Skip to main content
. 2013 Jul 10;14:220. doi: 10.1186/1471-2105-14-220

Table 1.

Comparison of computation performances on 3 typical RNA-Seq datasets

 
Marioni data
Yale data
Encode data
(size:3.7 M, length:36 bp)
(size:39 M, length:74 bp)
(size:213 M, length:76 bp)
Methods Time Memory Time Memory Time Memory
NURD
36 s
60 MB
3 m 37 s
60 MB
19 m 27 s
60 MB
Cufflinks
1 h 31 m 25 s
417 MB
2 h 43 m 17 s
776 MB
3 h 55 m 49 s
2.58GB
RSEM
1 h 38 m 11 s
832 MB
9 h 00 m 55 s
3.65GB
26 h 13 m 6 s
10.3GB
eXpress
17 m 50s
1.44GB
41 m 17 s
1.44GB
1 h 41 m 26 s
1.44GB
eXpress*
1 h 1 m 5 s
1.44GB
3 h 42 m 41 s
1.44GB
13 h 26 m 39 s
1.44GB
eXpress** 1 h 45 m 54 s 1.44GB 6 h 51 m 13 s 1.44GB 25 h 3 m 41 s 1.44GB

eXpress: results with the default parameters.

eXpress*: results by specifying option –B with 10.

eXpress**: results by specifying option –B with 20.