Table 2.

Oligonucleotides used in this study

Oligonucleotide	Sequencea
5′ RACE probes
Poly adapter	5′-CACCTGAGCAGAGTGACGAGGACTACGGCTTCAGCTTTTTTTTTTTTTTTTTT-3′
Poly outer adapter	5′-CACCTGAGCAGAGTGACG-3′
nuc PCR/5′ RACE	5′-ACATATGCCAGCACTTAATAAGTATTCTG-3′
nuc cDNA/5′ RACE	5′-TACTGATAGCCATCCCTATAAGTAATATTG-3′
nuc promoter top	5′-TTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAATTGTAAAAATGTAGAATT-3′
nuc promoter bottom	5′-AATTCTACATTTTTACAATTAATTAATAAAAATTTAATAATTATAATAAA-3′
EMSA probes
agrB promoter top	5′-ATTTAACAGTTAAGTATTTATTTCCTACAGTTAGGCAATATAATGATAAA-3′
agrB promoter bottom	5′-TTTATCATTATATTGCCTAACTGTAGGAAATAAATACTTAACTGTTAAAT-3′
sbi promoter top	5′-CACTAGTTAATCTATTAGTTAACATTAGTTAATAATTAGTTAATTTCCAT-3′
sbi promoter bottom	5′-ATGGAAATTAACTAATTATTAACTAATGTTAACTAATAGATTAACTAGTG-3′
hla probe top	5′-AAATCAATTAATTAACTATTAAATAAAAATTAACTATATATTAACTAGTG-3′
hla probe bottom	5′-CACTAGTTAATATATAGTTAATTTTTATTTAATAGTTAATTAATTGATTT-3′
FAM/nuc promoter bottom	5′-FAM/AATTCTACATTTTTACAATTAATTAATAAAAATTTAATAATTATAATAAA-3′
Cloning
MEO63	5′-AGCTTGGATCCATCGATGTCGACGCTAGCGGTACCGATATCC-3′
MEO64	5′-CCGGGGATATCGGTACCGCTAGCGTCGACATCGATGGATCCA-3′
CEF16	5′-GTTGTTAAGCTTTTATTGTGGCAAAAGGTTT-3′
CEF17	5′-GTTGTTCCCGGATTATTAGGCGGCATACAG-3′
TaqMan
gyrB fwd	5′-CAAATGATCACAGCTTTGGTACAG-3′
gyrB rvs	5′-CGGCATCAG TCATAATGACGAT-3′
gyrB probe	5′-AATCGGTGGCGACTTTGATCTAGCGAAAG-3′
hla fwd	5′-CAACAACACTATTGCTAGGTTCCATATT-3′
hla rvs	5′-CCTGTTTTTACT GTAGTATTGCTTCCA-3′
hla probe	5′-ATGAATCCTGTCGCTAATGCCGCAGA-3′
nuc fwd	5′-ATATGGACGTGGCTTAGCGT-3′
nuc rev	5′-TGAATCAGCGTTG TCTTCGCTCCA-3′
nuc probe	5′-ACGAAGCTTTAGTTCGTCAAGGCTTGGC-3′

^aHindIII and BamHI restriction digest sites are underlined.