Table 1. Gene contents of plastidome of Cistanche deserticola compared to Nicotiana tabacum and other parasitic plants (based on this research and previous reports [6], [9], [67]).

Photosynthesis and energyproduction genes											RibosomalRNA genes									TransferRNA genes
	Nt	Cr	Co	Cg	Ce	Cd	Ev	Rg	Nn		Nt	Cr	Co	Cg	Ce	Cd	Ev	Rg	Nn		Nt	Cr	Co	Cg	Ce	Cd	Ev	Rg	Nn
atpA	•	•	•	•	•	Ψ	Ψ	•	Ψ	rrn16	•	•	•	•	•	•	•	•	•	trnA-ugc	•	•	○	Ψ	•	•	Ψ	○	•
atpB	•	•	•	•	•	Ψ	Ψ	○	Ψ	rrn23	•	•	•	•	•	•	•	•	•	trnC-gca	•	•	•	•	•	•	Ψ	•	•
atpE	•	•	•	•	•	Ψ	○	○	Ψ	rrn4.5	•	•	•	•	•	•	•	•	•	trnD-guc	•	•	•	•	•	•	•	•	•
atpF	•	•	•	•	•	Ψ	○	○	○	rrn5	•	•	•	•	•	•	•	•	•	trnE-uuc	•	•	•	•	•	•	•	•	•
atpH	•	•	•	•	•	○	○	○	○											trnF-gaa	•	•	•	•	•	•	•	•	•
atpI	•	•	•	•	•	○	○	○	Ψ											trnfM-cau	•	•	•	•	•	•	•	•	•
ndhA	•	○	○	○	○	○	○	○	Ψ											trnG-gcc	•	•	•	•	•	•	○	○	•
ndhB	•	Ψ	○	○	Ψ	Ψ	Ψ	○	Ψ		RNA polymerase and intron maturase genes									trnG-ucc	•	•	○	Ψ	•	•	○	○	•
ndhC	•	○	○	○	○	○	○	○	Ψ											trnH-gug	•	•	•	•	•	•	•	○	•
ndhD	•	○	○	○	Ψ	○	○	○	○		Nt	Cr	Co	Cg	Ce	Cd	Ev	Rg	Nn	trnI-cau	•	•	•	•	•	•	•	•	•
ndhE	•	○	○	○	○	○	○	○	○											trnI-gau	•	•	○	Ψ	•	•	Ψ	○	○
ndhF	•	○	○	○	○	○	○	○	○	matK	•	•	○	○	•	•	•	○	Ψ	trnK-uuu	•	○	○	○	○	•	○	○	•
ndhG	•	○	○	○	○	○	○	○	○	rpoA	•	•	Ψ	○	•	Ψ	Ψ	○	○	trnL-caa	•	•	•	•	•	•	•	○	•
ndhH	•	○	○	○	○	Ψ	○	○	Ψ	rpoB	•	•	○	○	•	Ψ	○	○	Ψ	trnL-uaa	•	•	•	•	•	•	○	Ψ	•
ndhI	•	○	○	○	○	○	○	○	○	rpoC1	•	•	○	○	•	○	○	○	○	trnL-uag	•	•	•	•	•	•	•	○	•
ndhJ	•	○	○	○	○	○	○	○	Ψ	rpoC2	•	•	○	○	•	Ψ	○	○	Ψ	trnM-cau	•	•	•	•	•	•	•	○	•
ndhK	•	○	○	○	○	○	○	○	○											trnN-guu	•	•	•	•	•	•	•	○	•
petA	•	•	•	•	•	○	○	○	Ψ											trnP-ugg	•	•	•	•	•	•	•	○	Ψ
petB	•	•	•	•	•	○	○	○	○		Ribosomal protein and initiation factor genes									trnQ-uug	•	•	•	•	•	•	•	•	•
petD	•	•	•	•	•	○	○	○	○											trnR-acg	•	•	○	Ψ	•	•	•	○	•
