Table S2.

Down-regulated genes found in dataset GSE29174. There are 726 down-regulated genes in this list. Q-values reported by SAM were 0 for all genes in this list.

NCBI gene ID	Gene Symbol	Fold Change
2949	GSTM5	0.06
10894	LYVE1	0.06
5950	RBP4	0.07
762	CA4	0.09
54997	TESC	0.09
3489	IGFBP6	0.09
3952	LEP	0.09
213	ALB	0.09
3131	HLF	0.10
4023	LPL	0.10
10633	RASL10A	0.11
364	AQP7	0.11
1908	EDN3	0.11
1811	SLC26A3	0.11
91851	CHRDL1	0.11
729359	PLIN4	0.13
1149	CIDEA	0.13
5959	RDH5	0.13
5348	FXYD1	0.14
5346	PLIN1	0.14
10249	GLYAT	0.14
158800	RHOXF1	0.14
221476	PI16	0.14
3040	HBA2	0.14
6939	TCF15	0.14
79645	EFCAB1	0.14
80343	SEL1L2	0.14
9413	FAM189A2	0.15
26289	AK5	0.15
25891	PAMR1	0.15
3679	ITGA7	0.15
1264	CNN1	0.15
92304	SCGB3A1	0.15
2167	FABP4	0.15
23285	KIAA1107	0.15
7145	TNS1	0.16
4881	NPR1	0.16
1028	CDKN1C	0.16
1036	CDO1	0.16
130271	PLEKHH2	0.16
8736	MYOM1	0.16
8908	GYG2	0.16
619373	MBOAT4	0.17
130399	ACVR1C	0.17
1646	AKR1C2	0.17
80763	C12orf39	0.17
2159	F10	0.18
84889	SLC7A3	0.18
1308	COL17A1	0.18
83699	SH3BGRL2	0.18
84417	C2orf40	0.18
4081	MAB21L1	0.18
3484	IGFBP1	0.18
5239	PGM5	0.19
4969	OGN	0.19
2719	GPC3	0.19
116362	RBP7	0.19
948	CD36	0.19
5764	PTN	0.19
3043	HBB	0.19
56920	SEMA3G	0.20
94274	PPP1R14A	0.20
57447	NDRG2	0.20
84795	PYROXD2	0.20
84649	DGAT2	0.20
2690	GHR	0.20
22802	CLCA4	0.20
5179	PENK	0.20
6663	SOX10	0.20
6649	SOD3	0.21
54922	RASIP1	0.21
8406	SRPX	0.21
1446	CSN1S1	0.21
7123	CLEC3B	0.22
9647	PPM1F	0.22
1842	ECM2	0.22
3909	LAMA3	0.22
8639	AOC3	0.23
2934	GSN	0.23
9370	ADIPOQ	0.23
3202	HOXA5	0.23
9452	ITM2A	0.23
6290	SAA3P	0.23
4604	MYBPC1	0.23
79785	RERGL	0.16
221091	LRRN4CL	0.17
3991	LIPE	0.17
27175	TUBG2	0.24
1346	COX7A1	0.24
6376	CX3CL1	0.24
50486	G0S2	0.24
6285	S100B	0.24
443	ASPA	0.24
947	CD34	0.25
84632	AFAP1L2	0.25
3866	KRT15	0.25
147463	ANKRD29	0.25
2878	GPX3	0.25
7079	TIMP4	0.25
54345	SOX18	0.25
51277	DNAJC27	0.25
84870	RSPO3	0.25
55323	LARP6	0.25
6387	CXCL12	0.25
137835	TMEM71	0.25
5212	VIT	0.25
26577	PCOLCE2	0.25
845	CASQ2	0.25
6422	SFRP1	0.25
10351	ABCA8	0.26
10840	ALDH1L1	0.26
65983	GRAMD3	0.26
