Table 1. The Number of Core Genera and OTUs (in parentheses) at Selected Ubiquity and Abundance Cutoffs.
| Ubiquity | 75% | 80% | 85% | 90% | ||||||||||||
| Abundance | 10% | 1% | 0.10% | 0.01% | ||||||||||||
| Log10(Abundance) | −1 | −2 | −3 | −4 | ||||||||||||
| Observed | Median | LB | UB | Observed | Median | LB | UB | Observed | Median | LB | UB | Observed | Median | LB | UB | |
| Oral | ||||||||||||||||
| Buccal mucosa | 1 (1) | 1 (1) | 1 (1) | 1 (1) | 3 (4) | 3 (4) | 3 (3) | 3 (4) | 11 (10) | 11 (10) | 9 (9) | 12 (11) | 15 (14) | 14 (12) | 12 (10) | 15 (14) |
| Hard palate | 1 (1) | 1 (1) | 1 (1) | 1 (1) | 6 (7) | 6 (7) | 5 (6) | 7 (7) | 14 (16) | 14 (15) | 13 (13) | 15 (17) | 18 (22) | 17 (18) | 15 (16) | 19 (20) |
| Keratinized gingiva | 2 (1) | 2 (1) | 2 (1) | 2 (1) | 2 (2) | 2 (2) | 2 (2) | 2 (3) | 5 (5) | 5 (6) | 4 (5) | 6 (7) | 7 (8) | 7 (7) | 5 (6) | 8 (8) |
| Palatine Tonsils | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 1 (0) | 5 (6) | 5 (6) | 5 (5) | 7 (6) | 14 (15) | 14 (15) | 14 (14) | 15 (17) | 20 (20) | 17 (18) | 16 (17) | 18 (20) |
| Saliva | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 7 (7) | 7 (7) | 6 (7) | 7 (8) | 20 (21) | 19.5 (20) | 18 (18) | 23 (22) | 26 (28) | 26 (25) | 24 (22) | 27 (27) |
| Subgingival plaque | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 6 (2) | 6 (2) | 5 (2) | 6 (3) | 15 (12) | 15 (12) | 13 (10) | 17 (14) | 23 (19) | 21 (17) | 18 (14) | 23 (19) |
| Supragingival plaque | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 6 (4) | 7 (4) | 6 (3) | 8 (5) | 17 (17) | 16 (17) | 15 (16) | 18 (18) | 22 (23) | 20 (21) | 19 (19) | 21 (23) |
| Throat | 1 (0) | 1 (0) | 1 (0) | 1 (0) | 7 (6) | 6.5 (6) | 5 (5) | 8 (7) | 14 (16) | 14 (16) | 13 (14) | 15 (17) | 18 (20) | 16 (18) | 15 (16) | 19 (21) |
| Tongue dorsum | 1 (0) | 1 (0) | 0 (0) | 1 (0) | 8 (8) | 7 (8) | 6 (7) | 8 (9) | 13 (14) | 13 (14) | 12 (13) | 14 (15) | 18 (19) | 16 (17) | 14 (15) | 18 (20) |
| Skin | ||||||||||||||||
| Anterior nares | 2 (2) | 2 (2) | 1 (0) | 2 (2) | 3 (3) | 3 (3) | 3 (3) | 3 (3) | 4 (4) | 4 (4) | 4 (3) | 4 (4) | 5 (4) | 4 (4) | 4 (4) | 5 (4) |
| L Antecubital fossa | 1 (1) | 1 (1) | 1 (1) | 1 (1) | 2 (1) | 2 (1) | 1 (1) | 3 (2) | 4 (4) | 4 (4) | 4 (4) | 6 (6) | 6 (4) | 5 (4) | 4 (4) | 6 (6) |
| L Retroauricular crease | 1 (1) | 1 (1) | 1 (1) | 1 (1) | 2 (2) | 2 (2) | 2 (2) | 2 (2) | 3 (2) | 3 (2) | 2 (2) | 3 (3) | 4 (3) | 3 (3) | 2 (2) | 4 (4) |
| R Antecubital fossa | 1 (1) | 1 (1) | 0 (0) | 1 (1) | 3 (2) | 3 (2) | 2 (1) | 4 (3) | 5 (4) | 5 (4) | 5 (3) | 6 (6) | 5 (6) | 5 (5) | 4 (3) | 6 (7) |
| R Retroauricular crease | 1 (1) | 1 (1) | 1 (1) | 1 (1) | 2 (2) | 2 (2) | 2 (2) | 2 (2) | 2 (2) | 2 (2) | 2 (2) | 3 (2) | 3 (3) | 3 (2) | 2 (2) | 3 (3) |
| Vaginal | ||||||||||||||||
| Mid vagina | 1 (1) | 1 (1) | 1 (1) | 1 (1) | 1 (1) | 1 (1) | 1 (1) | 1 (1) | 1 (1) | 1 (1) | 1 (1) | 1 (1) | 1 (1) | 1 (1) | 1 (1) | 1 (1) |
| Posterior fornix | 1 (1) | 1 (1) | 1 (1) | 1 (1) | 1 (1) | 1 (1) | 1 (1) | 1 (1) | 1 (1) | 1 (1) | 1 (1) | 1 (1) | 1 (1) | 1 (1) | 1 (1) | 2 (1) |
| Vaginal introitus | 1 (1) | 1 (1) | 1 (1) | 1 (1) | 1 (1) | 1 (1) | 1 (1) | 1 (1) | 1 (1) | 1 (1) | 1 (1) | 1 (1) | 2 (1) | 1 (1) | 1 (1) | 2 (1) |
| Stool | 1 (1) | 1 (1) | 1 (0) | 1 (1) | 5 (4) | 4 (3) | 3 (2) | 5 (4) | 7 (6) | 7 (6) | 6 (5) | 9 (7) | 9 (8) | 8 (8) | 6 (6) | 10 (9) |
Observed core membership counts are based on unperturbed 16S profiles.
Median, LB, and UB core membership counts were computed using bootstrapping with 160 iterations and 95% CI.