Table 2. Mutation profile of six cell lines and five primary MM samples with respect to adhesion and RTK signaling.
Gene | AMO1 | U266 | OPM2 | MM1S | JJN3 | L363 | Patient 1 | Patient 2 | Patient 3 | Patient 4 | Patient 5 |
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MMP15 | x(homoz.) | x | x | ||||||||
MUC4 | xx (<2) | x | |||||||||
COL10A1 | x | x | |||||||||
SDK1 | x | x | |||||||||
LRFN5 | x | x | x | ||||||||
THBS1 | x | x | |||||||||
SLAMF1 | x | ||||||||||
COL6A3 | xx | x | |||||||||
VCAN | x | ||||||||||
THSD7A | x | ||||||||||
ALOX12B | x (<2) | x | |||||||||
HSD17B1 | x | ||||||||||
NCAM2 | x | ||||||||||
ADAM29 | x | x | |||||||||
ADAMTS1 | x | ||||||||||
ADAMTSL1 | x(homoz.) | ||||||||||
BCAN | x | x | |||||||||
COL17A1 | x | ||||||||||
COL7A1 | x | ||||||||||
DCHS1 | x | x | |||||||||
DCHS2 | x | ||||||||||
ITGA10 | x | x | |||||||||
ODZ1 | x | ||||||||||
SIGLEC1 | x | ||||||||||
WHSC1 | x | ||||||||||
LAMB2 | x | ||||||||||
PCDHGA7 | x | xx | x | ||||||||
ADAMTS19 | x (<2) x | ||||||||||
ADAMTS9 | x | ||||||||||
CAMTA1 | x | ||||||||||
ADAMTS2 | x (<2) | x | |||||||||
COL12A1 | x | ||||||||||
COL16A1 | x | ||||||||||
HS6ST3 | x | x | |||||||||
LAMA5 | x | x | |||||||||
NRXN1 | x | ||||||||||
ODZ4 | x | ||||||||||
PCDH10 | x | ||||||||||
ADAMTS18 | x | ||||||||||
CDH11 | x | ||||||||||
CELSR2 | x | ||||||||||
GPC6 | x | x | |||||||||
ITGB1 | x | ||||||||||
LAMB1 | x | ||||||||||
PCDH15 | x(homoz.) | ||||||||||
PCDH17 | x | ||||||||||
PCDH20 | x | ||||||||||
RELN | xx | ||||||||||
SPOCK1 | x | ||||||||||
TLN2 | x | ||||||||||
TNC | x | x (<2) | |||||||||
TGFBR2 | x | ||||||||||
CHIA | x(homoz.) | ||||||||||
NTRK1 | x | x | |||||||||
EPHB2 | x | ||||||||||
EPHA8 | x | x | x | ||||||||
NTRK2 | x | xx | |||||||||
EGFR | x | x | |||||||||
ERBB3 | x | x | |||||||||
IGF1R | x | ||||||||||
TTN | x (<2) | ||||||||||
HK3 | x | ||||||||||
STAM2 | x | ||||||||||
IKBKE | x | ||||||||||
ADRBK1 | x | ||||||||||
AKAP1 | x | ||||||||||
TYK2 | x | ||||||||||
KRAS | x | x | x | ||||||||
NRAS | x | ||||||||||
BRAF | x | ||||||||||
MAP2K2 | x | x |
Abbreviations: MM, multiple myeloma; RTK, receptor tyrosine kinase; x, mutated; xx, mutated twice in the same sample; homoz., homozygous
Adhesion molecules, RTKs and some downstream molecules are listed that were mutated in at least 1 of the5 primary MM or in at least 1 cell line, plus at least 1 of the 38 published primary MM.5 All mutations mentioned (x, xx, homoz.) were damaging in at least two functional predictors, if not otherwise specified (<2=less than 2 predictors). Genes that belonged to the same signaling network according to the STRING database or manual literature search were highlighted in bold and italics (bold: medium confidence; italics: low confidence). The mutation details for the 38 primary MM5 are shown in Supplementary Table S12.