84327	ZBED3	0.26
57124	CD248	0.26
3235	HOXD9	0.26
2192	FBLN1	0.26
91653	BOC	0.26
4147	MATN2	0.26
126669	SHE	0.27
2788	GNG7	0.27
129804	FBLN7	0.27
270	AMPD1	0.27
79656	BEND5	0.27
58503	PROL1	0.27
3316	HSPB2	0.27
729440	CCDC61	0.27
54438	GFOD1	0.27
5243	ABCB1	0.27
1128	CHRM1	0.23
83878	USHBP1	0.24
63970	TP53AIP1	0.24
79192	IRX1	0.28
3400	ID4	0.28
57519	STARD9	0.29
57666	FBRSL1	0.29
3590	IL11RA	0.29
57664	PLEKHA4	0.29
197257	LDHD	0.29
66036	MTMR9	0.29
2321	FLT1	0.29
126	ADH1C	0.29
1363	CPE	0.29
56131	PCDHB4	0.29
22915	MMRN1	0.29
7069	THRSP	0.29
57161	PELI2	0.30
770	CA11	0.30
53342	IL17D	0.30
79987	SVEP1	0.30
857	CAV1	0.30
222166	C7orf41	0.30
27190	IL17B	0.30
116159	CYYR1	0.30
4487	MSX1	0.30
9068	ANGPTL1	0.30
10411	RAPGEF3	0.30
3199	HOXA2	0.30
2944	GSTM1	0.30
2920	CXCL2	0.30
201134	CEP112	0.31
220001	VWCE	0.31
83888	FGFBP2	0.31
6366	CCL21	0.31
6711	SPTBN1	0.31
85378	TUBGCP6	0.31
26040	SETBP1	0.31
4692	NDN	0.31
25890	ABI3BP	0.31
23531	MMD	0.31
30846	EHD2	0.31
6196	RPS6KA2	0.31
2009	EML1	0.31
810	CALML3	0.27
6898	TAT	0.27
5648	MASP1	0.28
25999	CLIP3	0.28
125875	CLDND2	0.28
7102	TSPAN7	0.28
1879	EBF1	0.28
23252	OTUD3	0.28
5493	PPL	0.28
83987	CCDC8	0.28
9073	CLDN8	0.28
221981	THSD7A	0.28
64102	TNMD	0.28
137872	ADHFE1	0.33
27151	CPAMD8	0.33
387923	SERP2	0.33
145581	LRFN5	0.33
6263	RYR3	0.33
2354	FOSB	0.33
51302	CYP39A1	0.33
4128	MAOA	0.34
117248	GALNTL2	0.34
10268	RAMP3	0.34
7730	ZNF177	0.34
10873	ME3	0.34
7461	CLIP2	0.34
7049	TGFBR3	0.34
79901	CYBRD1	0.34
5152	PDE9A	0.34
50805	IRX4	0.34
8644	AKR1C3	0.34
5915	RARB	0.34
2770	GNAI1	0.34
54996	2-Mar	0.35
79791	FBXO31	0.35
54776	PPP1R12C	0.35
9079	LDB2	0.35
57104	PNPLA2	0.35
30008	EFEMP2	0.35
91461	PKDCC	0.35
23368	PPP1R13B	0.35
23461	ABCA5	0.35
9572	NR1D1	0.35
23338	PHF15	0.35
6289	SAA2	0.31
345275	HSD17B13	0.31
2701	GJA4	0.32
112609	MRAP2	0.32
727	C5	0.32
477	ATP1A2	0.32
9627	SNCAIP	0.32
4435	CITED1	0.32
10974	C10orf116	0.32
11005	SPINK5	0.32
80325	ABTB1	0.33
221395	GPR116	0.33
10014	HDAC5	0.33
1489	CTF1	0.37
35	ACADS	0.37
3749	KCNC4	0.37
140738	TMEM37	0.37
2791	GNG11	0.37
23604	DAPK2	0.37
10217	CTDSPL	0.37
