Table 5.
ESCr E. coli PFGE genotype prevalences
| Sample type and period | No. of isolates | PFGE genotype frequency |
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| A | B | C | D | E | F | G | H | I | J | K | L | M | N | O | P | Q | R | S | T | U | V | W | X | Y | Z | ||
| Fecal samples | |||||||||||||||||||||||||||
| Feedlot arrival | 7 | 1 | 6 | ||||||||||||||||||||||||
| Increased disease susceptibility | 78 | 36 | 17 | 1 | 1 | 6 | 2 | 2 | 3 | 1 | 1 | 2 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | |||||||||
| December 2009 | 12 | 2 | 1 | 2 | 2 | 3 | 1 | 1 | |||||||||||||||||||
| March 2010 | 3 | 1 | 1 | 1 | |||||||||||||||||||||||
| May 2010 | 5 | 4 | 1 | ||||||||||||||||||||||||
| July 2010 | 28 | 24 | 1 | 1 | 1 | 1 | |||||||||||||||||||||
| Total | 133 | 66 | 2 | 18 | 6 | 4 | 1 | 7 | 3 | 4 | 5 | 4 | 2 | 1 | 2 | 1 | 2 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | |||||
| Hide samples | |||||||||||||||||||||||||||
| Feedlot arrival | 25 | 22 | 2 | 1 | |||||||||||||||||||||||
| Increased disease susceptibility | 42 | 13 | 14 | 7 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | |||||||||||||||
| December 2009 | 28 | 19 | 5 | 3 | 1 | ||||||||||||||||||||||
| March 2010 | 4 | 2 | 2 | ||||||||||||||||||||||||
| May 2010 | 63 | 8 | 39 | 1 | 6 | 9 | |||||||||||||||||||||
| July 2010 | 17 | 14 | 1 | 1 | 1 | ||||||||||||||||||||||
| Total | 179 | 35 | 40 | 15 | 22 | 19 | 13 | 2 | 6 | 9 | 3 | 1 | 5 | 1 | 3 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | |||||||
| Total (fecal and hide) | 312 | 101 | 42 | 33 | 28 | 23 | 14 | 9 | 9 | 9 | 7 | 6 | 5 | 5 | 5 | 2 | 2 | 2 | 2 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 |