
RBL2	1	0.061	1
RICTOR	1	0.343	1
SCP2	1	0.729	1
SGK1	0.091	0.007	0.016
SGK2	0.027	0.042	0.349
SIRT1	1	0.941	1
SIRT2	1	0.282	1
SIRT3	0.241	0.232	0.326
SKP2	1	0.898	1
SOCS1	1	0.349	1
SOCS3	1	0.996	1
SOD2	1	0.692	1
USP7	0.025	0.101	0.103
YWHAB	1	0.223	1
YWHAE	0.067	0.124	0.196
YWHAG	0.090	0.032	0.018
YWHAH	1	0.236	1
YWHAQ	0.228	0.175	0.293
YWHAZ	1	0.756	1

^aPermutation (n = 10,000) P value