23550	PSD4	0.37
4306	NR3C2	0.37
119587	CPXM2	0.37
7942	TFEB	0.37
3815	KIT	0.37
1805	DPT	0.37
23242	COBL	0.37
4313	MMP2	0.37
4139	MARK1	0.37
9104	RGN	0.37
2329	FMO4	0.37
25802	LMOD1	0.38
4239	MFAP4	0.38
10392	NOD1	0.38
6794	STK11	0.38
85458	DIXDC1	0.38
4123	MAN2C1	0.38
54476	RNF216	0.38
9920	KBTBD11	0.38
6329	SCN4A	0.38
10253	SPRY2	0.38
1910	EDNRB	0.38
9249	DHRS3	0.38
22869	ZNF510	0.38
114800	CCDC85A	0.35
2550	GABBR1	0.35
4638	MYLK	0.35
2327	FMO2	0.35
139411	PTCHD1	0.35
10391	CORO2B	0.35
25854	FAM149A	0.35
55701	ARHGEF40	0.36
1759	DNM1	0.36
22849	CPEB3	0.36
57716	PRX	0.36
1628	DBP	0.36
80031	SEMA6D	0.36
259217	HSPA12A	0.36
6909	TBX2	0.36
1511	CTSG	0.36
79971	WLS	0.36
90865	IL33	0.36
11343	MGLL	0.36
55800	SCN3B	0.36
1949	EFNB3	0.36
284217	LAMA1	0.36
22927	HABP4	0.37
23645	PPP1R15A	0.39
342574	KRT27	0.39
83543	AIF1L	0.39
624	BDKRB2	0.39
347	APOD	0.39
84935	C13orf33	0.39
858	CAV2	0.39
5138	PDE2A	0.40
114928	GPRASP2	0.40
58190	CTDSP1	0.40
513	ATP5D	0.40
57684	ZBTB26	0.40
7041	TGFB1I1	0.40
5787	PTPRB	0.40
7294	TXK	0.40
56301	SLC7A10	0.40
55937	APOM	0.40
6368	CCL23	0.40
55020	TTC38	0.40
134265	AFAP1L1	0.40
4485	MST1	0.40
3384	ICAM2	0.38
8613	PPAP2B	0.38
1950	EGF	0.38
55273	TMEM100	0.38
6297	SALL2	0.38
9365	KL	0.38
8863	PER3	0.38
8404	SPARCL1	0.38
2202	EFEMP1	0.38
8369	HIST1H4G	0.38
5187	PER1	0.39
30815	ST6GALNAC6	0.39
256364	EML3	0.39
57381	RHOJ	0.39
761	CA3	0.39
83989	FAM172A	0.39
1408	CRY2	0.39
2281	FKBP1B	0.39
51222	ZNF219	0.39
54540	FAM193B	0.39
4053	LTBP2	0.39
55184	DZANK1	0.39
5740	PTGIS	0.39
84814	PPAPDC3	0.42
79365	BHLHE41	0.42
316	AOX1	0.42
23380	SRGAP2	0.42
84033	OBSCN	0.42
90353	CTU1	0.42
9013	TAF1C	0.42
474344	GIMAP6	0.42
84883	AIFM2	0.42
58480	RHOU	0.42
65982	ZSCAN18	0.42
666	BOK	0.42
79762	C1orf115	0.42
525	ATP6V1B1	0.42
4675	NAP1L3	0.42
3257	HPS1	0.43
55781	RIOK2	0.43
63947	DMRTC1	0.43
1969	EPHA2	0.43
25927	CNRIP1	0.43
57685	CACHD1	0.43
51559	NT5DC3	0.40
7169	TPM2	0.40
51705	EMCN	0.40
8938	BAIAP3	0.40
10365	KLF2	0.40
59	ACTA2	0.40
80309	SPHKAP	0.40
3779	KCNMB1	0.41
10826	C5orf4	0.41
219654	ZCCHC24	0.41
92162	TMEM88	0.41
