Table 2.
PSCL-derived matrix describing 9-mer binding to Mamu-A1*007:01
| Position |
|||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Residue | 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 |
| A | 0.061 | - | 0.35 | 0.21 | 0.14 | 1.0 | 0.14 | 1.0 | 0.016 |
| C | 0.22 | - | 0.019 | 0.16 | 0.087 | 0.22 | 0.21 | 0.14 | - |
| D | 0.14 | - | 0.094 | 0.13 | 0.048 | 0.15 | 0.066 | 0.10 | - |
| E | 0.023 | - | - | 0.024 | 0.044 | 0.12 | 0.038 | 0.018 | - |
| F | 0.095 | - | 1.0 | 1.0 | 0.42 | 0.28 | 0.72 | 0.21 | 0.51 |
| G | 0.063 | - | 0.042 | 0.33 | 0.18 | 0.24 | 0.17 | 0.12 | - |
| H | 0.16 | 1.0 | 0.059 | 0.27 | 0.18 | 0.22 | 0.32 | 0.039 | - |
| I | 0.12 | 0.015 | 0.097 | 0.15 | 0.25 | 0.56 | 0.70 | 0.29 | 0.075 |
| K | 0.023 | - | 0.026 | 0.095 | 0.061 | 0.10 | 0.14 | 0.078 | - |
| L | 0.057 | 0.011 | 0.025 | 0.13 | 0.098 | 0.023 | 0.52 | 0.25 | 1.0 |
| M | 0.21 | 0.022 | 0.077 | 0.97 | 0.092 | 0.62 | 0.30 | 0.13 | 0.14 |
| N | 1.0 | - | 0.061 | 0.21 | 0.11 | 0.69 | 0.16 | 0.083 | - |
| P | 0.015 | - | 0.015 | 0.39 | 0.12 | 0.65 | 0.22 | 0.11 | - |
| Q | 0.077 | 0.12 | 0.050 | 0.26 | 0.15 | 0.51 | 0.27 | 0.15 | - |
| R | 0.13 | 0.14 | - | 0.22 | 0.11 | 0.25 | 0.22 | 0.17 | - |
| S | 0.30 | 0.012 | 0.12 | 0.21 | 0.23 | 0.94 | 0.25 | 0.22 | - |
| T | 0.081 | - | 0.13 | 0.13 | 0.14 | 0.39 | 0.22 | 0.35 | 0.014 |
| V | 0.22 | - | 0.11 | 0.16 | 0.23 | 0.28 | 0.42 | 0.67 | 0.063 |
| W | 0.28 | - | 0.025 | 0.16 | 1.0 | 0.13 | 0.32 | 0.047 | 0.021 |
| Y | 0.20 | - | 0.16 | 0.17 | 0.34 | 0.26 | 1.0 | 0.13 | - |
|
| |||||||||
| Geomean | 0.11 | 0.014 | 0.059 | 0.20 | 0.15 | 0.28 | 0.25 | 0.14 | 0.017 |
| SD | 2.7 | 3.9 | 3.2 | 2.2 | 2.1 | 2.5 | 2.2 | 2.5 | 4.9 |
| SF | 0.83 | 6.7 | 1.6 | 0.46 | 0.62 | 0.33 | 0.37 | 0.64 | 5.2 |