Table 1.

DNA substrate sequences

Number	Name	Sequencea
1	4C-G	5′-(FAM)-AGG CAC TGA TC GGG    -3′
		3′-CC GTG ACT AG CCCCGC ATT -5′
2	1T-G	5′-(FAM)-AGG CAC TGA TC GGG    -3′
		3′-CC GTG ACT AG CCCTGC ATT -5′
3	2T-G	5′-(FAM)-AGG CAC TGA TC GG G    -3′
		3′-CC GTG ACT AG CCTCGC ATT -5′
4	3T-G	5′-(FAM)-AGG CAC TGA TC G GG    -3′
		3′-CC GTG ACT AG CTCCGC ATT -5′
5	4T-G	5′-(FAM)-AGG CAC TGA TC GGG    -3′
		3′-CC GTG ACT AG TCCCGC ATT -5′
6	4C-A	5′-(FAM)-AGG CAC TGA TC GGG    -3′
		3′-CC GTG ACT AG CCCCAC ATT -5′
7	1T-A	5′-(FAM)-AGG CAC TGA TC GGG    -3′
		3′-CC GTG ACT AG CCCTAC ATT -5′
8	C-C mispair	5′-(FAM)-AGG CAC TGA TC GGGC    -3′
		3′-CC GTG ACT AG CCCCGC ATT -5′
9	4C-GA	5′-(FAM)-AGG CAC TGA TC GGG    -3′
		3′-CC GTG ACT AG CCCCGA ATT -5′
10	4G	5′-(FAM)-AGG CAC TGA TC GGGG    -3′
		3′-CC GTG ACT AG CCCCGC ATT -5′

^aPrimers are labelled on the 5′ end with 6-carboxyfluorescein (FAM).

Nucleotides in bold vary between substrates.