7450	VWF	0.41
10266	RAMP2	0.41
25875	LETMD1	0.41
1938	EEF2	0.41
121551	BTBD11	0.41
2119	ETV5	0.41
9696	CROCC	0.41
1031	CDKN2C	0.41
9037	SEMA5A	0.41
3397	ID1	0.41
84707	BEX2	0.41
57616	TSHZ3	0.41
1471	CST3	0.41
55214	LEPREL1	0.41
3914	LAMB3	0.41
57478	USP31	0.41
3783	KCNN4	0.41
8839	WISP2	0.41
1583	CYP11A1	0.42
10124	ARL4A	0.42
738	C11orf2	0.42
29800	ZDHHC1	0.42
23135	KDM6B	0.44
171024	SYNPO2	0.44
10350	ABCA9	0.44
3691	ITGB4	0.44
2348	FOLR1	0.44
11145	PLA2G16	0.44
554	AVPR2	0.45
64072	CDH23	0.45
80177	MYCT1	0.45
5957	RCVRN	0.45
408	ARRB1	0.45
29997	GLTSCR2	0.43
26051	PPP1R16B	0.43
83604	TMEM47	0.43
2308	FOXO1	0.43
55225	RAVER2	0.43
54839	LRRC49	0.43
122953	JDP2	0.43
29775	CARD10	0.43
166	AES	0.43
25924	MYRIP	0.43
2852	GPER	0.43
51421	AMOTL2	0.43
124936	CYB5D2	0.43
1294	COL7A1	0.43
127435	PODN	0.43
84952	CGNL1	0.43
83483	PLVAP	0.43
1958	EGR1	0.43
230	ALDOC	0.43
65987	KCTD14	0.43
4804	NGFR	0.44
64852	TUT1	0.44
84253	GARNL3	0.44
5866	RAB3IL1	0.44
10608	MXD4	0.44
4211	MEIS1	0.44
83547	RILP	0.44
9172	MYOM2	0.44
57192	MCOLN1	0.44
255877	BCL6B	0.44
56904	SH3GLB2	0.44
51285	RASL12	0.44
3425	IDUA	0.44
402117	VWC2L	0.46
81490	PTDSS2	0.46
283748	PLA2G4D	0.46
23523	CABIN1	0.46
6146	RPL22	0.46
85360	SYDE1	0.46
60468	BACH2	0.46
57451	ODZ2	0.46
4013	VWA5A	0.46
339768	ESPNL	0.46
3860	KRT13	0.46
144699	FBXL14	0.45
83719	YPEL3	0.45
22841	RAB11FIP2	0.45
283927	NUDT7	0.45
293	SLC25A6	0.45
90507	SCRN2	0.45
37	ACADVL	0.45
112744	IL17F	0.45
6709	SPTAN1	0.45
8086	AAAS	0.45
7423	VEGFB	0.45
64221	ROBO3	0.45
7273	TTN	0.45
2657	GDF1	0.45
59271	C21orf63	0.45
132160	PPM1M	0.45
27244	SESN1	0.45
51310	SLC22A17	0.45
4828	NMB	0.45
54360	CYTL1	0.45
203245	NAIF1	0.45
23166	STAB1	0.45
2121	EVC	0.45
116496	FAM129A	0.45
23239	PHLPP1	0.45
51673	TPPP3	0.45
64094	SMOC2	0.45
6383	SDC2	0.45
2180	ACSL1	0.45
23770	FKBP8	0.45
55901	THSD1	0.46
25895	METTL21B	0.46
23731	C9orf5	0.46
126393	HSPB6	0.46
4056	LTC4S	0.46
79825	CCDC48	0.46
10810	WASF3	0.46
29911	HOOK2	0.46
583	BBS2	0.46
28984	C13orf15	0.46
1465	CSRP1	0.46
55258	THNSL2	0.46
161198	CLEC14A	0.46
3699	ITIH3	0.48
