Table 1.
Simulation study: median (sd) of the number of identified genes (T) and true positives (TP) computed over 200 replicates. Under each scenario, the first (second) row contains the summary statistics for gene (module) identification. Correlation structure: auto-regressive (auto), banded, and compound symmetry (comp)
| Enet |
Boost |
SBoost |
NBoost |
NSBoost |
|||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Corr. | Rho | T | TP | T | TP | T | TP | T | TP | T | TP |
| True positives: 4 modules, 20 genes | |||||||||||
| Auto | 0·3 | 32 (5·3) | 20 (0) | 37 (8·1) | 20 (0) | 32 (2·4) | 19 (0·6) | 98 (12·5) | 15 (1·7) | 24 (3·8) | 20 (1·7) |
| 7 (1·2) | 4 (0) | 8 (2·0) | 4 (0) | 8 (2·3) | 4 (0) | 6 (1·6) | 3 (1·1) | 5 (0·6) | 4 (0) | ||
| 0·7 | 22 (2·7) | 20 (0) | 36 (4·6) | 20 (0) | 23 (1·6) | 17 (1·2) | 84 (7·9) | 14 (1·8) | 24 (3·8) | 20 (1·2) | |
| 5 (0·7) | 4 (0) | 6 (1·2) | 4 (0) | 5 (0·9) | 4 (1·3) | 7 (2·6) | 4 (1·6) | 4 (0·9) | 4 (0) | ||
| Banded | 0·2 | 23 (1·7) | 20 (0) | 34 (4·9) | 20 (0·3) | 22 (2·3) | 16 (2·6) | 76 (8·6) | 11 (1·8) | 22 (3·4) | 19 (0·9) |
| 5 (0·9) | 4 (0) | 6 (1·3) | 4 (0) | 5 (0·7) | 4 (1·2) | 7 (2·0) | 3 (1·2) | 4 (0·7) | 4 (0) | ||
| 0·33 | 25 (3·2) | 20 (0) | 37 (5·6) | 20 (0) | 24 (2·2) | 16 (1·9) | 86 (10·8) | 16 (1·9) | 23 (5·4) | 20 (1·3) | |
| 5 (1·7) | 4 (0) | 7 (1·4) | 4 (0) | 5 (1·0) | 4 (0·9) | 9 (2·1) | 4 (1·1) | 4 (0·6) | 4 (0) | ||
| Comp | 0·3 | 33 (5·5) | 20 (0) | 47 (6·9) | 20 (0·3) | 26 (2·3) | 15 (1·7) | 96 (8·3) | 14 (1·9) | 29 (5·1) | 20 (1·6) |
| 7 (1·4) | 4 (0) | 9 (2·4) | 4 (0) | 6 (1·2) | 3 (1·1) | 11 (2·9) | 3 (1·3) | 5 (1·1) | 4 (0) | ||
| 0·7 | 35 (4·6) | 20 (0) | 44 (5·2) | 20 (0·9) | 18 (2·8) | 11 (3·8) | 80 (8·0) | 11 (2·2) | 22 (2·7) | 17 (1·2) | |
| 7 (1·9) | 4 (0) | 8 (2·2) | 4 ( 0) | 6 (1·9) | 3 (1·0) | 10 (2·7) | 3 (0·9) | 4 (1·6) | 4 (0) | ||
| True positives: 2 modules, 10 genes | |||||||||||
| Auto | 0·3 | 18 (2·4) | 10 (0) | 20 (3·9) | 10 (0) | 17 (1·4) | 10 (0·4) | 44 (5·1) | 7 (1·0) | 14 (1·6) | 10 (0·7) |
| 4 (0·8) | 2 (0) | 4 (0·9) | 2 (0) | 4 (1·0) | 2 (0) | 4 (1·0) | 2 (0·7) | 3 (0·4) | 2 (0) | ||
| 0·7 | 13 (1·5) | 10 (0) | 20 (2·2) | 10 (0) | 13 (0·9) | 9 (0·9) | 39 (4·2) | 7 (1·0) | 13 (1·5) | 10 (0·8) | |
| 3 (0·4) | 2 (0) | 3 (0·6) | 2 (0) | 3 (0·6) | 2 (0·8) | 4 (1·4) | 2 (0·6) | 2 (0·5) | 2 (0) | ||
| Banded | 0·2 | 13 (1·0) | 10 (0) | 16 (2·6) | 10 (0·2) | 13 (1·2) | 9 (1·1) | 41 (3·9) | 8 (0·8) | 14 (1·8) | 9 (0·4) |
| 3 (0·6) | 2 (0) | 3 (0·9) | 2 (0) | 3 (0·6) | 2 (0·4) | 5 (0·9) | 2 (0·5) | 2 (0·3) | 2 (0) | ||
| 0·33 | 16 (1·4) | 10 (0) | 21 (3·0) | 10 (0) | 16 (1·6) | 5 (1·0) | 38 (4·9) | 8 (1·0) | 15 (2·3) | 10 (0·5) | |
| 3 (1·0) | 2 (0) | 4 (0·8) | 2 (0) | 3 (0·6) | 2 (0·3) | 4 (1·2) | 2 (0·5) | 2 (0·3) | 2 (0) | ||
| Comp | 0·3 | 18 (2·5) | 10 (0) | 23 (4·0) | 10 (0·1) | 13 (1·4) | 8 (1·1) | 50 (4·4) | 6 (1·0) | 17 (2·0) | 10 (0·8) |
| 4 (0·8) | 2 (0) | 5 (1·1) | 2 (0) | 3 (0·7) | 2 (0·6) | 6 (1·5) | 2 (0·8) | 3 (0·6) | 2 (0) | ||
| 0·7 | 17 (2·3) | 10 (0) | 24 (2·6) | 10 (0·6) | 10 (1·5) | 6 (1·4) | 41 (4·2) | 7 (1·2) | 13 (1·7) | 8 (0·8) | |
| 4 (1·3) | 2 (0) | 4 (1·5) | 2 (0) | 3 (1·1) | 2 (0·6) | 6 (1·2) | 2 (0·4) | 2 (0·6) | 2 (0) | ||