Table 2.

Overview of the quantitative protein results from the comparison of the two experiments

Accession number	Protein name	iTRAQ unique peptides	Label-free unique peptides	p	iTRAQ ratio	Individual average fold change
O94772	Lymphocyte antigen 6H	4	3	0,023	9,7	1,5
P13987	CD59 glycoprotein	4	3	0,033	5,6	1,6
P16070	CD44 antigen	4	3	0,026	2,3	2,0
P55058	Phospholipid transfer protein	17	7	0,026	2,2	2,2
P01033	Metalloproteinase inhibitor 1	7	4	0,019	2,0	2,0
O00584	Ribonuclease T2	14	3	0,010	2,0	2,3
P02747	Complement C1q subcomponent subunit C	2	4	0,013	1,9	1,4
P48745	Protein NOV homolog	9	3	0,011	1,9	1,7
P07602	Proactivator polypeptide	15	9	0,042	1,9	1,7
P10909	Clusterin	25	26	0,001	1,8	1,9
Q969P0	Immunoglobulin superfamily member 8	8	4	0,008	1,7	1,7
Q9Y6R7	IgGFc-binding protein	27	9	0,002	1,7	2,2
Q6UX71	Plexin domain-containing protein 2	14	3	0,008	1,6	1,8
Q02246	Contactin-2	35	19	0,011	1,6	2,2
P04066	Tissue alpha-L-fucosidase	11	2	0,009	1,6	2,7
Q96GW7	Brevican core protein	27	11	0,016	1,6	1,6
P08253	72 kDa type IV collagenase	31	5	0,005	1,6	1,9
Q15113	Procollagen C-endopeptidase enhancer 1	16	10	0,010	1,5	1,8
P08571	Monocyte differentiation antigen CD14	14	9	0,000	1,5	1,6
O75509	Tumor necrosis factor receptor superfamily member 21	7	3	0,018	1,5	1,6
P20062	Transcobalamin-2	11	2	0,036	1,5	2,9
Q12860	Contactin-1	44	18	0,003	1,5	1,6
P60174	Triosephosphate isomerase	15	8	0,020	0,6	0,4
Q99497	Protein DJ-1	15	4	0,036	0,5	0,4
P19827	Inter-alpha-trypsin inhibitor heavy chain H1	19	7	0,032	0,5	0,3
P19823	Inter-alpha-trypsin inhibitor heavy chain H2	24	7	0,032	0,5	0,4
P06744	Glucose-6-phosphate isomerase	16	3	0,034	0,4	0,3
P09382	Galectin-1	5	4	0,041	0,4	0,4
P62258	14-3-3 protein epsilon	16	4	0,032	0,3	0,2
P63104	14-3-3 protein zeta/delta	14	3	0,027	0,3	0,3
P04040	Catalase	18	2	0,001	0,3	0,2
P62937	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A	11	4	0,022	0,3	0,2
P09211	Glutathione S-transferase P	9	6	0,029	0,3	0,3
P32119	Peroxiredoxin-2	12	4	0,001	0,3	0,1
P00558	Phosphoglycerate kinase 1	25	4	0,036	0,3	0,3
P02675	Fibrinogen beta chain	16	12	0,003	0,3	0,5
P08107	Heat shock 70 kDa protein 1A/1B	27	5	0,034	0,3	0,2
P02671	Fibrinogen alpha chain	14	8	0,001	0,3	0,5
P63261	Actin, cytoplasmic 2	21	5	0,020	0,2	0,1
P07437	Tubulin beta chain	8	2	0,033	0,2	0,2
P02679	Fibrinogen gamma chain	5	10	0,001	0,2	0,5
P02042	Hemoglobin subunit delta	14	7	0,008	0,2	0,1
P00915	Carbonic anhydrase 1	9	5	0,004	0,2	0,0
P68871	Hemoglobin subunit beta	14	12	0,006	0,2	0,0
P08670	Vimentin	33	27	0,027	0,2	0,1
P69905	Hemoglobin subunit alpha	10	13	0,003	0,1	0,0

Proteins with different abundance between AC fluid and CSF, determined by significant (p < 0.05) differential abundance in individual label-free samples, as well as fold change +/− log2 (0.58) in both label-free and iTRAQ experiment.