Table 1.
Identity of dominant DGGE bands detected by different nested PCR-DGGE methods in the Porcupine Seabight (IODP Expedition 307)
| Presenceb at IODP Expedition 307 site (mamb/mbsf)c | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| PCR-DGGE methoda | Phylogenetic group | Closest phylotype (accession number) | Sequence similarity (%) | U1316 (39.45) | U1316 (−38.52) | U1316 (−47.32) | U1317 (91.15) | U1317 (−0.36) | U1317 (−73.69) | U1318 (22.44) | U1318 (221.75) |
| 16S rRNA gene bacterial primers 27–907 | Betaproteobacteria | Burkholderia sp. 1HD3 (EF073267) | 100 | − | + | − | − | − | − | − | − |
| Betaproteobacteria | Oxalobacter sp. HI-D2 (DQ196473) | 98 | − | − | − | − | + | − | − | − | |
| Betaproteobacteria | Delftia acidovorans isolate CI11 (DQ530080) | 94 | − | − | − | − | + | + | − | − | |
| Betaproteobacteria | Vinyl Chloride enrichment clone PMVC23 (DQ833294) | 93 | − | − | − | − | − | − | + | − | |
| Betaproteobacteria | Arctic Sea ice clone Elev_16S_794 (EF019643) | 94 | − | − | − | − | − | − | − | + | |
| Betaproteobacteria | Deep-sea octacoral clone ctg_CGOF251 (DQ395883) | 98 | − | − | − | − | − | − | • | + | |
| Betaproteobacteria | Deep-well clone S15D-MN15 (AJ583178) | 97 | − | − | − | − | − | − | − | + | |
| Betaproteobacteria | Mine drainage water clone LOP-7 (DQ241388) | 94 | − | − | − | − | − | − | − | + | |
| Betaproteobacteria | Contaminated sediment clone 661185 (DQ404909) | 97 | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| Gammaproteobacteria | Pseudomonas putida (EF526503) | 100 | − | − | − | + | − | + | − | − | |
| Gammaproteobacteria | Bathymodiolus thermophilus gill symbiont (M99445) | 94 | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| Deltaproteobacteria | Peru margin (ODP Leg 201) clone ODP1230B4.07 (AB177215) | 98 | + | • | − | − | − | − | − | − | |
| Deltaproteobacteria | Nankai Forearc Basin clone MB-A2-137 (AY093467) | 92 | • | − | − | • | − | − | − | − | |
| Deltaproteobacteria | Nankai Forearc Basin clone MB-C2-152 (AY093483) | 100 | − | − | − | + | − | − | − | − | |
| Actinobacteria | Mono Lake clone ML316M-7 (AF447767) | 98 | − | + | − | − | − | − | + | − | |
| JS1 | Peru margin (ODP Leg 201) clone ODP1230B1.30 (AB177134) | 95 | − | − | − | − | − | − | + | − | |
| JS1 | Nankai Trough (ODP Leg 190) clone NANK-B7 (AY436531) | 100 | − | − | − | − | − | − | + | − | |
| Chloroflexi | Urania basin mound clone Urania-2B-30 (AY627589) | 100 | − | − | − | − | − | − | + | − | |
| Chloroflexi | Peru margin (ODP Leg 201) clone ODP1227B19.06 (AB177057) | 100 | − | − | − | − | − | − | + | − | |
| Chloroflexi | Peru margin (ODP Leg 201) clone ODP1251B11.21 (AB177310) | 99 | − | − | − | − | − | − | + | − | |
| Chloroflexi | Peru margin (ODP Leg 201) clone 30-B02 (AJ867602) | 97 | − | − | − | − | − | − | + | − | |
| Spirochaetes | Microbial mat clone IE053 (AY605139) | 92 | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| OP8 | Peru margin (ODP Leg 201) clone 42-B47 (AJ867599) | 97 | − | − | − | + | − | − | − | − | |
| Novel Group | Sea of Okhotsk clone OHKB2.70 (AB094821) | 98 | + | − | − | − | − | − | − | − | |
| 16S rRNA gene bacterial primers 27–1492 | Alphaproteobacteria | Antarctic freshwater lake clone 60(AM049212) | 96 | − | − | − | − | − | + | − | − |
| Alphaproteobacteria | Uncultured Roseobacter clone NAC1-1 (AF245614) | 99 | − | − | − | − | − | + | − | − | |
| Gammaproteobacteria | Acinetobacter johnsonii strain WAB1939 (AM184278) | 92 | + | − | − | − | − | − | − | − | |
| Gammaproteobacteria | Subseafloor clone 33-FL10B99 (AF469278) | 100 | − | − | − | − | − | + | − | − | |
| Deltaproteobacteria | Nankai Forearc Basin clone MB-A2-137 (AY093467) | 92 | • | − | − | + | − | − | − | − | |
| Deltaproteobacteria | Peru margin (ODP Leg 201) clone ODP1230B4.07 (AB177215) | 94−97 | + | − | − | − | − | − | + | − | |
| Deltaproteobacteria | Nankai Forearc Basin clone MB-C2-152 (AY093483) | 99 | − | − | − | + | − | − | − | − | |
