TABLE 2.
Alignment of amino acids in drug-binding pocket of HRV-A virusesa
| Serotype | EC50 (μM)b | Amino acid at position:
|
||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 98 | 99 | 100 | 101 | 118 | 120 | 122 | 124 | 142 | 143 | 144 | 166 | 167 | 168 | 179 | 181 | 184 | 190 | 192 | 208 | 212 | 214 | 217 | 238 | 260 | ||
| Majority sequence | I | N | L | Q | F | S | I | L | Y | M | Y | A | S | V | F | L | L | Y | M | T | N | M | L | H | H | |
| Serotype | ||||||||||||||||||||||||||
| 39 | 0.01 | - | T | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | V | - | - | - | - | N |
| 47 | 0.01 | - | - | - | - | - | - | V | M | - | - | - | - | - | I | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | G |
| 55 | 0.02 | V | - | I | - | - | - | V | - | - | - | - | - | - | I | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| 71 | 0.02 | - | T | - | K | - | - | - | I | - | - | - | - | - | - | - | I | I | - | - | S | - | - | - | - | Y |
| Hanks | 0.02 | - | - | I | K | - | - | - | - | - | - | - | - | - | I | - | - | - | - | - | A | - | - | - | - | - |
| 68 | 0.03 | - | T | I | K | - | - | - | I | - | - | - | - | - | - | - | I | M | - | - | S | - | - | - | - | R |
| 74 | 0.03 | - | - | - | K | - | - | V | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| 100 | 0.03 | - | T | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | I | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| 2 | 0.04 | - | - | I | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| 21 | 0.04 | - | - | I | K | - | - | - | - | - | - | - | - | - | I | - | - | - | - | - | A | - | - | - | - | - |
| 22 | 0.04 | - | - | - | K | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | A | - | - | - | - | - |
| 58 | 0.04 | - | S | - | - | - | - | - | I | F | - | - | - | - | - | - | I | M | - | - | S | - | - | I | - | - |
| 7 | 0.05 | - | S | - | - | - | - | - | I | F | - | - | - | - | I | - | I | M | - | - | S | - | - | I | - | - |
| 51 | 0.05 | - | T | - | K | - | - | - | I | - | - | - | - | - | - | - | I | V | - | - | S | - | - | - | - | Y |
| 85 | 0.05 | - | T | I | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | R |
| 89 | 0.05 | V | S | - | - | - | - | - | I | F | - | - | - | - | - | - | I | M | - | - | S | - | - | I | - | - |
| 20 | 0.06 | - | T | I | K | - | - | - | I | - | - | - | - | - | - | - | I | M | - | - | S | - | - | - | - | K |
| 40 | 0.07 | - | T | I | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| 78 | 0.08 | - | - | - | - | - | - | - | - | F | - | F | - | - | - | - | I | S | - | - | - | - | - | - | - | Y |
| 34 | 0.09 | - | - | - | - | - | - | V | - | - | - | - | - | - | I | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| 96 | 0.09 | - | - | - | - | - | - | - | I | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| 25 | 0.10 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | I | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | D |
| 38 | 0.10 | - | - | - | K | - | - | V | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| 88 | 0.10 | - | S | - | - | - | - | - | I | F | - | - | - | - | - | - | I | M | - | - | S | - | - | I | - | - |
| 36 | 0.11 | - | S | - | - | - | - | - | I | F | - | - | - | - | - | - | I | M | - | - | S | - | - | I | - | - |
| 44 | 0.11 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | I | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | G |
| 56 | 0.11 | - | T | - | - | - | - | V | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| 66 | 0.11 | - | T | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | I | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | N |
| 75 | 0.11 | - | - | - | - | - | - | V | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | R |
| 10 | 0.13 | - | T | - | - | - | - | V | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| 31 | 0.13 | - | - | - | - | - | - | V | I | - | - | - | - | - | I | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | G |
| 11 | 0.15 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | I | - | - | M | - | - | N | - | - | - | - | - |
| 33 | 0.16 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | N | - | - | - | - | - |
| 46 | 0.16 | - | T | - | L | - | - | - | I | - | - | - | - | - | - | - | I | M | - | - | - | - | - | I | - | Y |
| 62 | 0.16 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | I | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | D |
| 63 | 0.16 | - | T | - | - | - | - | V | - | - | - | - | - | - | I | - | - | - | - | - | V | - | - | - | - | Y |
| 1B | 0.16 | - | T | - | - | - | - | V | - | - | - | - | M | - | I | - | - | - | - | - | S | - | - | I | - | R |
| 49 | 0.17 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| 57 | 0.17 | - | - | - | - | - | - | V | - | - | - | - | - | - | I | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| 80 | 0.17 | - | T | - | M | - | - | - | I | - | - | - | - | - | - | - | I | M | - | - | - | - | - | - | - | Y |
