Table 2.

smt3^allR SGA correlation analysis

Category	Gene	Correlation
SUMO system
SUMO system components	ubc9-2	0.430
	SMT3_damp	0.338
	mms21-1	0.329
	ulp1-333	0.263
	NFI1	0.087
NPC components–Ulp1 localization	NUP60	0.328
	NUP133	0.228
	nup145-R4	0.223
	SRP1_damp	0.149
	NUP84	0.113
	GLE2	0.130
	YLL023C	0.109
	nup57-E17	0.094
	NUP49_damp	0.091
Chromatin remodeling
Histone chaperone	ASF1	0.247
Chromatin silencing	ESC2	0.294
	RTT109	0.141
	RAP1_damp	0.116
	MOT3	0.110
	YAP1	0.109
	RIF1	0.099
Chromatin assembly factor (CAF-1)	CAC2	0.176
	RLF2	0.148
	MSI1	0.090
Histones	HTA1	0.139
	HTZ1	0.123
	HHF1	0.119
SWR1 complex	SWR1	0.144
	HTZ1	0.123
	VPS71	0.108
	ARP6	0.105
	swc4-4	0.099
	VPS72	0.098
	SWC3	0.097
DNA replication and repair
MRX complex	MRE11	0.166
	XRS2	0.154
	RAD50	0.138
	SAE2	0.127
MCM complex	cdc47-ts	0.217
	mcm3-1	0.132
	cdc46-1	0.127
Mms21–Smc5–Smc6 complex	mms21-1	0.329
	nse3-ts4	0.287
	nse4-ts2	0.263
	kre29-ts2	0.213
	nse4-ts4	0.183
	nse3-ts3	0.175
	nse5-ts4	0.165
	smc5-6	0.152
	nse4-ts3	0.151
	smc6-9	0.147
	nse5-ts2	0.118
Pol2–TOF1–MRC1–CSM3 complex	MRC1	0.206
	pol2-12	0.182
	CSM3	0.180
	TOF1	0.141
Origin recognition complex	orc2-2	0.157
	orc2-4	0.096
	orc3-70	0.095
Ribonuclease 2	RNH203	0.138
	RNH202	0.137
Polymerase delta	POL32	0.231
	cdc2-1	0.219
	cdc2-7	0.185
	cdc2-2	0.167
Mms4–Mus81 complex	MMS4	0.177
	MUS81	0.156
Pol1-DNA primase	pol12-ts	0.192
	pol1-13	0.128
	pol1-ts	0.120
	pol1-1	0.118
	pri2-1	0.109
RFC complex	ELG1	0.271
	rfc4-20	0.214
	rfc5-1	0.153
	RAD24	0.116
	CTF18	0.101
	CHL1	0.097
	DCC1	0.092
Other	RAD27	0.242
	RRM3	0.192
	RTT107	0.168
	psf1-1	0.158
	DUN1	0.146
	DDC1	0.133
	RNR4	0.120
	CLB5	0.119
	RAP1_damp	0.116
	dpb11-1	0.111
	MMS22	0.108
	RAD5	0.100
	RAD54	0.098
	REV3	0.098
	RAD17	0.097
	cdc6-1	0.097
	RAD55	0.090
Ubiquitin–proteasome system
STUbL	SLX8	0.393
	SLX5	0.247
Cdc48	cdc48-2	0.183
	SHP1	0.160
	cdc48-3	0.145
	OTU1	0.081
APC/C	apc5-CA	0.162
	apc2-8	0.161
	cdc20-2	0.161
	cdc20-1	0.134
	cdc16-1	0.130
	cdc23-1	0.102
SCF	DIA2	0.169
	UBC4	0.105
Proteasome	rpn12-1	0.155
	rpn11-8	0.127
	SCL1_damp	0.118
	rpn11-14	0.107
	rpt1-1	0.107
	RPN4	0.100
	rpt6-20	0.091
Miscellaneous
Spindle/kinetochore	spc105-15	0.154
	LTE1	0.152
	BUB3	0.149
	KAR3	0.135
	CIK1	0.129
	CLB5	0.119
	BUB1	0.105
	stu2-12	0.094
	stu2-11	0.092
HOG pathway signaling	SSK2	0.120
	PBS2	0.082
Vesicle/vacuole	ALF1_damp	0.160
	LTE1	0.152
	VID22	0.133
	ICE2	0.105
	PGA3_damp	0.104
	EMC2	0.102
	VPS21	0.101
Mitochondrial function	MRH4	0.193
	MSW1	0.187
	PET111	0.131
	MRP49	0.100
	YDR065W	0.100
	PET8	0.092
	SOV1	0.092
	QCR8	0.090
	MRPL19	0.090

194 genes display a positive correlation with the smt3^allR genetic map. Genes are grouped according to functional categories.