Table 3.
SNP counts per base pair in the five ScSuSy fragments within and between the three Saccharum species
| Saccharum species SNP | ScSuSy1 | ScSuSy2 | ScSuSy3 | ScSuSy4 | ScSuSy5 | total | bp/SNP |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
S. o. |
4/489 |
4/484 |
7/569 |
7/470 |
2/577 |
24/2589 |
108 |
|
S. r. |
7/489 |
3/484 |
7/569 |
9/470 |
6/577 |
32/2589 |
81 |
|
S. s. |
11/489 |
6/484 |
7/569 |
9/470 |
3/577 |
38/2589 |
72 |
| Total SNPs count between the Saccharum species | |||||||
|
S. o. + S. r. |
10/489 |
5/484 |
8/569 |
12/470 |
7/577 |
42/2589 |
62 |
|
S. o. + S. s. |
14/489 |
9/484 |
10/569 |
15/470 |
5/577 |
53/2589 |
49 |
|
S. r + S. s. |
16/489 |
9/484 |
10/569 |
15/470 |
8/577 |
58/2589 |
45 |
|
S. s. + S. o. + S. r. |
20/489 |
10/484 |
11/569 |
18/470 |
9/577 |
51/2589 |
38 |
| Identical SNPs count between the Saccharum species | |||||||
|
S. o. \ S. r. |
2/489 |
2/484 |
6/569 |
4/470 |
1/577 |
15/2589 |
172 |
|
S. o.\ S. s. |
1/489 |
1/484 |
4/569 |
1/470 |
0 |
7/2589 |
370 |
|
S. s. \ S. r. |
3/489 |
0 |
4/569 |
3/470 |
1/577 |
11/2589 |
238 |
| S. s. \ S. o. \ S. r. | 1/489 | 0 | 4/569 | 1/470 | 0 | 6/2589 | 435 |
Note: S. o. : S. officinarum , S. r: S. robustum, S. s:S. spontaneum.