Table 2. Details of haplotypes recovered in the partial cox1 sequence analyses.
Haplotype | Cluster | GenBank | Codes | ITSg | Host | Region | Haplotype frequency | ||
Slovakia | Italy | Hungary | |||||||
Hap1 | C | KC455923 | ASS1,2,4,5,9,15,19 | As | Pig | NE | 0.429 | 0.0769 | |
C | ASS6 | Pig | NE | ||||||
C | ASI11 | H | Pig | NE | |||||
C | ASI14 | As | Pig | NE | |||||
C | JN575632 | ASS47 | Pig | NE | |||||
Hap2 | C | KC455924 | ASS3, 8 | As | Pig | NE | 0.0952 | ||
Hap3 | C | KC455925 | ASS7,11,12,18 | As | Pig | NE | 0.333 | ||
C | ASS10 | Al | Pig | NE | |||||
C | ASS16 | H | Pig | NE | |||||
C | JN575633 | ASS46 | Pig | NE | |||||
Hap4 | C | KC455926 | ASS14 | As | Pig | NE | 0.0476 | ||
Hap5 | A1 | KC455927 | ASS20 | As | Pig | NE | 0.0476 | 0.615 | 0.875 |
A1 | ASU2,4,6,7,10,11,20,21 | As | Pig | NE | |||||
A1 | ASU5 | Pig | NE | ||||||
A1 | ASU8,9,12,27,28 | H | Pig | NE | |||||
A1 | ASI3,4,10,15–17 | As | Pig | NE | |||||
A1 | ASI12 | As | Human | NE | |||||
A1 | ASI18–26 | Pig | NE | ||||||
A1 | ASR1 | As | Human | NE | |||||
A1 | AJ968334 | ASC18 | Pig | E | |||||
Hap6 | A1 | KC455928 | ASU1 | As | Pig | NE | 0.0625 | ||
Hap7 | B | KC455929 | ASI8,9 | As | Pig | NE | 0.0769 | ||
B | JN575631 | ASS48 | Human | NE | |||||
B | GU326952 | ASB3 | Human | NE | |||||
B | AB591804 | ASG1 | Pig | E | |||||
B | AB591802 | ASG2 | Pig | NE | |||||
B | AB591805 | ASG6 | Pig | NE | |||||
B | AB591800 | ASG3 | Human | NE | |||||
B | AB591798 | ASG4 | Human | NE | |||||
B | AB591796 | ASG5 | Human | NE | |||||
B | AB591799 | ASG9 | Human | NE | |||||
B | AB591797 | ASG10 | Human | NE | |||||
B | EU582490 | ASZ5 | Human | E | |||||
B | AJ968342 | ASC11 | Pig | E | |||||
B | AJ968338 | ASC13 | Pig | E | |||||
B | AJ968332 | ASC14 | Human | E | |||||
Hap8 | A1 | KC455930 | ASU3 | As | Pig | NE | 0.0625 | ||
Hap9 | A1 | KC455931 | ASI1 | As | Pig | NE | 0.0385 | ||
Hap10 | A1 | KC455932 | ASI2 | As | Pig | NE | 0.0385 | ||
Hap11 | A1 | KC455933 | ASI5 | As | Pig | NE | 0.115 | ||
A1 | ASI6,7 | H | Pig | NE | |||||
Hap12 | A2 | KC455934 | ASI13 | Human | NE | 0.0385 | |||
A2 | GU326951 | ASB1 | Pig | E | |||||
A2 | GU326949 | ASB4 | Human | E | |||||
A2 | GU326948 | ASB7 | Human | E | |||||
A2 | EU582492 | ASZ4 | Human | E | |||||
A2 | EU582484 | ASZ8 | Human | E | |||||
A2 | EU582497 | ASZ10 | Human | E | |||||
A2 | AJ968336 | ASC17 | Pig | E | |||||
Hap13 | A2 | GU326954 | ASB2 | Human | E | ||||
Hap14 | B | GU326953 | ASB5 | Human | E | ||||
Hap15 | A | GU326955 | ASB6 | Human | E | ||||
Hap16 | A2 | HM602025 | ASB8 | Pig | E | ||||
Hap17 | A | AB591803 | ASG7 | Pig | NE | ||||
Hap18 | A2 | AB591801 | ASG8 | Human | NE | ||||
Hap19 | B | AB591795 | ASG11 | Human | NE | ||||
Hap20 | A2 | EU582498 | ASZ1 | Human | E | ||||
Hap21 | A2 | EU582496 | ASZ2 | Human | E | ||||
Hap22 | A2 | EU582494 | ASZ3 | Human | E | ||||
Hap23 | A2 | EU582488 | ASZ6 | Human | E | ||||
Hap24 | B | EU582486 | ASZ7 | Human | E | ||||
Hap25 | B | EU582499 | ASZ9 | Human | E | ||||
Hap26 | B | EU582493 | ASZ11 | Human | E | ||||
B | AJ968340 | ASC12 | Pig | E | |||||
Hap27 | A2 | EU582495 | ASZ12 | Human | E | ||||
Hap28 | A1 | EU582491 | ASZ13 | Human | E | ||||
Hap29 | A2 | EU582489 | ASZ14 | Human | E | ||||
Hap30 | A2 | EU582487 | ASZ15 | Human | E | ||||
Hap31 | A2 | EU582485 | ASZ16 | Human | E | ||||
Hap32 | B | AJ968343 | ASC1 | Pig | E | ||||
Hap33 | B | AJ968341 | ASC2 | Pig | E | ||||
Hap34 | B | AJ968339 | ASC3 | Pig | E | ||||
Hap35 | B | AJ968337 | ASC4 | Pig | E | ||||
Hap36 | A1 | AJ968335 | ASC5 | Pig | E | ||||
Hap37 | A1 | AJ968333 | ASC6 | Human | E | ||||
Hap38 | B | AJ968331 | ASC7 | Human | E | ||||
Hap39 | A1 | AJ968329 | ASC8 | Human | E | ||||
Hap40 | A | AJ968327 | ASC9 | Human | E | ||||
Hap41 | A2 | AJ968325 | ASC10 | Human | E | ||||
Hap42 | B | AJ968330 | ASC15 | Human | E | ||||
Hap43 | A1 | AJ968328 | ASC16 | Human | E | ||||
Hap44 | A2 | AJ968326 | ASC19 | Human | E | ||||
Hap45 | A1 | AJ968324 | ASC20 | Human | E | ||||
Hap46 | B | KC455935 | ASP | Al | Human | E |
Haplotypes, affiliation to phylogenetic clusters A(A1, A2)-B-C, GenBank accession numbers, codes, genotypes recovered using RFLP approach on ITS ribosomal nuclear amplicons (“suum” genotype: As, “lumbricoides” genotype: Al and “heterozygote” genotype: H), host, region (NE: non-endemic; E: endemic). Haplotypes relative frequencies are reported only for populations of Dataset1.