Table 8.
Pathogen detection (number, % positive among those tested) by diagnostic category among outpatient and inpatient ALRI episodes.
| Outpatient ALRI | Inpatient ALRI | |||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Diagnostic Category |
All Diagnoses |
Pneumonia | Bronchiolitis | Wheezing Illnessesa |
LRI NOSb |
Croup | Viral Syndromes |
URI or Cough |
All Diagnoses |
Pneumonia | Bronchiolitis | Wheezing Illnessesa |
LRI NOSb |
Croup |
| Total episodes | 329 | 93 | 68 | 104 | 46 | 10 | 2 | 5 | 66 | 39 | 15 | 10 | 1 | 1 |
| Episodes tested (N, %) |
236 (72) | 72 (77) | 47 (69) | 72 (69) | 32 (70) | 9 (90) | 1 (50) | 3 (60) | 59 (89) | 35 (90) | 15 (100) | 7 (70) | 1 (100) | 1 (100) |
| Pathogen: | ||||||||||||||
| Influenza | ||||||||||||||
| All Type A | 19 (8) | 5 (7) | 3 (6) | 8 (11) | 3 (9) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 3 (5) | 2 (6) | 0 (0) | 0 (0) | 1 (100) | 0 (0) |
| H1N1pdm | 11 (5) | 2 (3) | 2 (4) | 5 (7) | 2 (6) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 3 (5) | 2 (6) | 0 (0) | 0 (0) | 1 (100) | 0 (0) |
| Type B | 1 (0) | 1 (1) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) |
| Total | 20 (8) | 6 (8) | 3 (6) | 8 (11) | 3 (9) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 3 (5) | 2 (6) | 0 (0) | 0 (0) | 1 (100) | 0 (0) |
| Enteroviruses | 9 (4) | 1 (1) | 2 (4) | 5 (7) | 1 (3) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 6 (10) | 3 (9) | 1 (7) | 1 (14) | 1 (100) | 0 (0) |
| Rhinoviruses | 61 (26) | 16 (22) | 7 (15) | 25 (35) | 9 (28) | 3 (33) | 0 (0) | 1 (33) | 14 (24) | 5 (14) | 4 (27) | 4 (57) | 1 (100) | 0 (0) |
| Coronaviruses | 4 (2) | 2 (3) | 0 (0) | 2 (3) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) |
| (229E and OC43) | ||||||||||||||
| Human metapneumovirus |
18 (8) | 4 (6) | 3 (6) | 5 (7) | 6 (19) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 5 (8) | 3 (9) | 2 (13) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) |
| Parainfluenza | 0 (0) | |||||||||||||
| Type 1 | 5 (2) | 2 (3) | 0 (0) | 1 (1) | 2 (6) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) |
| Type 2 | 1 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 1 (1) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) |
| Type 3 | 20 (8) | 6 (8) | 3 (6) | 8 (11) | 2 (6) | 0 (0) | 0 (0) | 1 (33) | 6 (10) | 4 (11) | 2 (13) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) |
| Type 4 | 3 (1) | 0 (0) | 1 (2) | 2 (3) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 1 (2) | 1 (3) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) |
| Total | 29 (12) | 8 (11) | 4 (9) | 12 (17) | 4 (13) | 0 (0) | 0 (0) | 1 (33) | 7 (12) | 5 (14) | 2 (13) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) |
| RSV | ||||||||||||||
| RSV A | 12 (5) | 2 (3) | 3 (6) | 1 (1) | 6 (19) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 10 (17) | 4 (11) | 3 (20) | 2 (29) | 0 (0) | 1 (100) |
| RSV B | 37 (16) | 11 (15) | 12 (26) | 7 (10) | 4 (13) | 2 (22) | 1 (100) | 0 (0) | 16 (27) | 12 (34) | 3 (20) | 1 (14) | 0 (0) | 0 (0) |
| Total | 49 (21) | 13 (18) | 15 (32) | 8 (11) | 10 (31) | 2 (22) | 1 (100) | 0 (0) | 26 (44) | 16 (46) | 6 (40) | 3 (43) | 0 (0) | 1 (100) |
| Adenovirus | 3 (1) | 0 (0) | 2 (4) | 0 (0) | 1 (3) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 5 (8) | 2 (6) | 3 (20) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) |
| S. pneumoniae | 148 (63) | 37 (51) | 33 (70) | 41 (57) | 28 (88) | 7 (78) | 0 (0) | 2 (67) | 34 (58) | 19 (54) | 10 (67) | 4 (57) | 1 (100) | 0 (0) |
| H. influenzae | 47 (20) | 13 (18) | 10 (21) | 16 (22) | 4 (13) | 3 (33) | 1 (100) | 0 (0) | 13 (22) | 5 (14) | 5 (33) | 3 (43) | 0 (0) | 0 (0) |
| C. pneumoniae | 9 (4) | 5 (7) | 0 (0) | 3 (4) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 1 (33) | 4 (7) | 3 (9) | 1 (7) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) |
| None detected | 22 (9) | 9 (13) | 3 (6) | 7 (10) | 1 (3) | 2 (22) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) |
a
asthma, RAD, wheeze, small airway disease (other than bronchiolitis).
b
LRI NOS: Lower respiratory illness, not otherwise specified.