7094	TLN1	0.46
4232	MEST	0.46
1410	CRYAB	0.46
57452	GALNTL1	0.47
63935	PCIF1	0.47
25873	RPL36	0.47
9812	KIAA0141	0.47
51665	ASB1	0.47
64123	ELTD1	0.47
6122	RPL3	0.47
222962	SLC29A4	0.47
23102	TBC1D2B	0.47
3476	IGBP1	0.47
93408	MYL10	0.47
5310	PKD1	0.47
4628	MYH10	0.47
221935	SDK1	0.47
23328	SASH1	0.47
8522	GAS7	0.47
10023	FRAT1	0.47
7301	TYRO3	0.47
2767	GNA11	0.47
9457	FHL5	0.47
4094	MAF	0.47
65268	WNK2	0.47
54585	LZTFL1	0.47
375449	MAST4	0.47
138311	FAM69B	0.47
160622	GRASP	0.47
22837	COBLL1	0.47
51435	SCARA3	0.47
217	ALDH2	0.47
6236	RRAD	0.47
8322	FZD4	0.47
653275	CFC1B	0.47
10908	PNPLA6	0.47
57526	PCDH19	0.47
8424	BBOX1	0.47
9905	SGSM2	0.48
10435	CDC42EP2	0.48
23087	TRIM35	0.48
60314	C12orf10	0.48
1073	CFL2	0.48
5256	PHKA2	0.49
92922	CCDC102A	0.48
65057	ACD	0.48
9095	TBX19	0.48
6441	SFTPD	0.48
22846	VASH1	0.48
51066	C3orf32	0.48
23179	RGL1	0.48
4664	NAB1	0.48
50511	SYCP3	0.48
6430	SRSF5	0.48
11078	TRIOBP	0.48
78991	PCYOX1L	0.48
6623	SNCG	0.48
23384	SPECC1L	0.48
53826	FXYD6	0.48
9397	NMT2	0.48
6041	RNASEL	0.48
113510	HELQ	0.48
64788	LMF1	0.48
2217	FCGRT	0.48
79720	VPS37B	0.48
6764	ST5	0.48
252969	NEIL2	0.48
8987	STBD1	0.48
41	ACCN2	0.48
7905	REEP5	0.48
5919	RARRES2	0.48
10544	PROCR	0.48
6876	TAGLN	0.48
8436	SDPR	0.49
23500	DAAM2	0.49
130132	RFTN2	0.49
80310	PDGFD	0.49
4215	MAP3K3	0.49
282775	OR5J2	0.49
51161	C3orf18	0.49
29098	RANGRF	0.49
53336	CPXCR1	0.49
9081	PRY	0.49
9459	ARHGEF6	0.49
2995	GYPC	0.49
23057	NMNAT2	0.49
4669	NAGLU	0.49
6452	SH3BP2	0.49
6237	RRAS	0.49
5288	PIK3C2G	0.49
10252	SPRY1	0.49
79026	AHNAK	0.49
9693	RAPGEF2	0.49
51226	COPZ2	0.49
158326	FREM1	0.49
1956	EGFR	0.49
5360	PLTP	0.49
290	ANPEP	0.49
1756	DMD	0.49
5118	PCOLCE	0.49
56654	NPDC1	0.49
9254	CACNA2D2	0.49
55536	CDCA7L	0.49
124975	GGT6	0.49
1906	EDN1	0.49
81029	WNT5B	0.49
2646	GCKR	0.49
9811	CTIF	0.50
145376	PPP1R36	0.50
222865	TMEM130	0.50
92999	ZBTB47	0.50
168002	DACT2	0.50
6829	SUPT5H	0.50
9992	KCNE2	0.50
58509	C19orf29	0.50
79706	PRKRIP1	0.50
1153	CIRBP	0.50
9639	ARHGEF10	0.50
4054	LTBP3	0.50
1120	CHKB	0.50
286046	XKR6	0.50
9590	AKAP12	0.50
64115	C10orf54	0.50
