Table 2. Estimates of evolutionary distances between ASF lineages and sub-lineages.

	L1-1	L1-1-1	L1-1-2	L1-1-3	L1-1-4	L1-1-5	L1-2	L1-3	L1-4	L2-1	L2-2	L2-2-1	L2-2-2	L2-2-3	L2-2-4	L2-3-1	L2-3-2	L2-3-3
L1-1	0.000363
L1-1-1	0.003126	0.000739
L1-1-2	0.003845	0.006608	0.002125
L1-1-3	0.008001	0.010764	0.011483	0.01051
L1-1-4	0.003247	0.006009	0.006729	0.010885	0.000934
L1-1-5	0.009782	0.012545	0.013265	0.01742	0.012667	0.010467
L1-2	0.010783	0.013545	0.014265	0.018421	0.013582	0.020202	0.000102
L1-3	0.008052	0.010814	0.011534	0.01569	0.010851	0.017471	0.013212	0
L1-4	0.015949	0.018712	0.019431	0.023587	0.018749	0.025369	0.015766	0.018379	0
L2-1	0.037955	0.040717	0.041437	0.045593	0.040754	0.047375	0.037772	0.040385	0.037743	0.004706
L2-2	0.031679	0.034441	0.035161	0.039317	0.034478	0.041099	0.031496	0.034109	0.031467	0.011502	1.66E-15
L2-2-1	0.018508	0.02127	0.02199	0.026146	0.021307	0.027928	0.018325	0.020938	0.018296	0.024702	0.018425	2.4E-16
L2-2-2	0.02885	0.031612	0.032331	0.036488	0.031649	0.038269	0.028667	0.031279	0.028637	0.02467	0.018393	0.015596	2.63E-16
L2-2-3	0.029477	0.032239	0.032959	0.037115	0.032276	0.038897	0.029294	0.031907	0.029265	0.025297	0.019021	0.016223	0.005857	0.001623
L2-2-4	0.023637	0.0264	0.027119	0.031275	0.026437	0.033057	0.023454	0.026067	0.023425	0.019457	0.013181	0.010384	0.005226	0.005854	1.49E-05
L2-3-1	0.031783	0.034546	0.035265	0.039421	0.034583	0.041203	0.0316	0.034213	0.031571	0.037973	0.031697	0.01853	0.028867	0.029495	0.023655	1.2E-16
L2-3-2	0.029087	0.031849	0.032569	0.036725	0.031886	0.038506	0.028904	0.031517	0.028874	0.035277	0.029	0.015833	0.026171	0.026798	0.020959	0.013165	4.17E-15
L2-3-3	0.025019	0.027782	0.028501	0.032658	0.027819	0.034439	0.024836	0.027449	0.024807	0.020642	0.014366	0.011766	0.011734	0.012361	0.006522	0.025037	0.022341	0.002575
L2-3-4	0.026332	0.029094	0.029814	0.03397	0.029131	0.035751	0.026149	0.028762	0.026119	0.022073	0.015797	0.013078	0.013046	0.013674	0.007834	0.02635	0.023653	0.009137
NYA/1/2	0.029578	0.03234	0.03306	0.037216	0.032377	0.038997	0.029395	0.032007	0.029365	0.051292	0.045016	0.031845	0.042186	0.042814	0.036974	0.04512	0.042424	0.038356
L3-1	0.045886	0.048648	0.049367	0.053524	0.048685	0.055305	0.045703	0.048315	0.045673	0.0676	0.061324	0.048153	0.058494	0.059122	0.053282	0.061428	0.058732	0.054664
L3-2	0.034669	0.037431	0.038151	0.042307	0.037468	0.044088	0.034486	0.037099	0.034456	0.056383	0.050107	0.036936	0.047278	0.047905	0.042065	0.050211	0.047515	0.043448
L3-3	0.038622	0.041384	0.042104	0.04626	0.041421	0.048041	0.038439	0.041051	0.038409	0.060336	0.05406	0.040889	0.05123	0.051858	0.046018	0.054164	0.051468	0.0474
L3-4	0.042908	0.04567	0.04639	0.050546	0.045708	0.052328	0.042725	0.045338	0.042696	0.064623	0.058346	0.045176	0.055517	0.056145	0.050305	0.058451	0.055754	0.051687
L3-5	0.048061	0.050823	0.051543	0.055699	0.05086	0.057481	0.047878	0.050491	0.047849	0.069775	0.063499	0.050328	0.06067	0.061297	0.055458	0.063604	0.060907	0.05684
L3-6	0.037262	0.040024	0.040744	0.0449	0.040061	0.046681	0.037079	0.039692	0.037049	0.058976	0.0527	0.039529	0.04987	0.050498	0.044658	0.052804	0.050108	0.04604
L3-7	0.048091	0.050853	0.051572	0.055729	0.05089	0.05751	0.047908	0.05052	0.047878	0.069805	0.063529	0.050358	0.060699	0.061327	0.055487	0.063633	0.060937	0.056869
L4-1	0.069975	0.072737	0.073456	0.077613	0.072774	0.079394	0.069791	0.072404	0.069762	0.091689	0.085413	0.072242	0.082583	0.083211	0.077371	0.085517	0.082821	0.078753
L4-2-1	0.070095	0.072857	0.073577	0.077733	0.072895	0.079515	0.069912	0.072525	0.069883	0.09181	0.085533	0.072363	0.082704	0.083331	0.077492	0.085638	0.082941	0.078874
L4-2-2-1	0.076065	0.078827	0.079547	0.083703	0.078864	0.085485	0.075882	0.078495	0.075853	0.09778	0.091503	0.078333	0.088674	0.089301	0.083462	0.091608	0.088911	0.084844
L4-2-2-2-1	0.085652	0.088415	0.089134	0.09329	0.088452	0.095072	0.085469	0.088082	0.08544	0.107367	0.101091	0.08792	0.098261	0.098889	0.093049	0.101195	0.098498	0.094431
L4-2-2-2-2	0.089035	0.091797	0.092517	0.096673	0.091835	0.098455	0.088852	0.091465	0.088823	0.11075	0.104473	0.091303	0.101644	0.102272	0.096432	0.104578	0.101881	0.097814
L4-2-2-2-3	0.081494	0.084257	0.084976	0.089132	0.084294	0.090914	0.081311	0.083924	0.081282	0.103209	0.096933	0.083762	0.094103	0.094731	0.088891	0.097037	0.09434	0.090273

The average intra-sub-lineage diversity was 0.0023, whereas the average inter-sub-lineage was 0.055. In the matrix, diversities lesser than 5x(intra-sub-lineage diversity) =  0.0115 are shown in grey boxes: all sub-lineages (Lx-x) differ from the others by a higher diversity, except for some sub-lineages within L1.1, L1.2, L1.3, L2.2, L2.3, and L4.2.2.