Table 2.
Star map showing optimal codon distribution in Citrus species and P. trifoliata
| Codon/AA | A | B | C | D | E | F | G | H | I | J | K | L | M | N | O | P |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| TTT/Phe | * | * | * | * | ||||||||||||
| TTC/Phe | * | * | * | * | * | * | * | * | * | * | ||||||
| TTA/Leu | * | * | * | * | ||||||||||||
| TTG/Leu | * | * | * | * | ||||||||||||
| CTT/Leu | * | * | * | * | * | * | * | * | * | * | * | * | * | * | ||
| CTC/Leu | * | * | * | * | * | * | * | * | * | * | * | |||||
| CTA/Leu | * | * | * | * | * | |||||||||||
| CTG/Leu | * | * | * | |||||||||||||
| ATT/Ile | * | * | * | * | * | |||||||||||
| ATC/Ile | * | * | * | * | * | * | * | * | * | * | * | * | * | |||
| ATA/Ile | * | * | * | |||||||||||||
| GTT/Val | * | * | * | * | * | * | * | * | ||||||||
| GTC/Val | * | * | * | * | * | * | * | * | * | * | * | * | * | |||
| GTA/Val | * | * | * | * | ||||||||||||
| GTG/Val | * | * | ||||||||||||||
| TCT/Ser | * | * | * | * | * | * | * | * | * | * | * | * | * | * | ||
| TCC/Ser | * | * | * | * | * | * | * | * | * | |||||||
| TCA/Ser | * | * | * | * | * | * | * | * | * | * | * | |||||
| TCG/Ser | * | * | ||||||||||||||
| AGT/Ser | * | * | * | * | * | |||||||||||
| AGC/Ser | * | * | * | |||||||||||||
| CCT/Pro | * | * | * | * | * | * | * | * | * | * | * | * | * | * | * | |
| CCC/Pro | * | * | * | * | * | * | * | |||||||||
| CCA/Pro | * | * | * | * | * | * | * | * | * | * | * | * | * | * | * | |
| CCG/Pro | * | * | ||||||||||||||
| ACT/Thr | * | * | * | * | * | * | * | * | * | * | * | * | * | * | * | |
| ACC/Thr | * | * | * | * | * | * | * | * | * | * | * | |||||
| ACA/Thr | * | * | * | * | * | |||||||||||
| ACG/Thr | * | * | ||||||||||||||
| GCT/Ala | * | * | * | * | * | * | * | * | * | * | * | * | * | * | * | * |
| GCC/Ala | * | * | * | * | * | * | * | * | * | * | * | |||||
| GCA/Ala | * | * | * | * | * | * | ||||||||||
| GCG/Ala | ||||||||||||||||
| TAT/Tyr | * | * | * | |||||||||||||
| TAC/Tyr | * | * | * | * | * | * | * | |||||||||
| CAT/His | * | * | * | * | * | * | ||||||||||
| CAC/His | * | * | ||||||||||||||
| CAA/Gln | * | * | * | * | ||||||||||||
| CAG/Gln | * | * | * | * | * | * | ||||||||||
| AAT/Asn | * | * | * | * | * | * | * | * | * | |||||||
| AAA/Lys | * | * | * | |||||||||||||
| AAG/Lys | * | * | * | * | * | * | * | * | * | * | * | * | ||||
| GAT/Asp | * | * | * | * | * | * | * | |||||||||
| GAA/Glu | * | * | * | * | ||||||||||||
| GAG/Glu | * | * | * | * | * | * | ||||||||||
| TGT/Cys | * | * | * | |||||||||||||
| TGC/Cys | * | * | * | * | * | * | * | * | * | * | ||||||
| CGT/Arg | * | * | * | * | * | * | * | * | * | * | * | * | * | |||
| CGC/Arg | * | * | * | * | * | * | * | * | * | * | * | * | ||||
| CGA/Arg | * | * | * | * | * | * | ||||||||||
| CGG/Arg | ||||||||||||||||
| AGA/Arg | * | * | * | * | * | * | * | |||||||||
| AGG/Arg | * | * | ||||||||||||||
| GGT/Gly | * | * | * | * | * | * | * | * | * | * | * | * | * | * | * | * |
| GGC/Gly | * | * | * | * | * | |||||||||||
| GGA/Gly | * | * | * | * | * | * | * | * | * |
Species are in the following order: A = C. sinensis; B = C. aurantifolia; C = C. aurantium; D = C. clementina; E = C. jambhiri; F = C. limettioides; G = C. limonia; H = C. medica; I = C. reshni; J = C. reticulata; K = C. reticulata × C. temple; L = C. sinensis × P. trifoliata; M = P. trifoliata; N = C. unshiu; O = C. paradisi; and P = C. paradisi × P. trifoliata. AA represents amino acid.