TABLE 1.
Positive-selection pressure in protease
| Codon | Mutationa | Ka/Ks | LOD | Codon | Mutationa | Ka/Ks | LOD | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 7 | Anyb | 0.25 | ||||||
| Q7E | 5.82 | >300 | ||||||
| 10c | Any | 1.05 | 17.68 | |||||
| L101 | 16.97 | >300 | ||||||
| L10V | 2.59 | 10.79 | ||||||
| 12 | Any | 6.92 | 215.81 | |||||
| T12S | 48.69 | 11.30 | ||||||
| T12P | 34.36 | 11.63 | ||||||
| T12K | 12.01 | >300 | ||||||
| 13 | Any | 64.15 | 149.38 | |||||
| I13V | 221.34 | >300 | ||||||
| 15 | Any | 1.31 | 4.81 | |||||
| I15V | 4.46 | >300 | ||||||
| 19 | Any | 1.95 | 125.90 | |||||
| L19I | 17.37 | >300 | ||||||
| L19V | 3.73 | >300 | ||||||
| L19Q | 3.49 | >300 | ||||||
| 20 | Any | 0.50 | ||||||
| K20T | 2.52 | 11.13 | ||||||
| K20M | 2.11 | 11.26 | ||||||
| 24 | Any | 0.57 | ||||||
| L24I | 7.95 | 11.80 | ||||||
| 30 | Any | 1.33 | 9.75 | |||||
| D30N | 3.57 | >300 | ||||||
| 33 | Any | 3.56 | 218.37 | |||||
| L33V | 14.81 | 11.24 | ||||||
| L33F | 12.85 | >300 | ||||||
| L33I | 11.94 | >300 | ||||||
| 34 | Any | 0.18 | ||||||
| E34Q | 2.11 | 12.74 | ||||||
| 35 | Any | 10.23 | >300 | |||||
| E35D | 118.38 | >300 | ||||||
| 37 | Any | 107.57 | >300 | |||||
| S37N | 275.40 | >300 | ||||||
| 39 | Any | 2.12 | 26.08 | |||||
| P39Q | 11.74 | >300 | ||||||
| P39T | 4.26 | >300 | ||||||
| P39S | 3.18 | >300 | ||||||
| 41 | Any | 3.35 | >300 | |||||
| R41K | 8.59 | >300 | ||||||
| 43 | Any | 0.24 | ||||||
| K43T | 2.62 | >300 | ||||||
| 45 | Any | 1.49 | 5.55 | |||||
| K45R | 3.54 | 8.85 | ||||||
| K45Q | 3.27 | 139.96 | ||||||
| 47 | Any | 1.03 | 0.29 | |||||
| I47V | 3.52 | 142.44 | ||||||
| 48 | Any | 0.24 | ||||||
| G48V | 5.06 | 10.93 | ||||||
| 50 | Any | 0.44 | ||||||
| I50V | 1.12 | >300 | ||||||
| 53 | Any | 1.82 | 10.13 | |||||
| F53Y | 3.63 | 7.02 | ||||||
| F53L | 3.57 | 112.78 | ||||||
| 54 | Any | 2.12 | 91.45 | |||||
| I54L | 6.57 | 10.40 | ||||||
| I54M | 4.39 | 10.44 | ||||||
| I54V | 4.00 | >300 | ||||||
| 55 | Any | 0.78 | ||||||
| K55R | 1.98 | 116.02 | ||||||
| 57 | Any | 2.06 | 77.61 | |||||
| R57K | 5.30 | >300 | ||||||
| 58 | Any | 0.11 | ||||||
| Q58E | 2.47 | 10.96 | ||||||
| 59 | Any | 0.06 | ||||||
| Y59F | 1.25 | 5.81 | ||||||
| 60 | Any | 2.76 | 96.01 | |||||
| D60E | 32.13 | >300 | ||||||
| 61 | Any | 0.11 | ||||||
| Q61E | 1.92 | 10.77 | ||||||
| 62 | Any | 6.05 | 119.07 | |||||
| I62V | 20.78 | >300 | ||||||
| 63 | Any | 5.33 | >300 | |||||
| L63P | 12.68 | >300 | ||||||
| 64 | Any | 2.86 | 49.66 | |||||
| I64V | 8.13 | >300 | ||||||
| I64L | 5.17 | 10.30 | ||||||
| 65 | Any | 0.36 | ||||||
| E65D | 4.18 | 10.81 | ||||||
| 69 | Any | 0.95 | ||||||
| H69Q | 6.68 | 11.06 | ||||||
| 71 | Any | 4.79 | >300 | |||||
| A71V | 7.77 | >300 | ||||||
| A71T | 4.00 | 9.73 | ||||||
| 72 | Any | 0.90 | 0.01 | |||||
| I72V | 1.59 | >300 | ||||||
| I72L | 1.06 | 2.59 | ||||||
| 73 | Any | 2.13 | 49.67 | |||||
| G73S | 4.42 | >300 | ||||||
| G73C | 4.40 | >300 | ||||||
| G73A | 2.42 | 2.80 | ||||||
| 74 | Any | 5.84 | 143.17 | |||||
| T74S | 88.12 | >300 | ||||||
| T74P | 10.82 | >300 | ||||||
| 76 | Any | 0.19 | ||||||
| L76V | 2.79 | >300 | ||||||
| 77 | Any | 11.02 | >300 | |||||
| V77I | 27.08 | >300 | ||||||
| 82 | Any | 3.07 | 187.52 | |||||
| V82A | 6.29 | >300 | ||||||
| V82F | 2.99 | 2.73 | ||||||
| 84 | Any | 2.12 | 12.19 | |||||
| I84V | 7.33 | >300 | ||||||
| 85 | Any | 1.26 | 2.41 | |||||
| I85V | 3.22 | 149.56 | ||||||
| 88 | Any | 1.21 | 188.09 | |||||
| N88D | 1.21 | 188.09 | ||||||
| 89 | Any | 3.53 | 10.79 | |||||
| L89M | 3.53 | 10.79 | ||||||
| L89V | 1.89 | 10.91 | ||||||
| 90 | Any | 4.06 | >300 | |||||
| L90M | 248.57 | >300 | ||||||
| 92 | Any | 0.08 | ||||||
| K92K | 1.31 | 10.66 | ||||||
| 93 | Any | 13.27 | >300 | |||||
| I93L | 447.66 | >300 |
a
Known drug-resistant mutations are highlighted in bold.
b
Any, we calculated the Ka/Ks ratio for the total set of amino acid mutations at this codon.
c
Codon 10 has an LOD score of <2 when only single nucleotide substitutions are counted. But its LOD score is >2 when both single and multiple nucleotide substitutions are counted.