Table 2. Mutation profile of six cell lines and five primary MM samples with respect to adhesion and RTK signaling.
| Gene | AMO1 | U266 | OPM2 | MM1S | JJN3 | L363 | Patient 1 | Patient 2 | Patient 3 | Patient 4 | Patient 5 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MMP15 | x(homoz.) | x | x | ||||||||
| MUC4 | xx (<2) | x | |||||||||
| COL10A1 | x | x | |||||||||
| SDK1 | x | x | |||||||||
| LRFN5 | x | x | x | ||||||||
| THBS1 | x | x | |||||||||
| SLAMF1 | x | ||||||||||
| COL6A3 | xx | x | |||||||||
| VCAN | x | ||||||||||
| THSD7A | x | ||||||||||
| ALOX12B | x (<2) | x | |||||||||
| HSD17B1 | x | ||||||||||
| NCAM2 | x | ||||||||||
| ADAM29 | x | x | |||||||||
| ADAMTS1 | x | ||||||||||
| ADAMTSL1 | x(homoz.) | ||||||||||
| BCAN | x | x | |||||||||
| COL17A1 | x | ||||||||||
| COL7A1 | x | ||||||||||
| DCHS1 | x | x | |||||||||
| DCHS2 | x | ||||||||||
| ITGA10 | x | x | |||||||||
| ODZ1 | x | ||||||||||
| SIGLEC1 | x | ||||||||||
| WHSC1 | x | ||||||||||
| LAMB2 | x | ||||||||||
| PCDHGA7 | x | xx | x | ||||||||
| ADAMTS19 | x (<2) x | ||||||||||
| ADAMTS9 | x | ||||||||||
| CAMTA1 | x | ||||||||||
| ADAMTS2 | x (<2) | x | |||||||||
| COL12A1 | x | ||||||||||
| COL16A1 | x | ||||||||||
| HS6ST3 | x | x | |||||||||
| LAMA5 | x | x | |||||||||
| NRXN1 | x | ||||||||||
| ODZ4 | x | ||||||||||
| PCDH10 | x | ||||||||||
| ADAMTS18 | x | ||||||||||
| CDH11 | x | ||||||||||
| CELSR2 | x | ||||||||||
| GPC6 | x | x | |||||||||
| ITGB1 | x | ||||||||||
| LAMB1 | x | ||||||||||
| PCDH15 | x(homoz.) | ||||||||||
| PCDH17 | x | ||||||||||
| PCDH20 | x | ||||||||||
| RELN | xx | ||||||||||
| SPOCK1 | x | ||||||||||
| TLN2 | x | ||||||||||
| TNC | x | x (<2) | |||||||||
| TGFBR2 | x | ||||||||||
| CHIA | x(homoz.) | ||||||||||
| NTRK1 | x | x | |||||||||
| EPHB2 | x | ||||||||||
| EPHA8 | x | x | x | ||||||||
| NTRK2 | x | xx | |||||||||
| EGFR | x | x | |||||||||
| ERBB3 | x | x | |||||||||
| IGF1R | x | ||||||||||
| TTN | x (<2) | ||||||||||
| HK3 | x | ||||||||||
| STAM2 | x | ||||||||||
| IKBKE | x | ||||||||||
| ADRBK1 | x | ||||||||||
| AKAP1 | x | ||||||||||
| TYK2 | x | ||||||||||
| KRAS | x | x | x | ||||||||
| NRAS | x | ||||||||||
| BRAF | x | ||||||||||
| MAP2K2 | x | x |
Abbreviations: MM, multiple myeloma; RTK, receptor tyrosine kinase; x, mutated; xx, mutated twice in the same sample; homoz., homozygous
Adhesion molecules, RTKs and some downstream molecules are listed that were mutated in at least 1 of the5 primary MM or in at least 1 cell line, plus at least 1 of the 38 published primary MM.5 All mutations mentioned (x, xx, homoz.) were damaging in at least two functional predictors, if not otherwise specified (<2=less than 2 predictors). Genes that belonged to the same signaling network according to the STRING database or manual literature search were highlighted in bold and italics (bold: medium confidence; italics: low confidence). The mutation details for the 38 primary MM5 are shown in Supplementary Table S12.