Table 1.

Type I error rates for scenario 1

			Type I error rate
			Nominal 0.05		Nominal 0.01
MAF	No. markers	ρ	Q (kernel)	T (burden)	Q (kernel)	T (burden)
0.01	50	0	0.038	0.053	0.004	0.010
		0.5	0.041	0.052	0.012	0.011
		0.9	0.050	0.052	0.021	0.012
	100	0	0.035	0.063	0.006	0.012
		0.5	0.034	0.052	0.009	0.010
		0.9	0.042	0.045	0.006	0.005
0.05	50	0	0.044	0.042	0.006	0.008
		0.5	0.046	0.041	0.013	0.006
		0.9	0.048	0.048	0.011	0.006
	100	0	0.047	0.049	0.011	0.013
		0.5	0.047	0.049	0.015	0.008
		0.9	0.054	0.052	0.013	0.012
0.1	50	0	0.044	0.060	0.007	0.009
		0.5	0.044	0.049	0.015	0.009
		0.9	0.042	0.043	0.010	0.007
	100	0	0.032	0.046	0.006	0.010
		0.5	0.050	0.045	0.022	0.010
		0.9	0.043	0.044	0.006	0.005