Table 2.
Relevant phenotypic and genotypic test results for the 703 strains studied
| Reference ID (no. of isolates)a | Vitek MS ID | Optochin CO2b | BS testc | Pneumococcal capsule identification | PCR result |
No. of isolates with sequencing |
No. of isolates (%) with Vitek MS |
||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| psaA | MFP | ply | lytA | recA | sodA | 16S rRNA | Correct ID | Incorrect ID | Unresolved ID | No ID | |||||
| Pneumococcal isolates (334) | 331 (99.1) | 3 (0.9) | |||||||||||||
| S. pneumoniae (292) | S. pneumoniae | S | ND | Yes | 292 | ||||||||||
| S. pneumoniae (37) | S. pneumoniae | S | Soluble | No or NDd | 37 | ||||||||||
| S. pneumoniae (1) | S. pneumoniae | R (R) | Soluble | 3 | + | + | + | + | 1 | 1 | |||||
| S. pneumoniae (1) | S. pneumoniae | R (R) | Soluble | 23F | − | + | + | − | 1 | 1 | |||||
| S. pneumoniae (1) | S. mitis/S. oralis | S (S) | Not soluble | 23 | + | + | + | + | 1 | 1 | |||||
| S. pneumoniae (1) | S. mitis/S. oralis | S (S) | Not soluble | 37 | − | − | + | + | 1 | 1 | |||||
| S. pneumoniae (1) | S. mitis/S. oralis | S (S) | Not soluble | ND | − | − | + | + | 1 | 1 | |||||
| Nonpneumococcal isolates (369) | 335 (90.8) | 9 (2.4) | 21 (5.7) | 4 (1.1) | |||||||||||
| Other mitis group streptococci (166) | 155 (93.4) | 5 (3) | 5 (3) | 1 (0.6) | |||||||||||
| S. pseudopneumoniae (1) | S. pseudopneumoniae | R (S) | Not soluble | No | − | ND | + | + | 1 | 1 | |||||
| S. pseudopneumoniae (1) | S. pseudopneumoniae | R (S) | Not soluble | ND | − | ND | + | + | 1 | 1 | |||||
| S. pseudopneumoniae (1) | S. pseudopneumoniae | R (S) | Not soluble | ND | − | ND | − | − | 1 | 1 | |||||
| S. mitis/S. oralis (126)e | S. mitis/S. oralis | R | 126 | ||||||||||||
| S. gordonii (7) | S. gordonii | R | 4 | 7 | |||||||||||
| S. cristatus (1) | S. cristatus | R | 1 | 1 | |||||||||||
| S. sanguinis (7) | S. sanguinis | R | 3 | 7 | |||||||||||
| S. parasanguinis (11) | S. parasanguinis | R | 1 | 11 | |||||||||||
| S. australis (3)f | S. parasanguinis | R | 3 | 3 | |||||||||||
| S. australis (2)f | S. sanguinis | R | 2 | 2 | |||||||||||
| S. massiliensis (1)f | No ID | R | 1 | 1 | |||||||||||
| S. oralis/S. parasanguinis (1) | S. parasanguinis | R | 1 | 1 | |||||||||||
| S. mitis group (4) | 2 S. mitis/oralis, 1 S. parasanguinis, 1 no ID | R | Not soluble | 4 | 4 | ||||||||||
| Non-mitis group streptococci (184) | 166 (90.2) | 4 (2.2) | 14 (7.6) | ||||||||||||
| S. salivarius group (39) | 39 (100) | ||||||||||||||
| S. salivarius subsp. salivarius (35) | S. salivarius | 2 | 35 | ||||||||||||
| S. vestibularis (4) | S. vestibularis | 3 | 4 | ||||||||||||
| S. mutans group (2) | 2 (100) | ||||||||||||||
| S. mutans (2) | S. mutans | 2 | |||||||||||||
| S. anginosus group (111) | 101 (91) | 1 (0.9) | 9 (8.1) | ||||||||||||
| S. constellatus (37) | S. constellatus | 2 | 37 | ||||||||||||
| S. anginosus (48) | S. anginosus | 5 | 48 | ||||||||||||
| S. constellatus/S. anginosus (5) | S. constellatus | 5 | 5 | ||||||||||||
| S. constellatus/S. anginosus (4) | S. anginosus | 4 | 4 | ||||||||||||
| S. anginosus (1) | S. constellatus | 1 | 1 | ||||||||||||
| S. intermedius (16) | S. intermedius | 16 | |||||||||||||
| S. bovis group (32) | 24 (75) | 3 (9.4) | 5 (15.6) | ||||||||||||
| S. gallolyticus subsp. gallolyticus (4) | S. gallolyticus subsp. gallolyticus | 4 | |||||||||||||
| S. gallolyticus subsp. pasteurianus (18) | S. gallolyticus subsp. pasteurianus | 18 | |||||||||||||
| S. gallolyticus subsp. pasteurianus (2) | S. gallolyticus subsp. gallolyticus | 2 | 2 | ||||||||||||
| S. bovis (1) | S. bovis | 1 | |||||||||||||
| S. lutetiensis/S. bovis/S. equinus (1) | S. bovis | 1 | 1 | ||||||||||||
| S. lutetiensis/S. bovis/S. equinus (4) | S lutetiensis | 4 | 4 | ||||||||||||
| S. lutetiensis/S. bovis/S. equinus (1) | S. gallolyticus subsp. gallolyticus | 1 | 1 | ||||||||||||
| S. infantarius subsp. infantarius (1) | S. infantarius subsp. infantarius | 1 | 1 | ||||||||||||
| Related genera (19) | 14 (73.7) | 2 (10.5) | 3 (15.8) | ||||||||||||
| Abiotrophia defectiva (1) | A. defectiva | 1 | |||||||||||||
| Granulicatella adiacens (1) | G. adiacens | 1 | |||||||||||||
| “Granulicatella para-adiacens”f/G. adiacens/G. elegans (1) | No ID | 1 | 1 | ||||||||||||
| Gemella morbillorum/G. haemolysans (1) | G. morbillorum/G hemolysans | 1 | 1 | ||||||||||||
| Helcococcus kunzii (2) | Helcococcus kunzii | 2 | |||||||||||||
| Facklamia tabacinasalis (1)f | No ID | 1 | 1 | ||||||||||||
| Facklamia ignava (1)f | No ID | 1 | 1 | ||||||||||||
| Aerococcus viridans (2) | A. viridans | 2 | |||||||||||||
| Aerococcus urinae (8) | A. urinae | 8 | |||||||||||||
| Aerococcus sanguinicola (1)f | No ID | 1 | 1 | ||||||||||||
| Total (703) | 8 | 51 | 5 | 666 (94.7) | 12 (1.7) | 21 (3) | 4 (0.6) | ||||||||
a
BS test, desoxycholate solubility test.
b
Reference identifications were obtained using Rapid ID32 Strep strips or the VITEK2 system by default, or with gene sequencing when stated.
c
S, susceptible; R, resistant. Results were obtained under an atmopshere of increased CO2; parentheses indicate a result obtained under an ambient atmosphere.
d
Including three polyagglutinable isolates and 12 nonagglutinable isolates. ND, not determined.
e
Including 52 S. oralis, 68 S. mitis, and 6 S. mitis/S. oralis isolates.
f
Species absent from the Vitek MS database.