2067	ERCC1	0.50
7507	XPA	0.50
22897	CEP164	0.50
652	BMP4	0.50
55702	CCDC94	0.50
57613	KIAA1467	0.50
28514	DLL1	0.50
169270	ZNF596	0.50
83982	IFI27L2	0.50
51458	RHCG	0.49
1112	FOXN3	0.49
29954	POMT2	0.49
9612	NCOR2	0.49
3198	HOXA1	0.49
5311	PKD2	0.49
2946	GSTM2	0.49
2109	ETFB	0.49
56062	KLHL4	0.49
6915	TBXA2R	0.50
64288	ZNF323	0.50
5195	PEX14	0.50
84557	MAP1LC3A	0.50
6164	RPL34	0.50
8835	SOCS2	0.50
2735	GLI1	0.50
26022	TMEM98	0.50
3908	LAMA2	0.50
1825	DSC3	0.50
5730	PTGDS	0.50
162515	SLC16A11	0.51
274	BIN1	0.51
79654	HECTD3	0.51
22863	ATG14	0.51
25949	SYF2	0.51
84872	ZC3H10	0.51
23187	PHLDB1	0.51
5434	POLR2E	0.51
6181	RPLP2	0.51
6141	RPL18	0.51
84747	UNC119B	0.51
23399	CTDNEP1	0.51
599	BCL2L2	0.51
197258	FUK	0.51
5207	PFKFB1	0.51
8131	NPRL3	0.51
25839	COG4	0.51
10816	SPINT3	0.51
60485	SAV1	0.51
5681	PSKH1	0.51
80318	GKAP1	0.51
57088	PLSCR4	0.51
93129	ORAI3	0.51
5829	PXN	0.51
2247	FGF2	0.50
26248	OR2K2	0.50
84303	CHCHD6	0.50
3615	IMPDH2	0.50
1813	DRD2	0.50
80148	PQLC1	0.50
390081	OR52E4	0.50
352954	GATS	0.50
90871	C9orf123	0.50
50945	TBX22	0.52
5204	PFDN5	0.52
5338	PLD2	0.52
94	ACVRL1	0.52
54039	PCBP3	0.52
7691	ZNF132	0.52
338	APOB	0.52
84658	EMR3	0.52
283232	TMEM80	0.52
5430	POLR2A	0.52
54623	PAF1	0.52
11070	TMEM115	0.52
10395	DLC1	0.52
57140	RNPEPL1	0.52
79781	IQCA1	0.52
1838	DTNB	0.52
51386	EIF3L	0.52
56919	DHX33	0.52
57542	KLHDC5	0.52
3628	INPP1	0.52
4520	MTF1	0.52
8547	FCN3	0.52
60401	EDA2R	0.52
8082	SSPN	0.52
80755	AARSD1	0.52
710	SERPING1	0.52
56246	MRAP	0.52
10555	AGPAT2	0.52
949	SCARB1	0.52
23743	BHMT2	0.52
3910	LAMA4	0.52
60370	AVPI1	0.52
5021	OXTR	0.52
55997	CFC1	0.52
23144	ZC3H3	0.52
56776	FMN2	0.51
85456	TNKS1BP1	0.51
283	ANG	0.51
7035	TFPI	0.51
51232	CRIM1	0.51
112616	CMTM7	0.51
22981	NINL	0.51
8727	CTNNAL1	0.51
9902	MRC2	0.51
10900	RUNDC3A	0.51
51299	NRN1	0.51
79632	FAM184A	0.52
80820	EEPD1	0.52
150709	ANKAR	0.52
6591	SNAI2	0.52
10129	FRY	0.52
5166	PDK4	0.52
146433	IL34	0.52
118812	MORN4	0.53
10516	FBLN5	0.53
9463	PICK1	0.53
127495	LRRC39	0.53
7753	ZNF202	0.53
79827	CLMP	0.53
203260	CCDC107	0.53
83657	DYNLRB2	0.53