Table 3.

Type I error rates for scenario 2, X chromosome. Males scored 0 or 2

			Type I error rate
			Nominal 0.05		Nominal 0.01
MAF	No. markers	ρ	Q (kernel)	T (burden)	Q (kernel)	T (burden)
0.01	50	0	0.044	0.040	0.010	0.013
		0.5	0.052	0.047	0.012	0.010
		0.9	0.047	0.046	0.012	0.008
	100	0	0.048	0.033	0.005	0.005
		0.5	0.047	0.052	0.013	0.008
		0.9	0.058	0.061	0.020	0.012
0.05	50	0	0.057	0.018	0.010	0.001
		0.5	0.051	0.047	0.017	0.008
		0.9	0.051	0.049	0.013	0.009
	100	0	0.044	0.011	0.007	0.000
		0.5	0.054	0.050	0.024	0.009
		0.9	0.053	0.051	0.009	0.006
0.1	50	0	0.044	0.006	0.004	0.000
		0.5	0.045	0.034	0.018	0.012
		0.9	0.054	0.052	0.014	0.008
	100	0	0.045	0.000	0.004	0.000
		0.5	0.057	0.045	0.024	0.013
		0.9	0.041	0.039	0.012	0.007