. Author manuscript; available in PMC: 2013 Dec 21.

Published in final edited form as: ACS Synth Biol. 2012 Jun 29;1(12):590–601. doi: 10.1021/sb3000436

Table 2.

PCR-Analysis of YAC Clones carrying SpeI-fragments for the Presence of Inverted Alphoid DNA Arrays and Deletions of Vector Sequences

	Vector sequnece			Direct orientation of alphoid arrrays					Inverted orientation of alphoid arrays

Clone	1F/1R	3F/3R	5F/5R	1R/tetO-F1	5F/tetO-R1	Clm-F/Clm-R	5F/1R	YAC Size	1F/tetO-F1	tetO-R1/1R	5F/tetO-F1
1	+	−	+	+	+	+	−	50kb	−	−	−
2	+	−	+	+	+	−	−	50kb	−	−	−
3	+	+	+	+	+	+	−	50kb	−	−	−
4	+	+	+	+	+	+	−	40kb	−	−	−
5	+	+	−	+	−	+	−	25kb	−	−	−
6	+	+	+	+	+	+	+	10kb (1 unit)^**	−	−	−
7^a	+	−	+	−	−	−	−	n/d	+	+	+
8	+	+	+	+	+	+	−	30kb	−	−	−
9^*	+	−	−	−	−	−	−	n/d	+	+	−
10	−	+	−	−	+	+	−	50kb	−	−	−
11	+	−	+	+	+	+	+	10 kb (3 units)	−	−	−
12^a	+	+	+	−	−	+	−	n/d	−	+	+
13	+	+	+	+	+	+	−	100kb	−	−	−
14	+	+	+	+	+	+	−	140kb	−	−	−
15^a	−	+	−	−	−	+	−	n/d	−	−	+
16	+	+	+	+	+	+	−	50kb	−	−	−
17	+	+	+	+	+	+	−	145kb	−	−	−
18	−	+	−	−	+	+	−	50kb	−	−	−
19	+	+	+	+	+	+	−	130kb	−	−	−
20	+	−	+	+	+	+	−	50kb	−	−	−
21	+	−	+	−	+	+	−	50kb	−	−	−
22^a	+	+	−	−	−	−	−	n/d	+	+	+
23	+	+	+	+	+	+	+	10 kb (2 units)	−	−	−
24	+	−	+	+	+	−	−	50kb	−	−	−
25	+	−	+	+	+	+	−	50kb	−	−	−

Inverted orientation of alphoid DNA towards a vector sequence was confirmed by PCR analysis of genomic DNA purified from in DT40 cells containing the HAC.

^**

In parentheses a number of alphoid DNA monomers flanked with vector sequences is shown.