Table 2.
Haplotype, nucleotide variation sites of partial cox1 gene (924 bp length), and frequency of 73 Taenia saginata samples in this study (THA*, haplotype A–N) and 33 from 11 different geographical countries** (Haplotype O–W).
| Number | Haplotype | Position of nucleotide change | Number of individuals per population | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 0 | 0 | 1 | 1 | 2 | 2 | 2 | 3 | 3 | 4 | 5 | 6 | 6 | 6 | 7 | 7 | 7 | 7 | 8 | 8 | 9 | 9 | 9 | NL | NH | UB | KK | Subtotal THA* |
THA | CHN | KOR | JPN | IND | CAM | NEP | ECU | BRA | ETH | BEL | Total | ||
| 3 | 6 | 7 | 8 | 1 | 3 | 3 | 0 | 8 | 9 | 7 | 2 | 3 | 8 | 1 | 2 | 6 | 9 | 0 | 9 | 0 | 1 | 2 | |||||||||||||||||||
| 9 | 3 | 4 | 6 | 9 | 1 | 7 | 0 | 1 | 2 | 0 | 1 | 9 | 7 | 1 | 3 | 9 | 8 | 6 | 0 | 1 | 2 | 4 | |||||||||||||||||||
| 1 | A | C | G | G | A | C | A | C | T | A | A | A | G | A | C | T | T | A | T | C | A | C | G | T | 10 | 17 | 5 | 6 | 38 | 7 | 2 | 1 | 1 | 2 | — | 1 | 1 | 2 | 1 | 1 | 57 |
| 2 | B | . | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | T | · | · | · | · | · | · | T | · | · | 1 | 6 | 3 | 6 | 16 | 3 | — | — | — | — | — | — | — | — | — | — | 19 |
| 3 | C | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | T | · | · | 1 | 2 | — | — | 3 | — | — | — | — | — | — | — | — | — | — | — | 3 |
| 4 | D | · | · | · | G | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 1 | 2 | — | — | 3 | — | — | — | — | — | — | — | — | — | — | — | 3 |
| 5 | E | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | G | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 1 | 1 | — | — | 2 | — | — | — | — | — | — | — | — | — | — | — | 2 |
| 6 | F | · | · | · | · | · | · | · | · | G | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | — | 2 | — | — | 2 | — | — | — | — | — | — | — | — | — | — | — | 2 |
| 7 | G | · | · | · | · | T | · | · | · | · | · | · | · | · | T | · | · | · | · | · | · | T | · | · | — | 1 | — | 1 | 2 | — | — | — | — | — | — | — | — | — | — | — | 2 |
| 8 | H | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | C | · | · | · | · | · | · | · | · | — | — | — | 1 | 1 | — | — | — | — | — | — | — | — | — | — | — | 1 |
| 9 | I | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | T | · | · | · | · | · | · | — | — | 1 | — | 1 | — | — | — | — | — | — | — | — | — | — | — | 1 |
| 10 | J | · | · | · | · | · | · | · | · | G | · | · | · | · | · | · | · | · | C | · | · | · | · | · | 1 | — | — | — | 1 | — | — | — | — | — | — | — | — | — | — | — | 1 |
| 11 | K | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | C | · | · | · | 1 | — | — | — | 1 | — | — | — | — | — | — | — | — | — | — | — | 1 |
| 12 | L | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | T | · | · | · | · | · | · | · | · | · | — | — | — | 1 | 1 | — | — | — | — | — | — | — | — | — | — | — | 1 |
| 13 | M | · | · | · | · | · | · | · | · | G | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | C | T | · | · | — | 1 | — | — | 1 | — | — | — | — | — | — | — | — | — | — | — | 1 |
| 14 | N | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | T | · | · | T | · | · | · | A | · | C | T | · | · | — | — | — | 1 | 1 | — | — | — | — | — | — | — | — | — | — | — | 1 |
| 15 | O | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | T | · | · | · | · | · | · | T | · | C | 1 | — | — | — | — | — | — | — | — | — | — | 1 | |||||
| 16 | P | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | T | · | · | · | · | · | · | T | · | A | 1 | — | — | — | — | — | — | — | — | — | — | 1 | |||||
| 17 | Q | · | · | · | · | · | · | · | · | · | G | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 1 | — | — | — | — | — | — | — | — | — | — | 1 | |||||
| 18 | R | · | A | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | — | 1 | — | — | — | 1 | — | — | — | — | — | 2 | |||||
| 19 | S | · | · | A | · | · | G | · | · | · | · | · | A | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | — | 1 | — | — | — | — | — | — | — | — | — | 1 | |||||
| 20 | T | · | · | · | · | · | · | T | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | — | 1 | — | — | — | — | — | — | — | — | — | 1 | |||||
| 21 | U | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | T | · | · | · | · | — | — | — | — | — | — | — | 1 | — | — | — | 1 | |||||
| 22 | V | T | · | · | · | · | · | T | · | · | · | · | · | · | · | · | C | · | · | · | · | T | · | · | — | — | — | — | — | — | — | — | 1 | — | — | 1 | |||||
| 23 | W | · | · | · | · | · | · | · | C | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | A | · | — | — | — | — | — | — | — | — | — | 2 | — | 2 | |||||
Dots reprepresent homology with haplotype A sequence.
NL: Nan lowland, NH: Nan highland, UB: Ubon Ratchathani, KK: Khon Kaen.
**11 countries including THA: Thailand, CHN: China, KOR: Korea, JPN: Japan, IND: Indonesia, CAM: Cambodia, NEP: Nepal, ECU: Ecuador, BRA: Brazil, ETH: Ethiopia, and BEL: Belgium.
The numbering of nucleotide position of 1–924 referred to position 400–1324 of the complete mtDNA sequence (1620 bp) of T. saginata (GenBank acc. no. AB066495).