Table 5.

PCR conditions used for detection of antimicrobial resistance genes

Resistance	Gene	Primers	Tm (°C)	Amplicon size (pb)
β-Lactams	blaTEM-1	5′-ttgggtgcacgagtgggt-3′	60	503
		5′-taattgttgccgggaagc-3′
	blaoxa-1	5′-agcagcgccagtgcatca-3′		708
		5′-attcgaccccaagtttcc-3′
	blapse-1	5′-cgcttcccgttaacaagtac-3′		419
		5′-ctggttcatttcagatagcg-3′
	blashv	5′-tcgggccgcgtaggcatg-3′		606
		5′-agcagggcgacaatcccg-3′
Quinolones	qnrA	5′-agaggatttctcacgccagg-3′	56	579
		5′-tgccaggcacagatcttgac-3′
	qnrB	5′-ggmathgaaattcgccactg-3′		263
		5′-ttygcbgyycgccagtcggcg-3′
	qnrS	5′-gcaagttcattgaacagggt-3′		427
		5′-tctaaaccgtcgagttcggcg-3′
	qepA	5′-aactgcttgagcccgtagat-3′		189
		5′-cgtgttgctggagttcttcc-3′
	aac(6′)-Ib-cr	5′-ttgcaatgctgaatggagag-3′		218
		5′-cgtttggatcttggtgacct-3′
Cephalosporins	blactx-m-like	5′-cgatgtgcagtaccagtaa-3′	60	585
		5′-ttagtgaccagaatcagcgg-3′
	blactx-m-group1	5′-atggttaaaaaatcactgcg-3′		876
		5′-ttacaaaccgtcggtgac-3′
	blactx-m-group9	5′-atggtgacaaagagagtgcaac-3′		876
		5′-ttacagcccttcggcgatg-3′
	blactx-m-group2	5′-tcaagaagagcgacctggtt-3′		601
		5′-gatacctcgctccatttattg-3′
Cephamycinases	blaacc	5′-aacagcctcagcagccggtta-3′	64	346
		5′-ttcgccgcaatcatccctagc-3′
	blacit	5′-tggccagaactgacaggcaaa-3′		462
		5′-tttctcctgaacgtggctggc-3′
	bladha	5′-aactttcacaggtgtgctgggt-3′		405
		5′-ccgtacgcatactggctttgc-3′
	blamox	5′-gctgctcaaggagcacaggat-3′		520
		5′-cacattgacataggtgtggtg-3′
	blaebc	5′-tcggtaaagccgatgttgcgg-3′		302
		5′-cttccactgcggctgccagtt-3′
	blafox	5′-aacatggggtatcagggagatg-3′		190
		5′-caaagcgcgtaaccggattgg-3′
Tetracyclines	tet (G)	5′-gctcggtggtatctctgc-3′	60	500
		5′-agcaacagaatcgggaac-3′
	tet (A)	5′-gctacatcctgcttgcct-3′		210
		5′-catagatcgccgtgaaga-3′
	tet (B)	5′-ttggttaggggcaagttttg-3′		600
		5′-gtaatgggccaataacaccg-3′
Integrons	intI1	5′-gccttgctgttcttctac-3′	55	558
		5′-gatgcctgcttgttctac-3′
	intI2	5′-cacggatatgcgacaaaaaggt-3′	65	788
		5′-gtagcaaacgagtgacgaaatg-3′
	Int-class 1 (IC1)	5′-ggcatccaagcagcaagc-3′	58	variable
		5′-aagcagacttgacctgat-3′
	Int-class 2 (IC2)	5′-cgggatcccggacggcatgcacgatttgta-3′	65	variable
		5′-gatgccatcgcaagtacgag-3′