| 90 | 0.19 | - | - | - | - | - | - | - | I | - | - | - | - | - | I | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| 19 | 0.20 | - | - | - | K | - | - | V | - | - | - | - | - | - | I | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| 28 | 0.20 | - | T | - | K | - | - | - | I | - | - | - | - | - | - | - | I | M | - | - | A | - | - | - | - | Y |
| 24 | 0.21 | - | - | - | - | - | - | - | I | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | S | - | - | - | - | - |
| 61 | 0.21 | - | - | - | - | - | - | - | I | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| 73 | 0.21 | - | S | - | - | - | - | V | I | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| 9 | 0.22 | - | - | I | K | - | - | - | - | - | - | - | - | - | I | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| 82 | 0.22 | - | S | I | K | - | - | - | - | - | - | - | - | - | I | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| 30 | 0.23 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| 43 | 0.23 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| 76 | 0.23 | - | - | - | - | - | - | V | - | - | - | - | - | - | I | - | - | - | - | - | N | - | - | - | - | - |
| 18 | 0.24 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | I | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| 67 | 0.25 | - | - | I | K | - | - | - | - | - | - | - | - | - | I | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| 29 | 0.27 | V | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | I | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| 53 | 0.28 | - | T | - | K | - | - | - | I | - | - | - | - | - | - | - | I | M | - | - | A | - | - | - | - | - |
| 81 | 0.30 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | I | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| 23 | 0.32 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | I | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | G |
| 64 | 0.32 | - | T | - | K | - | - | - | - | - | - | - | - | - | I | - | - | - | - | - | A | - | - | - | - | Y |
| 32 | 0.33 | - | - | I | K | - | - | - | - | - | - | - | - | - | I | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| 65 | 0.33 | - | T | - | K | - | - | - | I | - | - | - | - | - | - | - | I | V | - | - | S | - | - | - | - | - |
| 50 | 0.35 | - | - | - | - | - | - | V | - | - | - | - | - | - | I | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | N |
| 12 | 0.39 | - | - | - | K | - | - | - | I | - | - | - | - | - | - | - | I | I | - | - | - | - | - | - | - | - |
| 1A | 0.43 | - | T | - | - | - | - | - | - | - | - | - | M | - | I | - | - | - | - | - | S | - | - | I | - | Y |
| 54 | 0.46 | - | T | - | - | - | - | - | - | F | - | - | P | - | I | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| 60 | 0.48 | - | - | - | K | - | - | L | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| 77 | 0.55 | - | T | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | I | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| 16 | 0.57 | - | - | - | - | - | - | - | M | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | R |
| 13 | 0.58 | - | S | - | - | - | - | - | I | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| 15 | 0.59 | - | - | - | K | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | D |
| 59 | 0.78 | - | T | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | I | - | - | - | - | - | V | - | - | - | - | - |
| 95 | 0.81 | - | - | I | - | - | - | - | I | - | - | - | - | - | - | - | I | S | - | - | I | - | - | I | L | - |
| 94 | 1.10 | - | T | - | K | - | - | - | - | - | - | - | - | - | I | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| 41 | 1.75 | - | S | - | - | - | - | - | I | - | - | F | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | Y |
| 98 | 1.80 | - | T | - | - | - | - | V | - | F | - | - | P | - | I | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | Y |
| 8 | 3.42 | - | - | I | - | - | - | - | I | - | - | - | - | - | - | - | I | S | - | - | I | - | - | I | L | - |
| 45 | 4.30 | - | S | - | - | - | - | - | I | - | - | F | - | - | - | - | I | S | - | - | V | - | - | I | L | - |
a
Amino acid residues in the drug-binding pocket are defined as those for which any atom is within 4 Å of a panel of compounds bound in HRV-1A or HRV-14 (27). Amino acid numbering is based on VP1 sequence of HRV-16 (38). The majority sequence is defined as the amino acid residue that appears most frequently in the group of viruses analyzed. Amino acids that are conserved across all HRV-A serotypes are in boldface, while those that vary by only one residue are underscored. -, Same amino acid as in the majority sequence.
b
EC50 is the concentration of pleconaril that protected 50% of a cell monolayer from virus-induced cytopathology. Values represent means of two or more independent tests.