| Deltaproteobacteria | Marine sponge clone 276 (AY485297) | 92 | − | − | − | − | − | − | + | − | |
| JS1 | Amsterdam mud volcano clone Amsterdam-2B-61 (AY592418) | 100 | + | − | − | − | − | − | − | − | |
| JS1 | Nankai Trough (ODP Leg 190) clone NANK-B7 (AY436531) | 98−100 | − | − | − | − | − | − | + | − | |
| Chloroflexi | Ridge flank crustal fluid clone FS274-70B-03 (DQ513102) | 98 | + | − | − | − | − | − | − | − | |
| Chloroflexi | Sea of Okhotsk clone OHKB2.40 (AB094814) | 98 | • | − | − | + | − | − | − | − | |
| Chloroflexi | Ridge flank crustal fluid clone FS142-4B-02 (DQ513037) | 98 | • | − | − | + | − | − | − | − | |
| Actinobacteria | Brevibacterium samyangensis strain SST-8 (DQ344485) | 96 | − | − | + | − | − | − | − | − | |
| Actinobacteria | Brevibacterium sp. strain BBH7 (AM158906) | 100 | − | − | − | + | − | − | − | − | |
| Firmicutes | Salt marsh clone CB_079 (DQ880966) | 100 | − | − | − | − | − | − | − | + | |
| OP8 | Peru margin (ODP Leg 201) clone 42-B47 (AJ867599) | 96 | − | − | − | − | − | − | + | − | |
| Novel Group | Sea of Okhotsk clone OHKB2.70 (AB094821) | 98 | + | − | − | − | − | − | − | − | |
| Novel Group | Peru margin (ODP Leg 201) clone ODP1227B18.19 (AB177054) | 98 | − | − | − | + | − | − | − | − | |
| 16S rRNA gene JS1 primers | JS1 | Gulf of Mexico clone AT425_EubA5 (AY053496) | 93 | + | − | − | − | − | − | − | − |
| JS1 | Nankai Forearc Basin clone MA-A2-104 (AY093459) | 99 | − | − | − | + | − | − | − | − | |
| JS1 | Cascadia margin (ODP Leg 204) clone ODP1244B5.17 | 92 | − | − | − | + | − | − | − | − | |
| JS1 | Peru margin (ODP Leg 201) clone ODP1230B1.30 (AB177134) | 99 | − | − | − | − | − | − | + | − | |
| JS1 | Nankai Trough (ODP Leg 190) clone NANK-B7 (AY436531) | 99 | − | − | − | − | − | − | + | − | |
| Chloroflexi | Sandy carbonate sediment clone CI75cm2.05 | 97−100 | − | − | − | + | |||||
| Chloroflexi | Oceanic crust clone FS118-10B-02 | 100 | + | − | − | + | − | − | − | ||
| Chloroflexi | Peru margin (ODP Leg 201) clone ODP1227B18.10 | 95 | + | − | − | − | − | − | − | ||
| Gammaproteobacteria | Pirite mine drainage Frateuria sp. DM-HM | 96−97 | − | + | − | − | + | + | − | − | |
| Gammaproteobacteria | Thermomonas hydrothermalis | 100 | − | − | − | − | + | − | − | − | |
| Deltaproteobacteria | Sandy carbonate sediment clone CI75cm2.03 | 90−91 | + | − | − | + | − | − | + | − | |
| 16S rRNA gene archaeal primers | SAGMEG-1 | Peru margin (ODP Leg 201) clone 86-AC3 | 92 | − | − | − | + | − | − | − | − |
| SAGMEG-1 | Urania basin mound clone Urania-2A-32 | 97 | − | − | − | + | − | − | − | − | |
| SAGMEG-1 | Peru margin (ODP Leg 201) clone 5H2_H23 | 99−100 | + | − | − | + | − | + | − | − | |
| SAGMEG-1 | Urania basin mound clone Urania-2A-16 | 98 | − | − | − | + | − | − | − | − | |
| SAGMEG-1 | Peru margin (ODP Leg 201) clone 1H5_H06 | 98 | + | − | − | − | − | − | − | − | |
| SAGMEG-1 | Peru margin (ODP Leg 201) clone ODP1227A18.12 | 99 | + | − | − | − | − | − | − | − | |
| SAGMEG-like | Peru margin (ODP Leg 201) clone ODP1227A5.28 | 98 | − | − | − | − | − | + | − | − | |
| MBG-D | Tidal flat sediment clone BS1-1-79 | 94−98 | − | − | − | − | − | − | + | − | |
| MBG-D | Nankai Trough (ODP Leg 190) clone NANK-A83 | 91−93 | + | − | − | − | − | − | − | − | |
| C3 | South China Sea clone MD2896-3m.47 | 96−98 | − | − | − | + | − | − | + | − | |
| MCG | Holocene subsurface sediment clone ITKA-052 | 91−93 | − | − | − | − | − | − | + | − | |
| MCG | Peru margin (ODP Leg 201) clone 12H3_ar19 | 98 | − | − | − | − | − | − | − | + | |
a.
All bacterial and archaeal PCR products were reamplified by nested PCR prior to DGGE analysis with primers 357F-518R or SAF-PARCH519R respectively.
b.
+, identification by sequencing; •, identification by extrapolation of DGGE band position.
c.
mamb, metres above mound base (sites U1316 and U1317); mbsf, metres below seafloor (site U1318).