Table 2.

Type I error rates for scenario 2

			Type I error rate
			Nominal 0.05		Nominal 0.01
MAF	No. markers	ρ	Q (kernel)	T (burden)	Q (kernel)	T (burden)
0.01	50	0	0.076	0.048	0.019	0.013
		0.5	0.058	0.052	0.019	0.011
		0.9	0.051	0.047	0.014	0.011
	100	0	0.072	0.052	0.021	0.011
		0.5	0.053	0.050	0.012	0.009
		0.9	0.064	0.062	0.026	0.016
0.05	50	0	0.040	0.050	0.007	0.017
		0.5	0.045	0.039	0.014	0.005
		0.9	0.060	0.056	0.024	0.013
	100	0	0.061	0.055	0.012	0.009
		0.5	0.050	0.044	0.016	0.009
		0.9	0.059	0.055	0.013	0.013
0.1	50	0	0.043	0.044	0.012	0.006
		0.5	0.052	0.046	0.018	0.008
		0.9	0.049	0.047	0.016	0.013
	100	0	0.045	0.044	0.009	0.009
		0.5	0.049	0.047	0.020	0.005
		0.9	0.057	0.056	0.014	0.010