petG	•	•	•	•	•	Ψ	○	○	Ψ		Nt	Cr	Co	Cg	Ce	Cd	Ev	Rg	Nn	trnR-ucu	•	•	•	•	•	•	Ψ	○	•
petL	•	•	•	•	•	○	○	○	Ψ	infA	Ψ	○	○	○	Ψ	•	•	•	•	trnS-gcu	•	•	•	•	•	•	•	○	•
petN	•	•	•	•	•	○	○	○	○	rpl14	•	•	•	•	•	•	Ψ	•	•	trnS-gga	•	•	•	•	•	•	Ψ	○	•
psaA	•	•	•	•	•	Ψ	○	○	Ψ	rpl16	•	•	•	•	•	•	•	•	•	trnS-uga	•	•	•	•	•	•	•	○	•
psaB	•	•	•	•	•	Ψ	○	Ψ	Ψ	rpl2	•	•	•	•	•	•	•	•	•	trnT-ggu	•	•	•	•	•	•	○	○	•
psaC	•	•	•	•	•	○	○	○	○	rpl20	•	•	•	•	•	•	•	•	•	trnT-ugu	•	•	•	•	•	•	○	○	•
psaI	•	•	○	○	•	○	○	○	○	rpl22	•	•	•	•	•	•	○	○	•	trnV-gac	•	•	•	•	•	•	○	○	•
psaJ	•	•	•	•	•	○	○	○	Ψ	rpl23	•	Ψ	○	○	Ψ	Ψ	Ψ	•	•	trnV-uac	•	•	○	○	•	•	○	○	•
psbA	•	•	•	•	•	Ψ	Ψ	○	○	rpl32	•	•	○	○	•	•	○	○	•	trnW-cca	•	•	•	•	•	•	•	•	•
psbB	•	•	•	•	•	Ψ	Ψ	○	○	rpl33	•	•	•	•	•	•	•	Ψ	•	trnY-gua	•	•	•	•	•	•	•	•	•
psbC	•	•	•	•	•	Ψ	○	○	Ψ	rpl36	•	•	•	•	•	•	•	•	•
psbD	•	•	•	•	•	Ψ	○	○	Ψ	rps11	•	•	•	•	•	•	•	•	•		Other essential genes
psbE	•	•	•	•	•	○	○	○	○	rps12	•	•	•	•	•	•	•	Ψ	•
psbF	•	•	•	•	•	Ψ	○	○	○	rps14	•	•	•	•	•	•	•	•	•		Nt	Cr	Co	Cg	Ce	Cd	Ev	Rg	Nn
psbH	•	•	•	•	•	○	○	○	○	rps15	•	•	•	•	•	•	○	○	•	ClpP	•	•	•	•	•	•	•	•	•
psbI	•	•	•	•	•	○	○	○	○	rps16	•	Ψ	○	○	Ψ	•	○	○	Ψ	accD	•	•	•	•	•	Ψ	•	•	•
psbJ	•	•	•	•	•	Ψ	○	○	○	rps18	•	•	•	•	•	•	•	•	Ψ	cemA	•	•	•	•	•	○	○	○	○
psbK	•	•	•	•	•	Ψ	○	○	Ψ	rps19	•	•	•	•	•	•	•	•	•	ccsA	○	•	•	•	•	Ψ	○	○	○
psbL	•	•	•	•	•	Ψ	○	○	○	rps2	•	•	•	•	•	•	•	•	•	ycf1	•	•	•	•	•	Ψ	•	•	•
psbM	•	•	•	•	•	•	○	○	Ψ	rps3	•	•	•	•	•	•	•	•	•	ycf2	•	•	•	•	•	•	•	•	•
psbN	•	•	•	•	•	○	○	○	○	rps4	•	•	•	•	•	•	•	•	•	ycf3	•	•	•	•	•	Ψ	○	○	Ψ
psbT	•	•	•	•	•	○	○	○	○	rps7	•	•	•	•	•	•	•	•	•	ycf4	•	•	•	•	•	Ψ	○	○	○
rbcL	•	•	•	•	•	Ψ	Ψ	○	Ψ	rps8	•	•	•	•	•	•	•	•	•	ycf15	•	Ψ	○	Ψ	Ψ	•	Ψ	○	○

Nt, Nicotiana tabacum; Cr, Cuscuta reflexa; Co, Cuscuta obtusiflora; Cg, Cuscuta gronovii; Ce, Cuscuta exaltata; Cd, Cistanche deserticola; Ev, Epifagus virginiana; Rg, Rhizanthella gardneri; Nn, Neottia nidus-avis; Ψ, pseudogene; •, present; ○, missing.